[日本語] English
万見
- EMDB-8331: Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8331
タイトルGlycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy
マップデータCoronavirus spike protein
試料
  • 複合体: Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus NL63 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Walls AC / Tortorici MA / Frenz B / Snijder J / Li W / Rey FA / DiMaio F / Bosch BJ / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM120553-01 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy.
著者: Alexandra C Walls / M Alejandra Tortorici / Brandon Frenz / Joost Snijder / Wentao Li / Félix A Rey / Frank DiMaio / Berend-Jan Bosch / David Veesler /
要旨: The threat of a major coronavirus pandemic urges the development of strategies to combat these pathogens. Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63) is an α-coronavirus that can cause severe lower- ...The threat of a major coronavirus pandemic urges the development of strategies to combat these pathogens. Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63) is an α-coronavirus that can cause severe lower-respiratory-tract infections requiring hospitalization. We report here the 3.4-Å-resolution cryo-EM reconstruction of the HCoV-NL63 coronavirus spike glycoprotein trimer, which mediates entry into host cells and is the main target of neutralizing antibodies during infection. The map resolves the extensive glycan shield obstructing the protein surface and, in combination with mass spectrometry, provides a structural framework to understand the accessibility to antibodies. The structure reveals the complete architecture of the fusion machinery including the triggering loop and the C-terminal domains, which contribute to anchoring the trimer to the viral membrane. Our data further suggest that HCoV-NL63 and other coronaviruses use molecular trickery, based on epitope masking with glycans and activating conformational changes, to evade the immune system of infected hosts.
履歴
登録2016年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月14日-
マップ公開2016年9月14日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5szs
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8331.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Coronavirus spike protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.1386069 - 0.2991194
平均 (標準偏差)0.00034242327 (±0.005515339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.200435.200435.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1390.2990.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain

全体名称: Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain
要素
  • 複合体: Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain

超分子名称: Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human coronavirus NL63 (ウイルス)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換細胞: Schneider 2 / 組換プラスミド: pMT-BiP-V5-His
分子量理論値: 450 KDa

-
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus NL63 (ウイルス)
分子量理論値: 146.813984 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: FFTCNSNANL SMLQLGVPDN SSTIVTGLLP THWFCANQST SVYSANGFFY IDVGNHRSAF ALHTGYYDAN QYYIYVTNEI GLNASVTLK ICKFSRNTTF DFLSNASSSF DCIVNLLFTE QLGAPLGITI SGETVRLHLY NVTRTFYVPA AYKLTKLSVK C YFNYSCVF ...文字列:
FFTCNSNANL SMLQLGVPDN SSTIVTGLLP THWFCANQST SVYSANGFFY IDVGNHRSAF ALHTGYYDAN QYYIYVTNEI GLNASVTLK ICKFSRNTTF DFLSNASSSF DCIVNLLFTE QLGAPLGITI SGETVRLHLY NVTRTFYVPA AYKLTKLSVK C YFNYSCVF SVVNATVTVN VTTHNGRVVN YTVCDDCNGY TDNIFSVQQD GRIPNGFPFN NWFLLTNGST LVDGVSRLYQ PL RLTCLWP VPGLKSSTGF VYFNATGSDV NCNGYQHNSV VDVMRYNLNF SANSLDNLKS GVIVFKTLQY DVLFYCSNSS SGV LDTTIP FGPSSQPYYC FINSTINTTH VSTFVGILPP TVREIVVART GQFYINGFKY FDLGFIEAVN FNVTTASATD FWTV AFATF VDVLVNVSAT NIQNLLYCDS PFEKLQCEHL QFGLQDGFYS ANFLDDNVLP ETYVALPIYY QHTDINFTAT ASFGG SCYV CKPHQVNISL NGNTSVCVRT SHFSIRYIYN RVKSGSPGDS SWHIYLKSGT CPFSFSKLNN FQKFKTICFS TVEVPG SCN FPLEATWHYT SYTIVGALYV TWSEGNSITG VPYPVSGIRE FSNLVLNNCT KYNIYDYVGT GIIRSSNQSL AGGITYV SN SGNLLGFKNV STGNIFIVTP CNQPDQVAVY QQSIIGAMTA VNESRYGLQN LLQLPNFYYV SNGGNNCTTA VMTYSNFG I CADGSLIPVR PRNSSDNGIS AIITANLSIP SNWTTSVQVE YLQITSTPIV VDCATYVCNG NPRCKNLLKQ YTSACKTIE DALRLSAHLE TNDVSSMLTF DSNAFSLANV TSFGDYNLSS VLPQRNIRSS RIAGRSALED LLFSKVVTSG LGTVDVDYKS CTKGLSIAD LACAQYYNGI MVLPGVADAE RMAMYTGSLI GGMVLGGLTS AAAIPFSLAL QARLNYVALQ TDVLQENQKI L AASFNKAI NNIVASFSSV NDAITQTAEA IHTVTIALNK IQDVVNQQGS ALNHLTSQLR HNFQAISNSI QAIYDRLDSI QA DQQVDRL ITGRLAALNA FVSQVLNKYT EVRGSRRLAQ QKINECVKSQ SNRYGFCGNG THIFSIVNSA PDGLLFLHTV LLP TDYKNV KAWSGICVDG IYGYVLRQPN LVLYSDNGVF RVTSRVMFQP RLPVLSDFVQ IYNCNVTFVN ISRVELHTVI PDYV DVNKT LQEFAQNLPK YVKPNFDLTP FNLTYLNLSS ELKQLEAKTA SLFQTTVELQ GLIDQINSTY VDLKLLNRFE NLIKR MKQI EDKIEEIESK QKKIENEIAR IKKIKLVPRG SLEWSHPQFE K

-
分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
グリッドモデル: Protochips C-flat 1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 474000
CTF補正ソフトウェア - 名称: GCTF/Relion
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Common-lines generated model for the MHV spike glycoprotein
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 79667
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5szs:
Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る