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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8567 | |||||||||
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タイトル | In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system (aligning the inner membrane complex) | |||||||||
マップデータ | In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system (aligning the inner membrane complex) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ghosal D / Chang YW / Jensen GJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017 タイトル: structure of the Dot/Icm type IV secretion system by electron cryotomography. 著者: Debnath Ghosal / Yi-Wei Chang / Kwangcheol C Jeong / Joseph P Vogel / Grant J Jensen / 要旨: Type IV secretion systems (T4SSs) are large macromolecular machines that translocate protein and DNA and are involved in the pathogenesis of multiple human diseases. Here, using electron ...Type IV secretion systems (T4SSs) are large macromolecular machines that translocate protein and DNA and are involved in the pathogenesis of multiple human diseases. Here, using electron cryotomography (ECT), we report the structure of the Dot/Icm type IVB secretion system (T4BSS) utilized by the human pathogen This is the first structure of a type IVB secretion system, and also the first structure of any T4SS While the Dot/Icm system shares almost no sequence similarity with type IVA secretion systems (T4ASSs), its overall structure is seen here to be remarkably similar to previously reported T4ASS structures (those encoded by the R388 plasmid in and the cag pathogenicity island in ). This structural similarity suggests shared aspects of mechanism. However, compared to the negative-stain reconstruction of the purified T4ASS from the R388 plasmid, the Dot/Icm system is approximately twice as long and wide and exhibits several additional large densities, reflecting type-specific elaborations and potentially better structural preservation . | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8567.map.gz | 3.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8567-v30.xml emd-8567.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8567.png | 67.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8567 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8567_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8567_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8567_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8567 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | In vivo structure of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system (aligning the inner membrane complex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Legionella pneumophila Dot/Icm type IVB secretion system
全体 | 名称: Legionella pneumophila Dot/Icm type IVB secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Legionella pneumophila Dot/Icm type IVB secretion system
超分子 | 名称: Legionella pneumophila Dot/Icm type IVB secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: We used electron cryotomography and subtomogram averaging to visualize L. pneumophila Dot/Icm machines directly in intact, frozen-hydrated bacteria cells. |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) / 株: Lp02 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, TOMO3D / 詳細: RESMAP / 使用したサブトモグラム数: 386 |
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抽出 | トモグラム数: 87 / 使用した粒子像数: 386 / ソフトウェア - 名称: PEET |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |