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万見
- EMDB-8655: Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi: dual-axis tilt series... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8655
タイトルZika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi: dual-axis tilt series tomogram from 3 serial sections
マップデータZika virus-infected cell at 20 hpi. High pressure frozen/freeze substituted sample, 3 serial sections, dual axis tomogram
試料
  • 細胞: Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi
    • 細胞: Vero E6 cell
    • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
生物種Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Rossignol ED / Bullitt E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102474 米国
NIH/NCRRS10 RR025434 米国
引用ジャーナル: Cell Microbiol / 年: 2017
タイトル: Zika virus induced cellular remodelling.
著者: Evan D Rossignol / Kristen N Peters / John H Connor / Esther Bullitt /
要旨: Zika virus (ZIKV) has been associated with morbidities such as Guillain-Barré, infant microcephaly, and ocular disease. The spread of this positive-sense, single-stranded RNA virus and its growing ...Zika virus (ZIKV) has been associated with morbidities such as Guillain-Barré, infant microcephaly, and ocular disease. The spread of this positive-sense, single-stranded RNA virus and its growing public health threat underscore gaps in our understanding of basic ZIKV virology. To advance knowledge of the virus replication cycle within mammalian cells, we use serial section 3-dimensional electron tomography to demonstrate the widespread remodelling of intracellular membranes upon infection with ZIKV. We report extensive structural rearrangements of the endoplasmic reticulum and reveal stages of the ZIKV viral replication cycle. Structures associated with RNA genome replication and virus assembly are observed integrated within the endoplasmic reticulum, and we show viruses in transit through the Golgi apparatus for viral maturation, and subsequent cellular egress. This study characterises in detail the 3-dimensional ultrastructural organisation of the ZIKV replication cycle stages. Our results show close adherence of the ZIKV replication cycle to the existing flavivirus replication paradigm.
履歴
登録2017年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年4月5日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Zika virus-infected cell at 20 hpi. High pressure frozen/freeze substituted sample, 3 serial sections, dual axis tomogram
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.86 Å
密度
最小 - 最大-114 - 127
平均 (標準偏差)6.2236724 (±25.568787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0054
サイズ21782246321
Spacing22462178321
セルA: 24391.559 Å / B: 23653.08 Å / C: 3486.0598 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z10.85999955476410.8610.86
M x/y/z22462178321
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z24391.55923653.0803486.060
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0054
NC/NR/NS22462178321
D min/max/mean-114.000127.0006.224

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi

全体名称: Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi
要素
  • 細胞: Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi
    • 細胞: Vero E6 cell
    • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

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超分子 #1: Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi

超分子名称: Zika virus-infected Vero E6 cell at 20 hpi / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cells were infected at a multiplicity of infection of 5 for 20 hours. Cells were fixed, scraped, pelleted, high-pressure frozen/freeze substituted, and embedded in TAAB Epon. Tomogram ...詳細: Cells were infected at a multiplicity of infection of 5 for 20 hours. Cells were fixed, scraped, pelleted, high-pressure frozen/freeze substituted, and embedded in TAAB Epon. Tomogram includes 3 joined serial sections, each a dual-axis tomogram.

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超分子 #2: Vero E6 cell

超分子名称: Vero E6 cell / タイプ: cell / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 株: Vero E6

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超分子 #3: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 3 / 親要素: 1 / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / Sci species strain: PRVABC59 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl accetate, tannic acid, lead citrate
詳細: HPF/FS stain of 0.1% UA, 0.1% tannic acid. Post-section stain of 4% UA, 0.2% Reynold's lead citrate
糖包埋材質: TAAB epon
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Reichert / ウルトラミクロトーム - 温度: 273 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 180 nm
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Collected using SerialEM
最終 再構成アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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