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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9049 | |||||||||
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タイトル | Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 | |||||||||
マップデータ | Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bundibugyo virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Milligan JC / Saphire EO | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Infect Dis / 年: 2019 タイトル: Structural Characterization of Pan-Ebolavirus Antibody 6D6 Targeting the Fusion Peptide of the Surface Glycoprotein. 著者: Jacob C Milligan / Diptiben V Parekh / Katherine M Fuller / Manabu Igarashi / Ayato Takada / Erica Ollmann Saphire / 要旨: Ebola virus infection causes severe disease in humans and represents a global health threat. Candidates for immunotherapeutics and vaccines have shown promise in clinical trials, although they are ...Ebola virus infection causes severe disease in humans and represents a global health threat. Candidates for immunotherapeutics and vaccines have shown promise in clinical trials, although they are ineffective against other members of the Ebolavirus genus that also cause periodic, lethal outbreaks. In this study, we present a crystal structure of a pan-ebolavirus antibody, 6D6, as well as single-particle electron microscopy reconstructions of 6D6 in complex with Ebola and Bundibugyo virus glycoproteins. 6D6 binds to the conserved glycoprotein fusion peptide, implicating it as a site of immune vulnerability that could be exploited to reliably elicit a pan-ebolavirus neutralizing antibody response. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9049.map.gz | 406.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9049-v30.xml emd-9049.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9049.png | 38.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9049 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9049 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9049_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9049_full_validation.pdf.gz | 76.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9049_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9049 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9049 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 437.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fra...
全体 | 名称: Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fra...
超分子 | 名称: Bundibugyo virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Bundibugyo virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Drosophila (ハエ) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-超分子 #2: Antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
超分子 | 名称: Antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Drosophila (ハエ) |
-超分子 #3: Bundibugyo virus glycoprotein
超分子 | 名称: Bundibugyo virus glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Bundibugyo virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Drosophila (ハエ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate | ||||||
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Negative stain resolution / 使用した粒子像数: 4182 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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