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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8542 | ||||||||||||
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タイトル | Phosphofructokinase-1 Filamnet | ||||||||||||
マップデータ | wildtype phosphofructokinase liver isoform filaments assembled with ATP and fructose-6-phosphate | ||||||||||||
試料 |
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手法 | らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dosey AM / Kollman JM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2017 タイトル: The glycolytic enzyme phosphofructokinase-1 assembles into filaments. 著者: Bradley A Webb / Anne M Dosey / Torsten Wittmann / Justin M Kollman / Diane L Barber / 要旨: Despite abundant knowledge of the regulation and biochemistry of glycolytic enzymes, we have limited understanding on how they are spatially organized in the cell. Emerging evidence indicates that ...Despite abundant knowledge of the regulation and biochemistry of glycolytic enzymes, we have limited understanding on how they are spatially organized in the cell. Emerging evidence indicates that nonglycolytic metabolic enzymes regulating diverse pathways can assemble into polymers. We now show tetramer- and substrate-dependent filament assembly by phosphofructokinase-1 (PFK1), which is considered the "gatekeeper" of glycolysis because it catalyzes the step committing glucose to breakdown. Recombinant liver PFK1 (PFKL) isoform, but not platelet PFK1 (PFKP) or muscle PFK1 (PFKM) isoforms, assembles into filaments. Negative-stain electron micrographs reveal that filaments are apolar and made of stacked tetramers oriented with exposed catalytic sites positioned along the edge of the polymer. Electron micrographs and biochemical data with a PFKL/PFKP chimera indicate that the PFKL regulatory domain mediates filament assembly. Quantified live-cell imaging shows dynamic properties of localized PFKL puncta that are enriched at the plasma membrane. These findings reveal a new behavior of a key glycolytic enzyme with insights on spatial organization and isoform-specific glucose metabolism in cells. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8542.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8542-v30.xml emd-8542.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8542_fsc.xml | 5.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8542.png | 68.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8542 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8542_validation.pdf.gz | 79.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8542_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8542_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8542 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | wildtype phosphofructokinase liver isoform filaments assembled with ATP and fructose-6-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform
全体 | 名称: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform |
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要素 |
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-超分子 #1: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform
超分子 | 名称: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: PFKL tetramers assembled into filaments by addition of ATP and fructose-6-phosphate |
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組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換プラスミド: pFastBac |
分子量 | 理論値: 42.2 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 120 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |