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万見
- EMDB-8542: Phosphofructokinase-1 Filamnet -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8542
タイトルPhosphofructokinase-1 Filamnet
マップデータwildtype phosphofructokinase liver isoform filaments assembled with ATP and fructose-6-phosphate
試料
  • 複合体: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Dosey AM / Kollman JM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM118396 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA197855 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM047414 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2017
タイトル: The glycolytic enzyme phosphofructokinase-1 assembles into filaments.
著者: Bradley A Webb / Anne M Dosey / Torsten Wittmann / Justin M Kollman / Diane L Barber /
要旨: Despite abundant knowledge of the regulation and biochemistry of glycolytic enzymes, we have limited understanding on how they are spatially organized in the cell. Emerging evidence indicates that ...Despite abundant knowledge of the regulation and biochemistry of glycolytic enzymes, we have limited understanding on how they are spatially organized in the cell. Emerging evidence indicates that nonglycolytic metabolic enzymes regulating diverse pathways can assemble into polymers. We now show tetramer- and substrate-dependent filament assembly by phosphofructokinase-1 (PFK1), which is considered the "gatekeeper" of glycolysis because it catalyzes the step committing glucose to breakdown. Recombinant liver PFK1 (PFKL) isoform, but not platelet PFK1 (PFKP) or muscle PFK1 (PFKM) isoforms, assembles into filaments. Negative-stain electron micrographs reveal that filaments are apolar and made of stacked tetramers oriented with exposed catalytic sites positioned along the edge of the polymer. Electron micrographs and biochemical data with a PFKL/PFKP chimera indicate that the PFKL regulatory domain mediates filament assembly. Quantified live-cell imaging shows dynamic properties of localized PFKL puncta that are enriched at the plasma membrane. These findings reveal a new behavior of a key glycolytic enzyme with insights on spatial organization and isoform-specific glucose metabolism in cells.
履歴
登録2016年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2018年1月24日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.163
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.163
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8542.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈wildtype phosphofructokinase liver isoform filaments assembled with ATP and fructose-6-phosphate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.14 Å/pix.
x 120 pix.
= 496.8 Å		4.14 Å/pix.
x 120 pix.
= 496.8 Å		4.14 Å/pix.
x 120 pix.
= 496.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.163 / ムービー #1: 0.163
最小 - 最大-0.2782783 - 0.5283528
平均 (標準偏差)-0.00129166 (±0.059799593)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 496.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.144.144.14
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z496.800496.800496.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.2780.528-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform

全体名称: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform
要素
  • 複合体: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform

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超分子 #1: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform

超分子名称: Filament of phosphofructokinase-1 liver isoform / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: PFKL tetramers assembled into filaments by addition of ATP and fructose-6-phosphate
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac
分子量理論値: 42.2 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 120 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 83.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -140 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 21.00) / 使用した粒子像数: 7695
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3.0)
Segment selection選択した数: 9324 / ソフトウェア - 名称: Appion Helix Boxer
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 21.00)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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