[日本語] English
万見
- EMDB-8912: Human Polycsytin 2-l1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8912
タイトルHuman Polycsytin 2-l1
マップデータHuman Polycsytin 2-l1, primary map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Human polycystic 2-l
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


sour taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / calcium-activated cation channel activity ...sour taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / calcium-activated cation channel activity / non-motile cilium / inorganic cation transmembrane transport / sodium channel activity / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / alpha-actinin binding / monoatomic cation transport / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / calcium channel complex / cytoskeletal protein binding / potassium ion transmembrane transport / calcium channel activity / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / receptor complex / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / : / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin domain / Polycystin domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / Voltage-dependent channel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycystin-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Hulse RE / Clapham DE / Li Z / Huang RK / Zhang J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the polycystin 2-l1 ion channel.
著者: Raymond E Hulse / Zongli Li / Rick K Huang / Jin Zhang / David E Clapham /
要旨: We report the near atomic resolution (3.3 Å) of the human polycystic kidney disease 2-like 1 (polycystin 2-l1) ion channel. Encoded by PKD2L1, polycystin 2-l1 is a calcium and monovalent cation- ...We report the near atomic resolution (3.3 Å) of the human polycystic kidney disease 2-like 1 (polycystin 2-l1) ion channel. Encoded by PKD2L1, polycystin 2-l1 is a calcium and monovalent cation-permeant ion channel in primary cilia and plasma membranes. The related primary cilium-specific polycystin-2 protein, encoded by PKD2, shares a high degree of sequence similarity, yet has distinct permeability characteristics. Here we show that these differences are reflected in the architecture of polycystin 2-l1.
履歴
登録2018年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月4日-
マップ公開2018年7月25日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6du8
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8912.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Polycsytin 2-l1, primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.3621503 - 0.48114175
平均 (標準偏差)0.00011901388 (±0.029999765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.3620.4810.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_8912_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human polycystic 2-l

全体名称: Human polycystic 2-l
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Human polycystic 2-l
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Human polycystic 2-l

超分子名称: Human polycystic 2-l / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Homotetrameric assembly of polycystic 2-l1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pEG

-
分子 #1: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein

分子名称: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.070633 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNAVGSPEGQ ELQKLGSGAW DNPAYSGPPS PHGTLRVCTI SSTGPLQPQP KKPEDEPQET AYRTQVSSCC LHICQGIRGL WGTTLTENT AENRELYIKT TLRELLVYIV FLVDICLLTY GMTSSSAYYY TKVMSELFLH TPSDTGVSFQ AISSMADFWD F AQGPLLDS ...文字列:
MNAVGSPEGQ ELQKLGSGAW DNPAYSGPPS PHGTLRVCTI SSTGPLQPQP KKPEDEPQET AYRTQVSSCC LHICQGIRGL WGTTLTENT AENRELYIKT TLRELLVYIV FLVDICLLTY GMTSSSAYYY TKVMSELFLH TPSDTGVSFQ AISSMADFWD F AQGPLLDS LYWTKWYNNQ SLGHGSHSFI YYENMLLGVP RLRQLKVRND SCVVHEDFRE DILSCYDVYS PDKEEQLPFG PF NGTAWTY HSQDELGGFS HWGRLTSYSG GGYYLDLPGS RQGSAEALRA LQEGLWLDRG TRVVFIDFSV YNANINLFCV LRL VVEFPA TGGAIPSWQI RTVKLIRYVS NWDFFIVGCE VIFCVFIFYY VVEEILELHI HRLRYLSSIW NILDLVVILL SIVA VGFHI FRTLEVNRLM GKLLQQPNTY ADFEFLAFWQ TQYNNMNAVN LFFAWIKIFK YISFNKTMTQ LSSTLARCAK DILGF AVMF FIVFFAYAQL GYLLFGTQVE NFSTFIKCIF TQFRIILGDF DYNAIDNANR ILGPAYFVTY VFFVFFVLLN MFLAII NDT YSEVKEELAG QKDELQLSDL LKQGYNKTLL RLRLRKERVS DVQKVLQGGE QEIQFEDFTN TLRELGHAEH EITELTA TF TKFDRDGNRI LDEKEQEKMR QDLEEERVAL NTEIEKLGRS IVSSPQGKSG PEAARAGGWV SGEEFYMLTR RVLQLETV L EGVVSQIDAV GSKLKMLERK GWLAPSPGVK EQAIWKHPQP APAVTPDPWG VQGGQESEVP YKREEEALEE RRLSRGEIP TLQRS

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMKCLPotassium Chloride
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMCaCl2Calcium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細polycystic 2-l1 stabilized in amphipol PMAL-C8

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 8 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119334
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る