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- EMDB-8226: Tomographic subvolume average of membrane-bound Ebola (EBOV-Makon... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8226
タイトルTomographic subvolume average of membrane-bound Ebola (EBOV-Makona) glycoprotein bound to c13C6 antibody
マップデータMembrane-bound Ebola (EBOV-Makona) glycoprotein bound to c13C6 antibody
試料virus-like particle / antibody complex != Ebola virus sp.

virus-like particle / antibody complex

  • 複合体: virus-like particle / antibody complex
    • ウイルス: Ebola virus sp. (エボラウイルス)
    • 複合体: c13C6 antibody
生物種Homo sapiens (ヒト) / Ebola virus sp. (エボラウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Tran EEH / Subramaniam S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2016
タイトル: Mapping of Ebolavirus Neutralization by Monoclonal Antibodies in the ZMapp Cocktail Using Cryo-Electron Tomography and Studies of Cellular Entry.
著者: Erin E H Tran / Elizabeth A Nelson / Pranay Bonagiri / James A Simmons / Charles J Shoemaker / Connie S Schmaljohn / Gary P Kobinger / Larry Zeitlin / Sriram Subramaniam / Judith M White /
要旨: ZMapp, a cocktail of three monoclonal antibodies (MAbs; c2G4, c4G7, and c13C6) against the ebolavirus (EBOV) glycoprotein (GP), shows promise for combatting outbreaks of EBOV, as occurred in West ...ZMapp, a cocktail of three monoclonal antibodies (MAbs; c2G4, c4G7, and c13C6) against the ebolavirus (EBOV) glycoprotein (GP), shows promise for combatting outbreaks of EBOV, as occurred in West Africa in 2014. Prior studies showed that Fabs from these MAbs bind a soluble EBOV GP ectodomain and that MAbs c2G4 and c4G7, but not c13C6, neutralize infections in cell cultures. Using cryo-electron tomography, we extended these findings by characterizing the structures of c2G4, c4G7, and c13C6 IgGs bound to native, full-length GP from the West African 2014 isolate embedded in filamentous viruslike particles (VLPs). As with the isolated ectodomain, c13C6 bound to the glycan cap, whereas c2G4 and c4G7 bound to the base region of membrane-bound GP. The tomographic data suggest that all three MAbs bind with high occupancy and that the base-binding antibodies can potentially bridge neighboring GP spikes. Functional studies indicated that c2G4 and c4G7, but not c13C6, competitively inhibit entry of VLPs bearing EBOV GP into the host cell cytoplasm, without blocking trafficking of VLPs to NPC1(+) endolysosomes, where EBOV fuses. Moreover, c2G4 and c4G7 bind to and can block entry mediated by the primed (19-kDa) form of GP without impeding binding of the C-loop of NPC1, the endolysosomal receptor for EBOV. The most likely mode of action of c2G4 and c4G7 is therefore by inhibiting conformational changes in primed, NPC1-bound GP that initiate fusion between the viral and target membranes, similar to the action of certain broadly neutralizing antibodies against influenza hemagglutinin and HIV Env.
IMPORTANCE: The recent West African outbreak of ebolavirus caused the deaths of more than 11,000 individuals. Hence, there is an urgent need to be prepared with vaccines and therapeutics for similar ...IMPORTANCE: The recent West African outbreak of ebolavirus caused the deaths of more than 11,000 individuals. Hence, there is an urgent need to be prepared with vaccines and therapeutics for similar future disasters. ZMapp, a cocktail of three MAbs directed against the ebolavirus glycoprotein, is a promising anti-ebolavirus therapeutic. Using cryo-electron tomography, we provide structural information on how each of the MAbs in this cocktail binds to the ebolavirus glycoprotein as it is displayed-embedded in the membrane and present at high density-on filamentous viruslike particles that recapitulate the surface structure and entry functions of ebolavirus. Moreover, after confirming that two of the MAbs bind to the same region in the base of the glycoprotein, we show that they competitively block the entry function of the glycoprotein and that they can do so after the glycoprotein is proteolytically primed and bound to its intracellular receptor, Niemann-Pick C1. These findings should inform future developments of ebolavirus therapeutics.
履歴
登録2016年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2018年4月11日-
現状2018年4月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8226.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Membrane-bound Ebola (EBOV-Makona) glycoprotein bound to c13C6 antibody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 99 pix.
= 405.9 Å		4.1 Å/pix.
x 55 pix.
= 225.5 Å		4.1 Å/pix.
x 55 pix.
= 225.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0016 / ムービー #1: 0.0016
最小 - 最大-0.0072230026 - 0.008225336
平均 (標準偏差)-0.000008633271 (±0.0008521566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ555599
Spacing555599
セルA: 225.5 Å / B: 225.5 Å / C: 405.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z555599
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z225.500225.500405.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS555599
D min/max/mean-0.0070.008-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : virus-like particle / antibody complex

全体名称: virus-like particle / antibody complex
要素
  • 複合体: virus-like particle / antibody complex
    • ウイルス: Ebola virus sp. (エボラウイルス)
    • 複合体: c13C6 antibody

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超分子 #2: Ebola virus sp.

超分子名称: Ebola virus sp. / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: 293T/17 cells were transfected with cDNAs encoding EBOV GP, VP40, mCherry-tagged VP40, and beta-lactamase-tagged VP40. After transfection, VLPs were purified from the cell medium by ...詳細: 293T/17 cells were transfected with cDNAs encoding EBOV GP, VP40, mCherry-tagged VP40, and beta-lactamase-tagged VP40. After transfection, VLPs were purified from the cell medium by centrifugation through a sucrose cushion.
NCBI-ID: 205488 / 生物種: Ebola virus sp. / Sci species strain: EBOV-Makona VLP / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T/17 / 組換プラスミド: pWRG7077

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超分子 #1: virus-like particle / antibody complex

超分子名称: virus-like particle / antibody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #3: c13C6 antibody

超分子名称: c13C6 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Whole chimerized human IgG from ZMapp antibody cocktail that binds the head region of Ebola virus glycoproteins
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 10% sucrose-HM (20 mM HEPES, 20 mM MES, 130 mM NaCl)
グリッドモデル: Quantifoil Multi-A / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (LEICA EM GP)..
詳細8 micrograms of Ebola VLPs were incubated with 12.5 micrograms of c13C6 IgG on ice for ~30-60 minutes before plunge-freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan, Inc
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-4 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 23000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: The average resolution of all maps was estimated based on comparison with features observed when X-ray structures are filtered to this resolution.
使用したサブトモグラム数: 75
抽出トモグラム数: 13 / 使用した粒子像数: 1591 / 手法: Volumes were picked automatically.
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
当てはまり具合の基準: Fitting was based on locations of antibody escape mutant residues.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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