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万見
- EMDB-8508: Cryo-EM Structure of Immature Zika Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8508
タイトルCryo-EM Structure of Immature Zika Virus
マップデータCryo-EM Reconstruction of Immature Zika Virus
試料
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
    • 複合体: Transmembrane domains
      • タンパク質・ペプチド: Protein E
      • タンパク質・ペプチド: M protein
    • タンパク質・ペプチド: E protein
    • タンパク質・ペプチド: pr domain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
キーワードimmature Zika virus / viral protein / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid ...: / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / molecular adaptor activity / host cell surface / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Mangala Prasad V / Miller AS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI076331 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI073755 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of the immature Zika virus at 9 Å resolution.
著者: Vidya Mangala Prasad / Andrew S Miller / Thomas Klose / Devika Sirohi / Geeta Buda / Wen Jiang / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: The current Zika virus (ZIKV) epidemic is characterized by severe pathogenicity in both children and adults. Sequence changes in ZIKV since its first isolation are apparent when pre-epidemic strains ...The current Zika virus (ZIKV) epidemic is characterized by severe pathogenicity in both children and adults. Sequence changes in ZIKV since its first isolation are apparent when pre-epidemic strains are compared with those causing the current epidemic. However, the residues that are responsible for ZIKV pathogenicity are largely unknown. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the immature ZIKV at 9-Å resolution. The cryo-EM map was fitted with the crystal structures of the precursor membrane and envelope glycoproteins and was shown to be similar to the structures of other known immature flaviviruses. However, the immature ZIKV contains a partially ordered capsid protein shell that is less prominent in other immature flaviviruses. Furthermore, six amino acids near the interface between pr domains at the top of the spikes were found to be different between the pre-epidemic and epidemic ZIKV, possibly influencing the composition and structure of the resulting viruses.
履歴
登録2016年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月21日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5u4w
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5u4w
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8508.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8508.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM Reconstruction of Immature Zika Virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.6 Å/pix.
x 336 pix.
= 873.6 Å		2.6 Å/pix.
x 336 pix.
= 873.6 Å		2.6 Å/pix.
x 336 pix.
= 873.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-32.937139999999999 - 22.248031999999998
平均 (標準偏差)0.055202045 (±1.5859408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-168-168-168
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 873.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.62.62.6
M x/y/z336336336
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z873.600873.600873.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-168-168-168
NC/NR/NS336336336
D min/max/mean-32.93722.2480.055

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus

全体名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
    • 複合体: Transmembrane domains
      • タンパク質・ペプチド: Protein E
      • タンパク質・ペプチド: M protein
    • タンパク質・ペプチド: E protein
    • タンパク質・ペプチド: pr domain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose

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超分子 #1: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: prM-E glycoprotein / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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超分子 #2: Transmembrane domains

超分子名称: Transmembrane domains / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

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分子 #1: E protein

分子名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 44.80141 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: GENLYFQGMR CIGMSNRDFV EGVSGGSWVD IVLEHGSCVT TMAKNKPTLD FELIKTEAKQ PATLRKYCIE AKLTNTTTES RCPTQGEPS LNEEQDKRFV CKHSMVDRGW GNGCGLFGKG GIVTCAMFRC KKNMEGKVVQ PENLEYTIVI TPHSGEEHAV G NDTGKHGK ...文字列:
GENLYFQGMR CIGMSNRDFV EGVSGGSWVD IVLEHGSCVT TMAKNKPTLD FELIKTEAKQ PATLRKYCIE AKLTNTTTES RCPTQGEPS LNEEQDKRFV CKHSMVDRGW GNGCGLFGKG GIVTCAMFRC KKNMEGKVVQ PENLEYTIVI TPHSGEEHAV G NDTGKHGK EIKITPQSSI TEAELTGYGT VTMECSPRTG LDFNEMVLLQ MENKAWLVHR QWFLDLPLPW LPGADTQGSN WI QKETLVT FKNPHAKKQD VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQMSSGNLLF TGHLKCRLRM DKLQLKGMSY SMCTGKFKVV KEI AETQHG TIVIRVQYEG DGSPCKIPFE IMDLEKRHVL GRLITVNPIV TEKDSPVNIE AEPPFGDSYI IIGVEPGQLK LNWF KK

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分子 #2: pr domain

分子名称: pr domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 9.261531 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
FHLTTRNGEP HMIVSRQEKG KSLLFKTEDG VNMCTLMAMD LGELCEDTIT YKCPLLRQNE PEDIDCWCNS TSTWVTYGTC T

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分子 #3: Protein E

分子名称: Protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 6.892228 KDa
配列文字列:
GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTKNGSIS LMCLALGGVL IFLSTA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: M protein

分子名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 5.984065 KDa
配列文字列:
REYTKHLIRV ENWIFRNPGF ALAAAAIAWL LGSSTSQKVI YLVMILLIAP AYS

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
1.0 mMEDTA
グリッドモデル: Ultrathin carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 3341 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 4.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 14351
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Random model generation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 9315
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 200 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5u4w:
Cryo-EM Structure of Immature Zika Virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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