[日本語] English
万見
- EMDB-8517: Chicken Slo2.2 in a closed conformation vitrified in the presence... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8517
タイトルChicken Slo2.2 in a closed conformation vitrified in the presence of 300 mM NaCl
マップデータClosed Slo2.2 density map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Chicken Slo2.2 in closed conformation
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily T member 1
キーワードIon channel / potassium channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sodium-activated potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily T member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Hite RK / MacKinnon R
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Titration of Slo2.2, a Na-Dependent K Channel.
著者: Richard K Hite / Roderick MacKinnon /
要旨: The stable structural conformations that occur along the complete reaction coordinate for ion channel opening have never been observed. In this study, we describe the equilibrium ensemble of ...The stable structural conformations that occur along the complete reaction coordinate for ion channel opening have never been observed. In this study, we describe the equilibrium ensemble of structures of Slo2.2, a neuronal Na-activated K channel, as a function of the Na concentration. We find that Slo2.2 exists in multiple closed conformations whose relative occupancies are independent of Na concentration. An open conformation emerges from an ensemble of closed conformations in a highly Na-dependent manner, without evidence of Na-dependent intermediates. In other words, channel opening is a highly concerted, switch-like process. The midpoint of the structural titration matches that of the functional titration. A maximum open conformation probability approaching 1.0 and maximum functional open probability approaching 0.7 imply that, within the class of open channels, there is a subclass that is not permeable to ions.
履歴
登録2016年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2017年2月8日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5u76
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8517.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Closed Slo2.2 density map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-6.7269893 - 14.454624000000001
平均 (標準偏差)-0.1761945 (±0.6271196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-6.72714.455-0.176

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Chicken Slo2.2 in closed conformation

全体名称: Chicken Slo2.2 in closed conformation
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Chicken Slo2.2 in closed conformation
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily T member 1

-
超分子 #1: Chicken Slo2.2 in closed conformation

超分子名称: Chicken Slo2.2 in closed conformation / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

-
分子 #1: Potassium channel subfamily T member 1

分子名称: Potassium channel subfamily T member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 137.409812 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MARAKLKNSP SESNSHVKTV PPATTEDVRG VSPLLPARRM GSLGSDVGQR PHAEDFSMDS SFSQVQVEFY VNENTFKERL KLFFIKNQR SSLRIRLFNF SLKLLTCLLY IVRVLLDNPE EGIGCWECEK QNYTLFNQST KINWSHIFWV DRKLPLWAVQ V SIALISFL ...文字列:
MARAKLKNSP SESNSHVKTV PPATTEDVRG VSPLLPARRM GSLGSDVGQR PHAEDFSMDS SFSQVQVEFY VNENTFKERL KLFFIKNQR SSLRIRLFNF SLKLLTCLLY IVRVLLDNPE EGIGCWECEK QNYTLFNQST KINWSHIFWV DRKLPLWAVQ V SIALISFL ETMLLIYLSY KGNIWEQIFR ISFILEMINT VPFIITIFWP PLRNLFIPVF LNCWLAKYAL ENMINDLHRA IQ RTQSAMF NQVLILICTL LCLVFTGTCG IQHLERAGEK LSLFKSFYFC IVTFSTVGYG DVTPKIWPSQ LLVVIMICVA LVV LPLQFE ELVYLWMERQ KSGGNYSRHR AQTEKHVVLC VSSLKIDLLM DFLNEFYAHP RLQDYYVVIL CPTEMDIQVR RVLQ IPLWS QRVIYLQGSA LKDQDLMRAK MDNGEACFIL SSRNEVDRTA ADHQTILRAW AVKDFAPNCP LYVQILKPEN KFHVK FADH VVCEEECKYA MLALNCVCPA TSTLITLLVH TSRGQEGQES PEQWQRMYGR CSGNEVYHIR MGDSKFFMEY EGKSFT YAA FHAHKKYGVC LIGIRREENK SILLNPGPRH IMAASDTCFY INITKEENSA FIFKQAEKQK KKGFAGRGTY DGPSRLP VH SIIASMGTVA MDLQNTECRP TNSSKLALPA ENGSGNRRPS IAPVLELADT SSLLPCDLLS DQSEDEMTQS DEEGSAVV E YVKGYPPNSP YIGSSPTLCH LLPEKAPFCC LRLDKGCKHN SFEDAKAYGF KNKLIIVSAE TAGNGLYNFI VPLRAYYRS RKELNPIVLL LDNKPEHHFL EAICCFPMVY YMEGTIDNLD SLLQCGIIYA DNLVVVDKES TMSAEEDYMA DAKTIVNVQT MFRLFPSLS IITELTHPSN MRFMQFRAKD SYSLALSKLE KKERENGSNL AFMFRLPFAA GRVFSISMLD TLLYQSFVKD Y MITITRLL LGLDTTPGSG YLCAMKITED DLWIRTYGRL FQKLCSSSAE IPIGIYRTES HMFATSEPHD IRAQSQISIN VE DCEDTKD VKEHWGIKTG HHRNSCSSDQ SEHPLLRRKS MQWARRLSRK GNKHSGKTAE WISQQRLSLY RRSERQELSE LVK NRMKHL GLPTTGYDEM NDHQNTLSYV LINPPPDTRL ELNDIVYLIR SDPLAHVAND GHSRKSSCSN KLGPCNPETR DETQ L

UniProtKB: Potassium channel subfamily T member 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMKClpotassium chloride
300.0 mMNaClsodium chloride
1.5 mMdodecyl maltoside
0.075 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
0.025 mg/ml1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 88 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 160000 / 詳細: Manual particle selection in RELION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Eman2 used for initial model generation
最終 再構成使用したクラス数: 8 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 130000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 16000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5u76:
Chicken Slo2.2 in a closed conformation vitrified in the presence of 300 mM NaCl

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る