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- EMDB-8190: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8190
タイトルm48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
マップデータNone
試料
  • 複合体: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 39種
キーワードeukaryotic translation initiation / ribosome / eIF3 peripheral subunits / cryo-EM / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / ribosomal subunit / protein-synthesizing GTPase ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / ribosomal subunit / protein-synthesizing GTPase / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / laminin receptor activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / regulation of translational fidelity / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / spindle / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translation / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / synapse / centrosome / dendrite / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, beta subunit / EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding ...Translation initiation factor 2, beta subunit / EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ubiquitin-like protein FUBI / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / protein-synthesizing GTPase / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / protein-synthesizing GTPase / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Simonetti A / Brito Querido J / Myasnikov AG / Mancera-Martinez E / Renaud A / Kuhn L / Hashem Y
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyatRAction program ANR CryoEM80S フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0036_NETRNA フランス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016
タイトル: eIF3 Peripheral Subunits Rearrangement after mRNA Binding and Start-Codon Recognition.
著者: Angelita Simonetti / Jailson Brito Querido / Alexander G Myasnikov / Eder Mancera-Martinez / Adeline Renaud / Lauriane Kuhn / Yaser Hashem /
要旨: mRNA translation initiation in eukaryotes requires the cooperation of a dozen eukaryotic initiation factors (eIFs) forming several complexes, which leads to mRNA attachment to the small ribosomal ...mRNA translation initiation in eukaryotes requires the cooperation of a dozen eukaryotic initiation factors (eIFs) forming several complexes, which leads to mRNA attachment to the small ribosomal 40S subunit, mRNA scanning for start codon, and accommodation of initiator tRNA at the 40S P site. eIF3, composed of 13 subunits, 8 core (a, c, e, f, h, l, k, and m) and 5 peripheral (b, d, g, i, and j), plays a central role during this process. Here we report a cryo-electron microscopy structure of a mammalian 48S initiation complex at 5.8 Å resolution. It shows the relocation of subunits eIF3i and eIF3g to the 40S intersubunit face on the GTPase binding site, at a late stage in initiation. On the basis of a previous study, we demonstrate the relocation of eIF3b to the 40S intersubunit face, binding below the eIF2-Met-tRNAi(Met) ternary complex upon mRNA attachment. Our analysis reveals the deep rearrangement of eIF3 and unravels the molecular mechanism underlying eIF3 function in mRNA scanning and timing of ribosomal subunit joining.
履歴
登録2016年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2016年7月13日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5k0y
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 440. Å		2.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 440. Å		2.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.106808044 - 0.4003597
平均 (標準偏差)0.00038981703 (±0.019687567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ329329329
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1070.4000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulo...

全体名称: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
要素
  • 複合体: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
    • RNA: tRNA
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • RNA: mRNA
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S9 (Predicted)
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 2 Gamma subunit (eIF2-Gamma)
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS30
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: eukaryotic initiation factor 2 subunit Beta (eIF2-Beta)
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS26
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein RACK1
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS31
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eS10

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超分子 #1: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulo...

超分子名称: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 2 MDa

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分子 #1: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: tRNAiMet / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.23151 KDa
配列文字列:
AGCAGAGUGG CGCAGCGGAA GCGUGCUGGG CCCAUAACCC AGAGGUCGAU GGAUCGAAAC CAUCCUCUGC UACCA

