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万見
- EMDB-8800: SpoIIIAG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8800
タイトルSpoIIIAG
マップデータSpoIIIAG
試料
  • 複合体: SpoIIIAG
    • タンパク質・ペプチド: SpoIIIAG 83-229
機能・相同性Sporulation stage III, protein AG / membrane => GO:0016020 / Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Zeytuni N / Hong C / Worrall LJ / Huang RK / Yu Z / Strynadka NCJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Near-atomic resolution cryoelectron microscopy structure of the 30-fold homooligomeric SpoIIIAG channel essential to spore formation in .
著者: Natalie Zeytuni / Chuan Hong / Kelly A Flanagan / Liam J Worrall / Kate A Theiltges / Marija Vuckovic / Rick K Huang / Shawn C Massoni / Amy H Camp / Zhiheng Yu / Natalie C Strynadka /
要旨: Bacterial sporulation allows starving cells to differentiate into metabolically dormant spores that can survive extreme conditions. Following asymmetric division, the mother cell engulfs the ...Bacterial sporulation allows starving cells to differentiate into metabolically dormant spores that can survive extreme conditions. Following asymmetric division, the mother cell engulfs the forespore, surrounding it with two bilayer membranes. During the engulfment process, an essential channel, the so-called feeding tube apparatus, is thought to cross both membranes to create a direct conduit between the mother cell and the forespore. At least nine proteins are required to create this channel, including SpoIIQ and SpoIIIAA-AH. Here, we present the near-atomic resolution structure of one of these proteins, SpoIIIAG, determined by single-particle cryo-EM. A 3D reconstruction revealed that SpoIIIAG assembles into a large and stable 30-fold symmetric complex with a unique mushroom-like architecture. The complex is collectively composed of three distinctive circular structures: a 60-stranded vertical β-barrel that forms a large inner channel encircled by two concentric rings, one β-mediated and the other formed by repeats of a ring-building motif (RBM) common to the architecture of various dual membrane secretion systems of distinct function. Our near-atomic resolution structure clearly shows that SpoIIIAG exhibits a unique and dramatic adaptation of the RBM fold with a unique β-triangle insertion that assembles into the prominent channel, the dimensions of which suggest the potential passage of large macromolecules between the mother cell and forespore during the feeding process. Indeed, mutation of residues located at key interfaces between monomers of this RBM resulted in severe defects both in vivo and in vitro, providing additional support for this unprecedented structure.
履歴
登録2017年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2017年8月16日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8800.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SpoIIIAG
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 220 pix.
= 360.8 Å		1.64 Å/pix.
x 220 pix.
= 360.8 Å		1.64 Å/pix.
x 220 pix.
= 360.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.037 / ムービー #1: 0.037
最小 - 最大-0.026800936 - 0.13717389
平均 (標準偏差)0.0008544886 (±0.006853096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 360.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.800360.800360.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0270.1370.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SpoIIIAG

全体名称: SpoIIIAG
要素
  • 複合体: SpoIIIAG
    • タンパク質・ペプチド: SpoIIIAG 83-229

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超分子 #1: SpoIIIAG

超分子名称: SpoIIIAG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: residues 83-229
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET28
分子量実験値: 580 KDa

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分子 #1: SpoIIIAG 83-229

分子名称: SpoIIIAG 83-229 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ASKSDKPKDS IDDYEKEYEN QLKEILETII GVDDVSVVVN VDATSLKVYE KNKSNKNTTT EETDKEGGKR SVTDQSSEEE IVMIKNGDKE TPVVVQTKKP DIRGVLVVAQ GVDNVQIKQT IIEAVTRVLD VPSHRVAVAP KKIKEDS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.3 MNaClSodium Chloride
0.01 M(HOCH2)3CNH2Tris
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2435 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.4 µm / 倍率（補正後）: 30488 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 277000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND4 (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 129000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: Relion 1.4
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: Relion 1.4
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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