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- EMDB-8501: Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8501
タイトルSubtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpD knockout (aligning IM-parts)
マップデータSubtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpD knockout (aligning IM-parts)
試料
  • 複合体: Toxin-coregulated pilus machine
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Chang Y-W / Kjaer A / Jensen GJ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Architecture of the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus machine revealed by electron cryotomography.
著者: Yi-Wei Chang / Andreas Kjær / Davi R Ortega / Gabriela Kovacikova / John A Sutherland / Lee A Rettberg / Ronald K Taylor / Grant J Jensen /
要旨: Type IV pili (T4P) are filamentous appendages found on many Bacteria and Archaea. They are helical fibres of pilin proteins assembled by a multi-component macromolecular machine we call the basal ...Type IV pili (T4P) are filamentous appendages found on many Bacteria and Archaea. They are helical fibres of pilin proteins assembled by a multi-component macromolecular machine we call the basal body. Based on pilin features, T4P are classified into type IVa pili (T4aP) and type IVb pili (T4bP). T4aP are more widespread and are involved in cell motility, DNA transfer, host predation and electron transfer. T4bP are less prevalent and are mainly found in enteropathogenic bacteria, where they play key roles in host colonization. Following similar work on T4aP machines, here we use electron cryotomography to reveal the three-dimensional in situ structure of a T4bP machine in its piliated and non-piliated states. The specific machine we analyse is the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus machine (TCPM). Although only about half of the components of the TCPM show sequence homology to components of the previously analysed Myxococcus xanthus T4aP machine (T4aPM), we find that their structures are nevertheless remarkably similar. Based on homologies with components of the M. xanthus T4aPM and additional reconstructions of TCPM mutants in which the non-homologous proteins are individually deleted, we propose locations for all eight TCPM components within the complex. Non-homologous proteins in the T4aPM and TCPM are found to form similar structures, suggesting new hypotheses for their functions and evolutionary histories.
履歴
登録2016年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月14日-
マップ公開2017年2月15日-
更新2017年2月15日-
現状2017年2月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 180
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 180
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8501.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of the non-piliated toxin-coregulated pilus machine in Vibrio cholerae cells with tcpD knockout (aligning IM-parts)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.8 Å/pix.
x 50 pix.
= 390. Å		7.8 Å/pix.
x 150 pix.
= 1170. Å		7.8 Å/pix.
x 50 pix.
= 390. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 180. / ムービー #1: 180
最小 - 最大0.000030517578 - 255.
平均 (標準偏差)99.330669999999998 (±64.545829999999995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1505050
Spacing5015050
セルA: 390.0 Å / B: 1170.0 Å / C: 390.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.87.87.8
M x/y/z5015050
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.0001170.000390.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS5015050
D min/max/mean0.000255.00099.331

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Toxin-coregulated pilus machine

全体名称: Toxin-coregulated pilus machine
要素
  • 複合体: Toxin-coregulated pilus machine

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超分子 #1: Toxin-coregulated pilus machine

超分子名称: Toxin-coregulated pilus machine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Tomo3d / 使用したサブトモグラム数: 325
抽出トモグラム数: 42 / 使用した粒子像数: 325 / ソフトウェア - 名称: PEET
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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