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万見
- PDB-6mdr: Cryo-EM structure of the Ceru+32/GFP-17 protomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mdr
タイトルCryo-EM structure of the Ceru+32/GFP-17 protomer
要素
  • Ceru+32
  • GFP-17
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Supercharged protein assembly / electrostatic interactions / 16-mer / D4 symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Simon, A.J. / Zhou, Y. / Ramasubramani, V. / Glaser, J. / Pothukuchy, A. / Golihar, J. / Gerberich, J.C. / Leggere, J.C. / Morrow, B.R. / Jung, C. ...Simon, A.J. / Zhou, Y. / Ramasubramani, V. / Glaser, J. / Pothukuchy, A. / Golihar, J. / Gerberich, J.C. / Leggere, J.C. / Morrow, B.R. / Jung, C. / Glotzer, S.C. / Taylor, D.W. / Ellington, A.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentW911NF-1-51-0120 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2019
タイトル: Supercharging enables organized assembly of synthetic biomolecules.
著者: Anna J Simon / Yi Zhou / Vyas Ramasubramani / Jens Glaser / Arti Pothukuchy / Jimmy Gollihar / Jillian C Gerberich / Janelle C Leggere / Barrett R Morrow / Cheulhee Jung / Sharon C Glotzer / ...著者: Anna J Simon / Yi Zhou / Vyas Ramasubramani / Jens Glaser / Arti Pothukuchy / Jimmy Gollihar / Jillian C Gerberich / Janelle C Leggere / Barrett R Morrow / Cheulhee Jung / Sharon C Glotzer / David W Taylor / Andrew D Ellington /
要旨: Symmetrical protein oligomers are ubiquitous in biological systems and perform key structural and regulatory functions. However, there are few methods for constructing such oligomers. Here we have ...Symmetrical protein oligomers are ubiquitous in biological systems and perform key structural and regulatory functions. However, there are few methods for constructing such oligomers. Here we have engineered completely synthetic, symmetrical oligomers by combining pairs of oppositely supercharged variants of a normally monomeric model protein through a strategy we term 'supercharged protein assembly' (SuPrA). We show that supercharged variants of green fluorescent protein can assemble into a variety of architectures including a well-defined symmetrical 16-mer structure that we solved using cryo-electron microscopy at 3.47 Å resolution. The 16-mer is composed of two stacked rings of octamers, in which the octamers contain supercharged proteins of alternating charges, and interactions within and between the rings are mediated by a variety of specific electrostatic contacts. The ready assembly of this structure suggests that combining oppositely supercharged pairs of protein variants may provide broad opportunities for generating novel architectures via otherwise unprogrammed interactions.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9104
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Ceru+32
b: GFP-17
c: Ceru+32
d: GFP-17
e: Ceru+32
f: GFP-17
g: Ceru+32
h: GFP-17
i: Ceru+32
j: GFP-17
k: Ceru+32
l: GFP-17
m: Ceru+32
n: GFP-17
o: Ceru+32
p: GFP-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,21116
ポリマ－445,21116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25490 Å2
ΔGint39 kcal/mol
Surface area157700 Å2

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要素

#1: タンパク質
Ceru+32 / Green fluorescent protein


分子量: 28425.195 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 3-232
変異: E7R, T10R, V12K, D20K, E33K, E35K, Y67W, S73A, D77K, E91K, D103K, D118R, E125K, I129R, D134K, E143R, F146G, N147I, H149D, N150K, Q158R, N165K, E173K, D191R, D198R, Q205R, N213K, T231K
由来タイプ: 組換発現
詳細: Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P).
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: タンパク質
GFP-17 / Green fluorescent protein


分子量: 27226.242 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 3-232
変異: T39D, T44D, R81E, N150E, K157D, Q158E, N165E, V194D, N199E, A228D, H232E
由来タイプ: 組換発現
詳細: Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P).
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
配列の詳細Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the ...Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ceru+32/GFP-17 protomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.430 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126822 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 196 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 2B3P

2b3p


Accession code: 2B3P / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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