GENBANK: GENBANK: XM_008262527.1

+
分子 #2: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 572.789812 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGCGCU GACUCCCUUU GUGUGGGAUG CGUGCAUUUA UCAGAUCAAA ACCAACCCGG UC AGCGGCG GCGGCUUUGG UGACUCUAGA UAACCUCGGG CCGAUCGCAG CCCUCCGUGG CGGCGACGAC CCAUUCGAAC GUC UGCCCU AUCAACUUUC GAUGGUAGUC GCCGUGCCUA CCAUGGUGAC CACGGGUGAC GGGGAAUCAG GGUUCGAUUC CGGA GAGGG AGCCUGAGAA ACGGCUACCA CAUCCAAGGA AGGCAGCAGG CGCGCAAAUU ACCCACUCCC GACCCGGGGA GGUAG UGAC GAAAAAUAAC AAUACAGGAC UCUUUCGAGG CCCUGUAAUU GGAAUGAGUC CACUUUAAAU CCUUUAACGA GGAUCC AUU GGAGGGCAAG UCUGGUCGCA GCAGCCGCGG UAAUUCCAGC UCCAAUAGCG UAUAUUAAAG UUGCUGCAGU UAAAAAG CU CGUAGUUGGA UCUUGAGGGC CCGCCCCUCG GCGCCCCCUC GAUGUGUCCC GCGGGGCCCG AAGCGUUUAC UUUGAAAA A AUUAGAGUGU UCAAAGCAGG CCCGAGCCGC CUGGAUACCG CAGCUAGGAA UAAUGGAAUA GGACCGCGGU UCUAUUUUG UUGGUUUUCG GAACUGAGGC CAUGAUUAAG AGGGACGGCC GGGGGCAUUC GUAUUGCGCC GCUAGAGGUG AAAUUCUUGG ACCGGCGCA AGACGGACCA GAGCGAAAGC AUUUGCCAAG AAUGUUUUCA UUAAUCAAGA ACGAAAGUCG GAGGUUCGAA G ACGAUCAG AUACCGUCGU AGUUCCGACC AUAAACGAUG CCGACUGGCG AUGCGGCGGC GUUAUUCCCA UGACCCGCCG GG CAGCUUC CGGGAAACCA AAGUCUUUGG GUUCCGGGGG GAGUAUGGUU GCAAAGCUGA AACUUAAAGG AAUUGACGGA AGG GCACCA CCAGGAGUGG AGCCUGCGGC UUAAUUUGAC UCAACACGGG AAACCUCACC CGGCCCGGAC ACGGACAGGA UUGA CAGAU UGAUAGCUCU UUCUCGAUUC UGUGGGUGGU GGUGCAUGGC CGUUCUUAGU UGGUGGAGCG AUUUGUCUGG UUAAU UCCG AUAACGAACG AGACUCUGGC AUGCUAACUA GUUACGCGAC CCCCGAGCGG UCGGCGUCCC CCAACUUCUU AGAGGG ACA AGUGGCGUUC AGCCACCCGA GAUUGAGCAA UAACAGGUCU GUGAUGCCCU UAGAUGUCGG GGCUGCACGC GCGCUAC AC UGACUGGCUC AGCGUGUGCC UACCCUACGC CGGCAGGCGC GGGUAACCCG UUGAACCCCA UUCGUGAUGG GGAUCGGG G AUUGCAAUUA UUCCCCAUGA ACGAGGAAUU CCCAGUAAGU GCGGGUCAUA AGCUUGCGUU GAUUAAGUCC CUGCCCUUU GUACACACCG CCCGUCGCUA CUACCGAUUG GAUGGUUUAG UGAGGCCCUC GGAUCGGCCC GCCGGGGUCG GCCCACGGCC CUGGCGGAG CGCUGAGAAG ACGGUCGAAC UUGACUAUCU AGAGGAAGUA AAAGUCGUAA CAAGGUUUCC GUAGGUGAAC C UGCGGAAG GAUCAUUA

GENBANK: GENBANK: NR_033238.1

+
分子 #3: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 詳細: Beta-Globin mRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.603775 KDa
配列文字列:
CAGACACCAU GGUGCACCUG ACUCCUGAGG

+
分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 30.633297 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: CRFYQHKFPE VEDVVMVNVR SIAEMGAYVS LLEYNNIEGM ILLSELSRRR IRSINKLIRI GRNECVVVIR VDKEKGYIDL SKRRVSPEE AIKCEDKFTK SKTVYSILRH VAEVLEYTKD EQLESLFQRT AWVFDDKYKR PGYGAYDAFK HAVSDPSILD S LDLNEDER ...文字列:
CRFYQHKFPE VEDVVMVNVR SIAEMGAYVS LLEYNNIEGM ILLSELSRRR IRSINKLIRI GRNECVVVIR VDKEKGYIDL SKRRVSPEE AIKCEDKFTK SKTVYSILRH VAEVLEYTKD EQLESLFQRT AWVFDDKYKR PGYGAYDAFK HAVSDPSILD S LDLNEDER EVLINNINRR LTPQAVKIRA DIEVACYGYE GIDAVKEALR AGLNCSTETM PIKINLIAPP RYVMTTTTLE RT EGLSVLN QAMAVIKEKI EEKRGVFNV

