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万見
- EMDB-8625: Cryo-EM structure of the MAL TIR domain filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8625
タイトルCryo-EM structure of the MAL TIR domain filament
マップデータCryo-EM structure of the MAL TIR domain filament
試料
  • 複合体: MAL TIR domain filament
    • タンパク質・ペプチド: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
キーワードTIR domain / adaptor proteins / TLR signaling / homotypic protein interactions / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / myeloid cell differentiation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of neutrophil chemotaxis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of innate immune response / cellular response to lipoteichoic acid / endocytic vesicle / signaling adaptor activity / positive regulation of B cell proliferation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-12 production / protein kinase C binding / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / ER-Phagosome pathway / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-interleukin 1 receptor domain-containing adaptor protein, Tirap / TIR domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Ve T / Vajjhala PR
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1107804 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis of TIR-domain-assembly formation in MAL- and MyD88-dependent TLR4 signaling.
著者: Thomas Ve / Parimala R Vajjhala / Andrew Hedger / Tristan Croll / Frank DiMaio / Shane Horsefield / Xiong Yu / Peter Lavrencic / Zahid Hassan / Garry P Morgan / Ashley Mansell / Mehdi Mobli / ...著者: Thomas Ve / Parimala R Vajjhala / Andrew Hedger / Tristan Croll / Frank DiMaio / Shane Horsefield / Xiong Yu / Peter Lavrencic / Zahid Hassan / Garry P Morgan / Ashley Mansell / Mehdi Mobli / Ailis O'Carroll / Brieuc Chauvin / Yann Gambin / Emma Sierecki / Michael J Landsberg / Katryn J Stacey / Edward H Egelman / Bostjan Kobe /
要旨: Toll-like receptor (TLR) signaling is a key innate immunity response to pathogens. Recruitment of signaling adapters such as MAL (TIRAP) and MyD88 to the TLRs requires Toll/interleukin-1 receptor ...Toll-like receptor (TLR) signaling is a key innate immunity response to pathogens. Recruitment of signaling adapters such as MAL (TIRAP) and MyD88 to the TLRs requires Toll/interleukin-1 receptor (TIR)-domain interactions, which remain structurally elusive. Here we show that MAL TIR domains spontaneously and reversibly form filaments in vitro. They also form cofilaments with TLR4 TIR domains and induce formation of MyD88 assemblies. A 7-Å-resolution cryo-EM structure reveals a stable MAL protofilament consisting of two parallel strands of TIR-domain subunits in a BB-loop-mediated head-to-tail arrangement. Interface residues that are important for the interaction are conserved among different TIR domains. Although large filaments of TLR4, MAL or MyD88 are unlikely to form during cellular signaling, structure-guided mutagenesis, combined with in vivo interaction assays, demonstrated that the MAL interactions defined within the filament represent a template for a conserved mode of TIR-domain interaction involved in both TLR and interleukin-1 receptor signaling.
履歴
登録2017年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月26日-
マップ公開2017年7月26日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 350
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 350
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5uzb
  • 表面レベル: 350
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5uzb
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the MAL TIR domain filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 100 pix.
= 107. Å		1.07 Å/pix.
x 260 pix.
= 278.2 Å		1.07 Å/pix.
x 260 pix.
= 278.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 350.0 / ムービー #1: 350
最小 - 最大-211.085919999999987 - 781.79970000000003
平均 (標準偏差)102.514694000000006 (±152.018550000000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-130-130-49
サイズ260260100
Spacing260260100
セルA: 278.2 Å / B: 278.2 Å / C: 107.00001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z260260100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.200278.200107.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-130-130-49
NC/NR/NS260260100
D min/max/mean-211.086781.800102.515

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MAL TIR domain filament

全体名称: MAL TIR domain filament
要素
  • 複合体: MAL TIR domain filament
    • タンパク質・ペプチド: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein

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超分子 #1: MAL TIR domain filament

超分子名称: MAL TIR domain filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein

分子名称: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.689162 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNAEQKLIS EEDLSSRWSK DYDVCVCHSE EDLVAAQDLV SYLEGSTASL RCFLQLRDAT PGGAIVSEL CQALSSSHCR VLLITPGFLQ DPWCKYQMLQ ALTEAPGAEG CTIPLLSGLS RAAYPPELRF MYYVDGRGPD G GFRQVKEA VMRYLQTLS

UniProtKB: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 446 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -26.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア: (名称: SPIDER, IHRSR) / 使用した粒子像数: 17175
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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