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- EMDB-8805: 80S ribsome from Oryctolagus cuniculus, class IV - with mid-rotat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8805
タイトル80S ribsome from Oryctolagus cuniculus, class IV - with mid-rotated/swiveled 40S and eeF2, derived from EMPIAR-10064 using eClarity
マップデータRabbit 80S ribosome derived from EMPIAR-10064 using emClarity. Mid-rotated/swiveled 40S with eeF2.
試料
  • 複合体: 80s ribsome from Oryctolagus cuniculus
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Himes BA / Zhang P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM085043 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2018
タイトル: emClarity: software for high-resolution cryo-electron tomography and subtomogram averaging.
著者: Benjamin A Himes / Peijun Zhang /
要旨: Macromolecular complexes are intrinsically flexible and often challenging to purify for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Such complexes can be studied by ...Macromolecular complexes are intrinsically flexible and often challenging to purify for structure determination by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Such complexes can be studied by cryo-electron tomography (cryo-ET) combined with subtomogram alignment and classification, which in exceptional cases achieves subnanometer resolution, yielding insight into structure-function relationships. However, it remains challenging to apply this approach to specimens that exhibit conformational or compositional heterogeneity or are present in low abundance. To address this, we developed emClarity ( https://github.com/bHimes/emClarity/wiki ), a GPU-accelerated image-processing package featuring an iterative tomographic tilt-series refinement algorithm that uses subtomograms as fiducial markers and a 3D-sampling-function-compensated, multi-scale principal component analysis classification method. We demonstrate that our approach offers substantial improvement in the resolution of maps and in the separation of different functional states of macromolecular complexes compared with current state-of-the-art software.
履歴
登録2017年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年10月10日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8805.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rabbit 80S ribosome derived from EMPIAR-10064 using emClarity. Mid-rotated/swiveled 40S with eeF2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 336 pix.
= 880.32 Å		2.62 Å/pix.
x 336 pix.
= 880.32 Å		2.62 Å/pix.
x 336 pix.
= 880.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-7.134783 - 12.483474
平均 (標準偏差)0.01032434 (±0.27294755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 880.31995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z880.320880.320880.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-7.13512.4830.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80s ribsome from Oryctolagus cuniculus

全体名称: 80s ribsome from Oryctolagus cuniculus
要素
  • 複合体: 80s ribsome from Oryctolagus cuniculus

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超分子 #1: 80s ribsome from Oryctolagus cuniculus

超分子名称: 80s ribsome from Oryctolagus cuniculus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
50.0 mMpotassium chlorideKCl
2.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Data collection 20 --> -60, 22 --> 60 degrees
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.0)
ソフトウェア - 詳細: adapted single-particle wiener filter
詳細: Independent beyond 3.6 nm as determined by the FSC at the time of dividing the half-sets
使用したサブトモグラム数: 739
抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 3090
CTF補正ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.0)
ソフトウェア - 詳細: Included astigmatism and per-tilt CTF determination
詳細: Phases corrected on the projections by multiplying by the CTF in tiles compensating for the defocus gradient in tilted images.
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 500 / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.0)
詳細: 3,090 total subtomograms were assigned to 5 separate classes using multi-scale PCA with full-3dCTF compensated estimators. 1.0,1.6,2.4,5.4 nm were the length-scales used for the msPCA.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.0)
詳細: 3D refinement with two half-sets fully separated after template matching, at which point the FSC 0.5 was 3.6 nanometers. Reference and subtomograms filtered dynamically according to the FSC ...詳細: 3D refinement with two half-sets fully separated after template matching, at which point the FSC 0.5 was 3.6 nanometers. Reference and subtomograms filtered dynamically according to the FSC at each cycle using the FOM approach.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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