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万見
- EMDB-8600: Sub-tomogram average of the type VI secretion system membrane-ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8600
タイトルSub-tomogram average of the type VI secretion system membrane-associated region in Myxococcus xanthus
マップデータ
試料
  • 複合体: Type VI secretion system
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Chang Y-W / Rettberg LA / Jensen GJ
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: structures of an intact type VI secretion system revealed by electron cryotomography.
著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Davi R Ortega / Grant J Jensen /
要旨: The type VI secretion system (T6SS) is a versatile molecular weapon used by many bacteria against eukaryotic hosts or prokaryotic competitors. It consists of a cytoplasmic bacteriophage tail-like ...The type VI secretion system (T6SS) is a versatile molecular weapon used by many bacteria against eukaryotic hosts or prokaryotic competitors. It consists of a cytoplasmic bacteriophage tail-like structure anchored in the bacterial cell envelope via a cytoplasmic baseplate and a periplasmic membrane complex. Rapid contraction of the sheath in the bacteriophage tail-like structure propels an inner tube/spike complex through the target cell envelope to deliver effectors. While structures of purified contracted sheath and purified membrane complex have been solved, because sheaths contract upon cell lysis and purification, no structure is available for the extended sheath. Structural information about the baseplate is also lacking. Here, we use electron cryotomography to directly visualize intact T6SS structures inside cells. Using sub-tomogram averaging, we resolve the structure of the extended sheath and membrane-associated components including the baseplate. Moreover, we identify novel extracellular bacteriophage tail fiber-like antennae. These results provide new structural insights into how the extended sheath prevents premature disassembly and how this sophisticated machine may recognize targets.
履歴
登録2017年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2017年5月10日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8600.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 780. Å		7.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 1560. Å		7.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 780. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65 / ムービー #1: 0.65
最小 - 最大-0.000000029802322 - 1.
平均 (標準偏差)0.43400806 (±0.105681956)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200100100
Spacing100200100
セルA: 780.0 Å / B: 1560.0 Å / C: 780.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.87.87.8
M x/y/z100200100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z780.0001560.000780.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-41
NX/NY/NZ737384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100200100
D min/max/mean-0.0001.0000.434

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type VI secretion system

全体名称: Type VI secretion system
要素
  • 複合体: Type VI secretion system

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超分子 #1: Type VI secretion system

超分子名称: Type VI secretion system / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Tomo3d / 使用したサブトモグラム数: 16
抽出トモグラム数: 16 / 使用した粒子像数: 16 / ソフトウェア - 名称: PEET
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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