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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8837 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram average of I1 dynein Post class | |||||||||
![]() | Sub-tomogram average of I1 dynein Post class: the two dynein heavy chains of sea urchin sperm flagellar I1 dynein complex are in the post-powerstroke state. | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 41.0 Å | |||||||||
![]() | Lin J / Nicastro D | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Asymmetric distribution and spatial switching of dynein activity generates ciliary motility. 著者: Jianfeng Lin / Daniela Nicastro / ![]() 要旨: Motile cilia and flagella are essential, highly conserved organelles, and their motility is driven by the coordinated activities of multiple dynein isoforms. The prevailing "switch-point" hypothesis ...Motile cilia and flagella are essential, highly conserved organelles, and their motility is driven by the coordinated activities of multiple dynein isoforms. The prevailing "switch-point" hypothesis posits that dyneins are asymmetrically activated to drive flagellar bending. To test this model, we applied cryo-electron tomography to visualize activity states of individual dyneins relative to their locations along beating flagella of sea urchin sperm cells. As predicted, bending was generated by the asymmetric distribution of dynein activity on opposite sides of the flagellum. However, contrary to predictions, most dyneins were in their active state, and the smaller population of conformationally inactive dyneins switched flagellar sides relative to the bending direction. Thus, our data suggest a "switch-inhibition" mechanism in which force imbalance is generated by inhibiting, rather than activating, dyneins on alternating sides of the flagellum. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 591.9 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8835C ![]() 8836C ![]() 8838C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 13.8 Data #1: Tilt series of immotile sea urchin sperm flagella [tilt series]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sub-tomogram average of I1 dynein Post class: the two dynein heavy chains of sea urchin sperm flagellar I1 dynein complex are in the post-powerstroke state. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 9.856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Sea urchin sperm
全体 | 名称: Sea urchin sperm |
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要素 |
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-超分子 #1: Sea urchin sperm
超分子 | 名称: Sea urchin sperm / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Sperm were diluted in demembranation buffer (30 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM KCl, 4 mM MgCl2, 0.5 mM EGTA, 0.1% Triton X-100) and incubated for one minute to remove the flagellar membrane. The ...詳細: Sperm were diluted in demembranation buffer (30 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM KCl, 4 mM MgCl2, 0.5 mM EGTA, 0.1% Triton X-100) and incubated for one minute to remove the flagellar membrane. The sperm were then collected by centrifugation at 1000x g, and resuspended in demembranation buffer (but without Triton X-100). |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 13500 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 41.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.9.0) / 使用したサブトモグラム数: 392 |
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抽出 | トモグラム数: 7 / 使用した粒子像数: 1134 / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.9.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.9.0) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |