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- EMDB-8315: Structure of the STRA6 receptor for retinol uptake in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8315
タイトルStructure of the STRA6 receptor for retinol uptake in complex with calmodulin
マップデータReconstruction of STRA6/CaM complex
試料
  • 複合体: Complex of zebrafish (D. rerio) STRA6 with copurified calmodulin reconstituted in amphipol A8-35
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin
    • タンパク質・ペプチド: STRA6
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードVitamin A / retinol / STRA6 / membrane / MEMBRANE PROTEIN-CALCIUM BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A import into cell / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / chordate embryonic development / retinal binding / retinol binding / plasma membrane => GO:0005886 / calcium-mediated signaling / signaling receptor activity ...vitamin A import into cell / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / retinol transport / retinol transmembrane transporter activity / chordate embryonic development / retinal binding / retinol binding / plasma membrane => GO:0005886 / calcium-mediated signaling / signaling receptor activity / molecular adaptor activity / calmodulin binding / calcium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor for retinol uptake STRA6 / Retinol binding protein receptor / Calmodulin / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Receptor for retinol uptake stra6 / Receptor for retinol uptake stra6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Clarke OB / Chen Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structure of the STRA6 receptor for retinol uptake.
著者: Yunting Chen / Oliver B Clarke / Jonathan Kim / Sean Stowe / Youn-Kyung Kim / Zahra Assur / Michael Cavalier / Raquel Godoy-Ruiz / Desiree C von Alpen / Chiara Manzini / William S Blaner / ...著者: Yunting Chen / Oliver B Clarke / Jonathan Kim / Sean Stowe / Youn-Kyung Kim / Zahra Assur / Michael Cavalier / Raquel Godoy-Ruiz / Desiree C von Alpen / Chiara Manzini / William S Blaner / Joachim Frank / Loredana Quadro / David J Weber / Lawrence Shapiro / Wayne A Hendrickson / Filippo Mancia /
要旨: Vitamin A homeostasis is critical to normal cellular function. Retinol-binding protein (RBP) is the sole specific carrier in the bloodstream for hydrophobic retinol, the main form in which vitamin A ...Vitamin A homeostasis is critical to normal cellular function. Retinol-binding protein (RBP) is the sole specific carrier in the bloodstream for hydrophobic retinol, the main form in which vitamin A is transported. The integral membrane receptor STRA6 mediates cellular uptake of vitamin A by recognizing RBP-retinol to trigger release and internalization of retinol. We present the structure of zebrafish STRA6 determined to 3.9-angstrom resolution by single-particle cryo-electron microscopy. STRA6 has one intramembrane and nine transmembrane helices in an intricate dimeric assembly. Unexpectedly, calmodulin is bound tightly to STRA6 in a noncanonical arrangement. Residues involved with RBP binding map to an archlike structure that covers a deep lipophilic cleft. This cleft is open to the membrane, suggesting a possible mode for internalization of retinol through direct diffusion into the lipid bilayer.
履歴
登録2016年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月24日-
マップ公開2016年8月24日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5sy1
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8315.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of STRA6/CaM complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.26 Å/pix.
x 200 pix.
= 251. Å		1.26 Å/pix.
x 200 pix.
= 251. Å		1.26 Å/pix.
x 200 pix.
= 251. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.255 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.07116239 - 0.12414183
平均 (標準偏差)0.00019051395 (±0.005057728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 251.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2551.2551.255
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z251.000251.000251.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0710.1240.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8315_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Reconstruction of STRA6/CaM complex, half map 1

ファイルemd_8315_half_map_1.map
注釈Reconstruction of STRA6/CaM complex, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Reconstruction of STRA6/CaM complex, half map 2

ファイルemd_8315_half_map_2.map
注釈Reconstruction of STRA6/CaM complex, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of zebrafish (D. rerio) STRA6 with copurified calmodulin ...

全体名称: Complex of zebrafish (D. rerio) STRA6 with copurified calmodulin reconstituted in amphipol A8-35
要素
  • 複合体: Complex of zebrafish (D. rerio) STRA6 with copurified calmodulin reconstituted in amphipol A8-35
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin
    • タンパク質・ペプチド: STRA6
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Complex of zebrafish (D. rerio) STRA6 with copurified calmodulin ...

超分子名称: Complex of zebrafish (D. rerio) STRA6 with copurified calmodulin reconstituted in amphipol A8-35
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

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分子 #1: Calmodulin

分子名称: Calmodulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 16.82552 KDa
配列文字列:
MADQLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTIDFPEFL TMMARKMKDT DSEEEIREA FRVFDKDGNG FISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVTMMTSK

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分子 #2: STRA6

分子名称: STRA6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 75.551523 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAETVNNYD YSDWYENAAP TKAPVEVIPP CDPTADEGLF HICIAAISLV VMLVLAILAR RQKLSDNQRG LTGLLSPVNF LDHTQHKGL AVAVYGVLFC KLVGMVLSHH PLPFTKEVAN KEFWMILALL YYPTLYYPLL ACGTLHNKVG YVLGSLLSWT H FGILVWQK ...文字列:
MSAETVNNYD YSDWYENAAP TKAPVEVIPP CDPTADEGLF HICIAAISLV VMLVLAILAR RQKLSDNQRG LTGLLSPVNF LDHTQHKGL AVAVYGVLFC KLVGMVLSHH PLPFTKEVAN KEFWMILALL YYPTLYYPLL ACGTLHNKVG YVLGSLLSWT H FGILVWQK VDCPKTPQIY KYYALFGSLP QIACLAFLSF QYPLLLFKGL QNTETANASE DLSSSYYRDY VKKILKKKKP TK ISSSTSK PKLFDRLRDA VKSYIYTPED VFRFPLKLAI SVVVAFIALY QMALLLISGV LPTLHIVRRG VDENIAFLLA GFN IILSND RQEVVRIVVY YLWCVEICYV SAVTLSCLVN LLMLMRSMVL HRSNLKGLYR GDSLNVFNCH RSIRPSRPAL VCWM GFTSY QAAFLCLGMA IQTLVFFICI LFAVFLIIIP ILWGTNLMLF HIIGNLWPFW LTLVLAALIQ HVASRFLFIR KDGGT RDLN NRGSLFLLSY ILFLVNVMIG VVLGIWRVVI TALFNIVHLG RLDISLLNRN VEAFDPGYRC YSHYLKIEVS QSHPVM KAF CGLLLQSSGQ DGLSAQRIRD AEEGIQLVQQ EKKQNKVSNA KRARAHWQLL YTLVNNPSLV GSRKHFQCQS SESFING AL SRTSKEGSKK DGSVKEPNKE AESAAASN

UniProtKB: Receptor for retinol uptake stra6

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL sample applied, 3-4 second blot time, 30 second wait time, blot force 3, grid blotted from both sides, plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial model was generated using e2initialmodel.py starting from 2D class averages created in Relion 1.3.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 56615
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5sy1:
Structure of the STRA6 receptor for retinol uptake in complex with calmodulin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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