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- EMDB-8739: Cryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8739
タイトルCryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus
マップデータNeisseria gonorrhoeae Type IV pilus
試料
  • 複合体: Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
  • リガンド: PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER
キーワードMelted helix / type IV pili / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV major pilin protein PilE1
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Wang F / Orlova A
資金援助 米国, カナダ, フランス, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI114902 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP125959 カナダ
French National Research AgencyANR14CE14001002 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Cryoelectron Microscopy Reconstructions of the Pseudomonas aeruginosa and Neisseria gonorrhoeae Type IV Pili at Sub-nanometer Resolution.
著者: Fengbin Wang / Mathieu Coureuil / Tomasz Osinski / Albina Orlova / Tuba Altindal / Gaël Gesbert / Xavier Nassif / Edward H Egelman / Lisa Craig /
要旨: We report here cryoelectron microscopy reconstructions of type IV pili (T4P) from two important human pathogens, Pseudomonas aeruginosa and Neisseria gonorrhoeae, at ∼ 8 and 5 Å resolution, ...We report here cryoelectron microscopy reconstructions of type IV pili (T4P) from two important human pathogens, Pseudomonas aeruginosa and Neisseria gonorrhoeae, at ∼ 8 and 5 Å resolution, respectively. The two structures reveal distinct arrangements of the pilin globular domains on the pilus surfaces, which impart different helical parameters, but similar packing of the conserved N-terminal α helices, α1, in the filament core. In contrast to the continuous α helix seen in the X-ray crystal structures of the P. aeruginosa and N. gonorrhoeae pilin subunits, α1 in the pilus filaments has a melted segment located between conserved helix-breaking residues Gly14 and Pro22, as seen for the Neisseria meningitidis T4P. Using mutagenesis we show that Pro22 is critical for pilus assembly, as are Thr2 and Glu5, which are positioned to interact in the hydrophobic filament core. These structures provide a framework for understanding T4P assembly, function, and biophysical properties.
履歴
登録2017年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月14日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5vxx
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8739.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 800 pix.
= 840. Å		1.05 Å/pix.
x 100 pix.
= 105. Å		1.05 Å/pix.
x 100 pix.
= 105. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-0.4125803 - 1.3121406
平均 (標準偏差)0.06006443 (±0.16992228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-400
サイズ100100800
Spacing100100800
セルA: 104.99999 Å / B: 104.99999 Å / C: 839.99994 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z100100800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z105.000105.000840.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-400
NC/NR/NS100100800
D min/max/mean-0.4131.3120.060

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament

全体名称: Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament
要素
  • 複合体: Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
  • リガンド: PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER

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超分子 #1: Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament

超分子名称: Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: C30

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分子 #1: Fimbrial protein

分子名称: Fimbrial protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: C30
分子量理論値: 17.196467 KDa
配列文字列:
FTLIELMIVI AIVGILAAVA LPAYQDYTAR AQVSEAILLA EGQKSAVTEY YLNHGKWPEN NTSAGVASSP TDIKGKYVKE VEVKNGVVT ATMLSSGVNN EIKGKKLSLW ARRENGSVKW FCGQPVTRTD DDTVADAKDG KEIDTKHLPS TCRDNFDAK

UniProtKB: Type IV major pilin protein PilE1

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分子 #3: PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER

分子名称: PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 21 / 式: OPE
分子量理論値: 141.063 Da
Chemical component information

ChemComp-OPE:
PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer
グリッド前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the ...詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the estimation of the CTF as well as for boxing filaments. Only the first two parts were used for the reconstruction (~5 electrons per Angstrom^2).
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 100.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: model-map FSC 0.38 cut-off / 使用した粒子像数: 9855
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-5vxx:
Cryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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