[日本語] English
万見
- EMDB-8575: Negative stain 3D reconstruction of hexameric ComM in the presenc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8575
タイトルNegative stain 3D reconstruction of hexameric ComM in the presence of ATP and ssDNA
マップデータHexameric ComM in the presence of ATP and ssDNA
試料
  • 複合体: Hexameric ComM protein in the presence of ATP and ssDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / DNA duplex unwinding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mg chelatase-related protein / Mg chelatase-related protein, C-terminal domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI C-terminal / Subunit ChlI of Mg-chelatase / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / MCM domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold ...Mg chelatase-related protein / Mg chelatase-related protein, C-terminal domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI C-terminal / Subunit ChlI of Mg-chelatase / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / MCM domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Competence protein ComM
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.8 Å
データ登録者Nero TM / Dalia TN / Wang JC-Y / Bochman ML / Dalia AB
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018
タイトル: ComM is a hexameric helicase that promotes branch migration during natural transformation in diverse Gram-negative species.
著者: Thomas M Nero / Triana N Dalia / Joseph Che-Yen Wang / David T Kysela / Matthew L Bochman / Ankur B Dalia /
要旨: Acquisition of foreign DNA by natural transformation is an important mechanism of adaptation and evolution in diverse microbial species. Here, we characterize the mechanism of ComM, a broadly ...Acquisition of foreign DNA by natural transformation is an important mechanism of adaptation and evolution in diverse microbial species. Here, we characterize the mechanism of ComM, a broadly conserved AAA+ protein previously implicated in homologous recombination of transforming DNA (tDNA) in naturally competent Gram-negative bacterial species. In vivo, we found that ComM was required for efficient comigration of linked genetic markers in Vibrio cholerae and Acinetobacter baylyi, which is consistent with a role in branch migration. Also, ComM was particularly important for integration of tDNA with increased sequence heterology, suggesting that its activity promotes the acquisition of novel DNA sequences. In vitro, we showed that purified ComM binds ssDNA, oligomerizes into a hexameric ring, and has bidirectional helicase and branch migration activity. Based on these data, we propose a model for tDNA integration during natural transformation. This study provides mechanistic insight into the enigmatic steps involved in tDNA integration and uncovers the function of a protein required for this conserved mechanism of horizontal gene transfer.
履歴
登録2017年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2018年1月24日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8575.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hexameric ComM in the presence of ATP and ssDNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 180. Å		1.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 180. Å		1.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 180. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.039537575 - 0.041225474
平均 (標準偏差)0.0010368424 (±0.006935026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 180.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z180.000180.000180.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0400.0410.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Hexameric ComM protein in the presence of ATP and ssDNA

全体名称: Hexameric ComM protein in the presence of ATP and ssDNA
要素
  • 複合体: Hexameric ComM protein in the presence of ATP and ssDNA

-
超分子 #1: Hexameric ComM protein in the presence of ATP and ssDNA

超分子名称: Hexameric ComM protein in the presence of ATP and ssDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2(DE3) pLysS
分子量実験値: 342 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM Na-HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, 300 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.05% Tween-20
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: 0.75% (w/v) Uranyl Formate
グリッドモデル: EMS CF300-Cu / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 14.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND4 (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: De novo built using EMAN2 from Relion 2D class averages
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: Relion 1.4 was used / 使用した粒子像数: 32958
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る