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

+
分子 #5: ribosomal protein uS17

分子名称: ribosomal protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 18.468826 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #6: ribosomal protein uS9

分子名称: ribosomal protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.975753 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
PLQSVQVFGR KKTATAVAHC KRGNGLIKVN GRPLEMIEPR TLQYKLLEPV LLLGKERFAG VDIRVRVKGG GHVAQIYAIR QSISKALVA YYQKYVDEAS KKEIKDILIQ YDRTLLVADP RRCESKKFGG PGARARYQKS YR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 29.65892 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTSVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKMNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTSVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKMNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #8: ribosomal protein uS14

分子名称: ribosomal protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 6.364426 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
QQLYWSHPRK FGQGSRSCRV CSNRHGLIRK YGLNMCRQCF RQYAKDIGFI KLD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #9: Ribosomal protein S9 (Predicted)

分子名称: Ribosomal protein S9 (Predicted) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 21.266166 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
WVCRKTYVTP RRPFEKSRLD QELKLIGEYG LRNKREVWRV KFTLAKIRKA ARELLTLDEK DPRRLFEGNA LLRRLVRIGV LDEGKMKLD YILGLKIEDF LERRLQTQVF KLGLAKSIHH ARVLIRQRHI RVRKQVVNIP SFIVRLDSQK HIDFSLRSPY G GGRPGRVK RKNAKKGQGG AGAG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #10: ribosomal protein uS13

分子名称: ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.170774 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
PEKFQHILRV LNTNIDGRRK IAFAITAIKG VGRRYAHVVL RKADIDLTKR AGELTEDEVE RVITIMQNPR QYKIPDWFLN RQKDVKDGK YSQVLANGLD NKLREDLERL KKIRAHRGLR HFWGLRVRGQ HTKTTGRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #11: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.124495 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KKFGNSEFDP PGPNVATTTV SDDVSMTFIT SKEDLNCQ

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G

+
分子 #12: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.675697 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ATIRVTNLSE DTRETDLQEL FRPFGSISRI YLAKDKTTGQ SKGFAFISFH RREDAARAIA GVSGFGYDHL ILNVEWA

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G

+
分子 #13: ribosomal protein uS12

分子名称: ribosomal protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.757587 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPR

+
分子 #14: ribosomal protein eS19

分子名称: ribosomal protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.812286 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
VTVKDVNQQE FVRALAAFLK KSGKLKVPEW VDTVKLAKHK ELAPYDENWF YTRAASTARH LYLRGGAGVG SMTKIYGGRQ RNGVMPSHF SRGSKSVARR VLQALEGLKM VEKDQDWGRK LTPQGQRDLD RIAGQVAAAK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #15: eukaryotic initiation factor 2 Gamma subunit (eIF2-Gamma)

分子名称: eukaryotic initiation factor 2 Gamma subunit (eIF2-Gamma)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 45.862441 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: QATINIGTIG HVAHGKSTVV KAISGVHTVR FKNELERNIT IKLGYANAKI YKLDDPSCPR PECYRSCGSS TPDEFPTDIP GTKGNFKLV RHVSFVDCPG HDILMATMLN GAAVMDAALL LIAGNESCPQ PQTSEHLAAI EIMKLKHILI LQNKIDLVKE S QAKEQYEQ ...文字列:
QATINIGTIG HVAHGKSTVV KAISGVHTVR FKNELERNIT IKLGYANAKI YKLDDPSCPR PECYRSCGSS TPDEFPTDIP GTKGNFKLV RHVSFVDCPG HDILMATMLN GAAVMDAALL LIAGNESCPQ PQTSEHLAAI EIMKLKHILI LQNKIDLVKE S QAKEQYEQ ILAFVQGTVA EGAPIIPISA QLKYNIEVVC EYIVKKIPVP PRDFTSEPRL IVIRSFDVNK PGCEVDDLKG GV AGGSILK GVLKVGQEIE VRPGIVSKDS EGKLMCKPIF SKIVSLFAEH NDLQYAAPGG LIGVGTKIDP TLCRADRMVG QVL GAVGAL PEIFTELEIS YFLLRRLLGV RTEGDKKAAK VQKLSKNEVL MVNIGSLSTG GRVSAVKADL GKIVLTNPVC TEVG EKIAL SRRVEKHWRL IGWGQIR

