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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8692 | |||||||||
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タイトル | Human Inosine Monophosphate Dehydrogenase 2 (hIMPDH2), Y12A mutant | |||||||||
マップデータ | human inosine monophosphate dehydrogenase, Y12A mutant. D4 symmetry | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kollman JK / Johnson MC / Burrell AL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2017 タイトル: Reconstituted IMPDH polymers accommodate both catalytically active and inactive conformations. 著者: Sajitha A Anthony / Anika L Burrell / Matthew C Johnson / Krisna C Duong-Ly / Yin-Ming Kuo / Jacqueline C Simonet / Peter Michener / Andrew Andrews / Justin M Kollman / Jeffrey R Peterson / 要旨: Several metabolic enzymes undergo reversible polymerization into macromolecular assemblies. The function of these assemblies is often unclear but in some cases they regulate enzyme activity and ...Several metabolic enzymes undergo reversible polymerization into macromolecular assemblies. The function of these assemblies is often unclear but in some cases they regulate enzyme activity and metabolic homeostasis. The guanine nucleotide biosynthetic enzyme inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) forms octamers that polymerize into helical chains. In mammalian cells, IMPDH filaments can associate into micron-length assemblies. Polymerization and enzyme activity are regulated in part by binding of purine nucleotides to an allosteric regulatory domain. ATP promotes octamer polymerization, whereas GTP promotes a compact, inactive conformation whose ability to polymerize is unknown. Also unclear is whether polymerization directly alters IMPDH catalytic activity. To address this, we identified point mutants of human IMPDH2 that either prevent or promote polymerization. Unexpectedly, we found that polymerized and non-assembled forms of recombinant IMPDH have comparable catalytic activity, substrate affinity, and GTP sensitivity and validated this finding in cells. Electron microscopy revealed that substrates and allosteric nucleotides shift the equilibrium between active and inactive conformations in both the octamer and the filament. Unlike other metabolic filaments, which selectively stabilize active or inactive conformations, recombinant IMPDH filaments accommodate multiple states. These conformational states are finely tuned by substrate availability and purine balance, while polymerization may allow cooperative transitions between states. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8692.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8692-v30.xml emd-8692.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8692_fsc.xml | 3.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8692.png | 182.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8692 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8692_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8692_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8692_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8692 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human inosine monophosphate dehydrogenase, Y12A mutant. D4 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human inosine monophosphate dehydrogenase, Y12A mutant. D4 symmetry
全体 | 名称: human inosine monophosphate dehydrogenase, Y12A mutant. D4 symmetry |
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要素 |
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-超分子 #1: human inosine monophosphate dehydrogenase, Y12A mutant. D4 symmetry
超分子 | 名称: human inosine monophosphate dehydrogenase, Y12A mutant. D4 symmetry タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |