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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8445 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate | ||||||||||||||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Tan Y / Davis JH / Lyumkis D | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Modular Assembly of the Bacterial Large Ribosomal Subunit. 著者: Joseph H Davis / Yong Zi Tan / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Dmitry Lyumkis / James R Williamson / ![]() 要旨: The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as ...The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as few intermediates have been isolated and thoroughly characterized. Herein, we deploy a genetic system to starve cells of an essential ribosomal protein, which results in the accumulation of assembly intermediates that are competent for maturation. Quantitative mass spectrometry and single-particle cryo-electron microscopy reveal 13 distinct intermediates, which were each resolved to ∼4-5 Å resolution and could be placed in an assembly pathway. We find that ribosome biogenesis is a parallel process, that blocks of structured rRNA and proteins assemble cooperatively, and that the entire process is dynamic and can be "re-routed" through different pathways as needed. This work reveals the complex landscape of ribosome assembly in vivo and provides the requisite tools to characterize additional assembly pathways for ribosomes and other macromolecular machines. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 102.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 143.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 20.1 MB 20.1 MB 20.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8434C ![]() 8440C ![]() 8441C ![]() 8442C ![]() 8443C ![]() 8444C ![]() 8446C ![]() 8447C ![]() 8448C ![]() 8449C ![]() 8450C ![]() 8451C ![]() 8452C ![]() 8453C ![]() 8455C ![]() 8456C ![]() 8457C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 50.3 Data #1: Particle stack of L17-depleted 50S Ribosomal Assembly Intermediates [picked particles - multiframe - unprocessed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate -...
ファイル | emd_8445_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate - Unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate -...
ファイル | emd_8445_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate - Halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate -...
ファイル | emd_8445_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate - Halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
全体 | 名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D |
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要素 |
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-超分子 #1: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
超分子 | 名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: E. coli large ribosome subunit purified from bL17-depleted cells. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration | ||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: C-Flat CF-1.2/1.3-4Au / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 3 microliter of the sample was added.. | ||||||||||||||||||
詳細 | Fraction was obtained directly from a sucrose gradient, and was spin-concentrated in a 100 kDa MW-cutoff filter. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data was acquired using tilts ranging from 10-60 degrees, in addition to untilted images at 0 degrees. The CTF was estimated on a per-particle basis to account for the gradient of CTF values across individual micrographs |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2479 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 34.27 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |