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- EMDB-8454: Cryo-electron microscopy structure of a bovine CLC-K chloride cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8454
タイトルCryo-electron microscopy structure of a bovine CLC-K chloride channel, auxiliary (class 2) conformation
マップデータStructure of a bovine CLC-K chloride channel. Combined, unfiltered map of Class 2
試料
  • 複合体: A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragment (Fab)
    • タンパク質・ペプチド: Chloride channel protein
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードCLC / chloride channel / membrane / kidney / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / chloride transport / monoatomic ion channel complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chloride channel ClC-K / : / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / CBS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Park E / MacKinnon R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund61-1513 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of a CLC chloride ion channel by cryo-electron microscopy.
著者: Eunyong Park / Ernest B Campbell / Roderick MacKinnon /
要旨: CLC proteins transport chloride (Cl) ions across cellular membranes to regulate muscle excitability, electrolyte movement across epithelia, and acidification of intracellular organelles. Some CLC ...CLC proteins transport chloride (Cl) ions across cellular membranes to regulate muscle excitability, electrolyte movement across epithelia, and acidification of intracellular organelles. Some CLC proteins are channels that conduct Cl ions passively, whereas others are secondary active transporters that exchange two Cl ions for one H. The structural basis underlying these distinctive transport mechanisms is puzzling because CLC channels and transporters are expected to share the same architecture on the basis of sequence homology. Here we determined the structure of a bovine CLC channel (CLC-K) using cryo-electron microscopy. A conserved loop in the Cl transport pathway shows a structure markedly different from that of CLC transporters. Consequently, the cytosolic constriction for Cl passage is widened in CLC-K such that the kinetic barrier previously postulated for Cl/H transporter function would be reduced. Thus, reduction of a kinetic barrier in CLC channels enables fast flow of Cl down its electrochemical gradient.
履歴
登録2016年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月28日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0176
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0176
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5tr1
  • 表面レベル: 0.0176
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8454.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of a bovine CLC-K chloride channel. Combined, unfiltered map of Class 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312. Å		1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312. Å		1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0176 / ムービー #1: 0.0176
最小 - 最大-0.024342816 - 0.056552105
平均 (標準偏差)0.00012446755 (±0.0026305348)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0240.0570.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8454_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: B-factor-sharpend (-120 A^2) and lowpass-filtered (4.1 Ang)

ファイルemd_8454_additional_1.map
注釈B-factor-sharpend (-120 A^2) and lowpass-filtered (4.1 Ang)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: B-factor-sharpend (-120 A^2) and lowpass-filtered (3.9 Ang)

ファイルemd_8454_additional_2.map
注釈B-factor-sharpend (-120 A^2) and lowpass-filtered (3.9 Ang)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragm...

全体名称: A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragment (Fab)
要素
  • 複合体: A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragment (Fab)
    • タンパク質・ペプチド: Chloride channel protein
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragm...

超分子名称: A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragment (Fab)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Fab fragment generated by proteolytic (papain) cleavage of murine IgG antibody.
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Chloride channel protein

分子名称: Chloride channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 73.521484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRVRRGIRGG LDWLKRKLFC VGEDWYFLTV LGVLMALISF TMSFTVGRVV RAHKWLYREI GDSHLLRYLS WTVYPVALVS FSSGFSQSI TPFSGGSGIP ELKTILSGVV LEDYLDIKNF GAKAVGLTCT LASGSTIFLG KVGPFVHLSV MIAAYLGRVR A KATGESEN ...文字列:
MRVRRGIRGG LDWLKRKLFC VGEDWYFLTV LGVLMALISF TMSFTVGRVV RAHKWLYREI GDSHLLRYLS WTVYPVALVS FSSGFSQSI TPFSGGSGIP ELKTILSGVV LEDYLDIKNF GAKAVGLTCT LASGSTIFLG KVGPFVHLSV MIAAYLGRVR A KATGESEN KSKRNEMLVA GAAVGVATVF AAPFSGVLFC IEVVSSHFSV WDYWRGFFAA TCGAFMFRLL AVFNSEQETI TS LYKTSFR VEVPFDLPEI FFFVALGAIC GVASCAYLFC QRKFLGFVKT NPVLSKLMAT SKPLYSALAA LVLASVTYPP GAG RFMASR LSMREYLDSL LDHNSWALLT RQASPPWPVE PDPQNLWFEW YHPQFTIFGT LAFFLVMKFW MLILATTIPM PAGY FMPIF IFGAAIGRLL GEALSVAFPE GIVAGGVTNP IMPGGYALAG AAAFSGAVTH SISTALLAFE LTGQIVHALP VLMAV LAAN AIAQSCQPSF YDGTIIVKKL PYLPWIRGRK ISSHRVTVEH FMNRAITTLA KDTPQEEVVK VVTSTDMAEY PLVAST ESQ TLVGTMRRAQ LVQALQAEPP SWAPGQQRCL QDILAEGCPV EPVTLKLSPE TSLHQAHNLF ELLNLQSLFV TSQGRAV GF VSWVELEKAI SKLTNPPAPK SNSLEVLFQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain

分子名称: Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.633068 KDa
配列文字列:
DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGDSVT SDYAWSWIRQ FPGKKLEWMG YITYSGNTIY NPSLKSRISI TRDTSKNQFF LQLKSVIIE DTATYYCSRG VDYWGQGTSV TVSS

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分子 #3: Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain

分子名称: Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.824102 KDa
配列文字列:
DIVMTQSPKF MSTSVGDRVS VTCKASQNVG TNVAWYQQKP GQSPKTLIYW ASYRYSGVPD RFTGSGSGTD FTLAISNVQS EDLAEYFCQ QYNSYPLTFG SGTKLELK

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
1.0 mMC4H10O2S2DL-dithiothreitol
0.04 %C24H46O11n-dodecyl-beta-D-maltoside
0.004 %C3H50O4cholestery hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: generated from EMAN2 and 2D averages of particle images
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: the indicated resolution was estimated on the primary map using the provided mask including Fab.
使用した粒子像数: 67475
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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