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- EMDB-8830: Structural and functional impacts of ER coactivator sequential re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8830
タイトルStructural and functional impacts of ER coactivator sequential recruitment
マップデータdensity map of ERE/ERa%uF061/SRC-3a/p300/CARM1 complex.
試料
  • 複合体: ER coactivators complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity ...histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / RMTs methylate histone arginines / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / PH-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Yi P / Wang Z / Feng Q / Chou CK / Pintilie G / Shen H / Foulds CE / Fan GZ / Serysheva I / Ludtke S ...Yi P / Wang Z / Feng Q / Chou CK / Pintilie G / Shen H / Foulds CE / Fan GZ / Serysheva I / Ludtke S / Schmid MF / Hung MC / Chiu W / OMalley BW
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GMGM072804 米国
by Komen Foundation5PG12221410 米国
DODW81XWH-15-1-0536 米国
DODR038318-I 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)NIDDK59820 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD8818 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Impacts of ER Coactivator Sequential Recruitment.
著者: Ping Yi / Zhao Wang / Qin Feng / Chao-Kai Chou / Grigore D Pintilie / Hong Shen / Charles E Foulds / Guizhen Fan / Irina Serysheva / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Mien-Chie Hung / Wah ...著者: Ping Yi / Zhao Wang / Qin Feng / Chao-Kai Chou / Grigore D Pintilie / Hong Shen / Charles E Foulds / Guizhen Fan / Irina Serysheva / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Mien-Chie Hung / Wah Chiu / Bert W O'Malley /
要旨: Nuclear receptors recruit multiple coactivators sequentially to activate transcription. This "ordered" recruitment allows different coactivator activities to engage the nuclear receptor complex at ...Nuclear receptors recruit multiple coactivators sequentially to activate transcription. This "ordered" recruitment allows different coactivator activities to engage the nuclear receptor complex at different steps of transcription. Estrogen receptor (ER) recruits steroid receptor coactivator-3 (SRC-3) primary coactivator and secondary coactivators, p300/CBP and CARM1. CARM1 recruitment lags behind the binding of SRC-3 and p300 to ER. Combining cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure analysis and biochemical approaches, we demonstrate that there is a close crosstalk between early- and late-recruited coactivators. The sequential recruitment of CARM1 not only adds a protein arginine methyltransferase activity to the ER-coactivator complex, it also alters the structural organization of the pre-existing ERE/ERα/SRC-3/p300 complex. It induces a p300 conformational change and significantly increases p300 HAT activity on histone H3K18 residues, which, in turn, promotes CARM1 methylation activity on H3R17 residues to enhance transcriptional activity. This study reveals a structural role for a coactivator sequential recruitment and biochemical process in ER-mediated transcription.
履歴
登録2017年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月20日-
マップ公開2017年9月20日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8830.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈density map of ERE/ERa%uF061/SRC-3a/p300/CARM1 complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.24 Å/pix.
x 128 pix.
= 414.72 Å		3.24 Å/pix.
x 128 pix.
= 414.72 Å		3.24 Å/pix.
x 128 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-2.4331071 - 2.401645
平均 (標準偏差)0.033281982 (±0.17326368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 414.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.243.243.24
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.720414.720414.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-2.4332.4020.033

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ER coactivators complex

全体名称: ER coactivators complex
要素
  • 複合体: ER coactivators complex

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超分子 #1: ER coactivators complex

超分子名称: ER coactivators complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: map of ER complex with CARM1 bind
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Baculoviridae (ウイルス) / 組換細胞: sf9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
100.0 mMTris-HCl
1.5 mMDTT
50.0 mMNaCl
10.0 mMMgCl2
0.025 %Triton X-100
グリッドモデル: quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 5 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 23000
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細running in super resolution counting mode through serialEM
CTF補正ソフトウェア - 名称: e2ctf.py / ソフトウェア - 詳細: use e2ctf auto correct ctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: generate from scratch in EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 詳細: done by EMAN2 automatically / 使用した粒子像数: 46527
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 1096
Projection matching processing - Merit function: CC
Projection matching processing - Angular sampling: 2.0 degrees
ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 5000 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 詳細: use eman2 multi refine to separate classes in 3D
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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