+
分子 #16: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 37.039328 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MRPILLQGHE RSITQIKYNR EGDLLFTVAK DPIVNVWYSV NGERLGTYMG HTGAVWCVDA DWDTKHVLTG SADNSCRLWD CETGKQLAL LKTNSAVRTC GFDFGGNIIM FSTDKQMGYQ CFVSFFDLRD PSQIDNNEPY MKIPCNDSKI TSAVWGPLGE C IIAGHESG ...文字列:
MRPILLQGHE RSITQIKYNR EGDLLFTVAK DPIVNVWYSV NGERLGTYMG HTGAVWCVDA DWDTKHVLTG SADNSCRLWD CETGKQLAL LKTNSAVRTC GFDFGGNIIM FSTDKQMGYQ CFVSFFDLRD PSQIDNNEPY MKIPCNDSKI TSAVWGPLGE C IIAGHESG ELNQYSAKSG EVLVNVKEHS RQINDIQLSR EMTMFVTASK DNTAKLFDST TLEHQKTFRT EPPRELAALS PN YEHVVVG GGQEAMDVTT TSTRIGKFEA RFFHLAFEEE FGRVKGHFGP INSVAFHPDG KSYSSGGEDG YVRIHYFDPQ YFE FEFEAR EAG

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I

+
分子 #17: ribosomal protein uS7

分子名称: ribosomal protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 21.525941 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: TPDIKLFGKW STDDVQINDI SLQDYIAVKE KYAKYLPHSA GRYAAKRFRK AQCPIVERLT NSMMMHGRNN GKKLMTVRIV KHAFEIIHL LTGENPLQVL VNAIINSGPR EDSTRIGRAG TVRRQAVDVS PLRRVNQAIW LLCTGAREAA FRNIKTIAEC L ADELINAA ...文字列:
TPDIKLFGKW STDDVQINDI SLQDYIAVKE KYAKYLPHSA GRYAAKRFRK AQCPIVERLT NSMMMHGRNN GKKLMTVRIV KHAFEIIHL LTGENPLQVL VNAIINSGPR EDSTRIGRAG TVRRQAVDVS PLRRVNQAIW LLCTGAREAA FRNIKTIAEC L ADELINAA KGSSNSYAIK KKDELERVAK SNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #18: ribosomal protein eS30

分子名称: ribosomal protein eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 6.741048 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
KVHGSLARVG KVRGQTLKVA KQEKKKKRTG RAKRRMQYNR RFVNVVPTFG KKKGPNANS

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

+
分子 #19: ribosomal protein eS25

分子名称: ribosomal protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 8.526119 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQE LLSKGLIKLV SKHRAQVIYT RNTKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #20: ribosomal protein eS7

分子名称: ribosomal protein eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 21.716387 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: SAKIVKPNGE KPDEFESGIS QALLELEMNS DLKAQLRELN ITAAKEIEVG GGRKAIIIFV PVPQLKSFQK IQVRLVRELE KKFSGKHVV FIAQRRILPK PTRKSRTKNK QKRPRSRTLT AVHDAILEDL VFPSEIVGKR IRVKLDGSRL IKVHLDKAQQ N NVEHKVET ...文字列:
SAKIVKPNGE KPDEFESGIS QALLELEMNS DLKAQLRELN ITAAKEIEVG GGRKAIIIFV PVPQLKSFQK IQVRLVRELE KKFSGKHVV FIAQRRILPK PTRKSRTKNK QKRPRSRTLT AVHDAILEDL VFPSEIVGKR IRVKLDGSRL IKVHLDKAQQ N NVEHKVET FSGVYKKLTG KDVNFEFPEF QL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.480186 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #22: ribosomal protein uS15

分子名称: ribosomal protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.128191 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
GRMHAPGKGL SQSALPYRRS VPTWLKLTSD DVKEQIYKLA KKGLTPSQIG VILRDSHGVA QVRFVTGNKI LRILKSKGLA PDLPEDLYH LIKKAVAVRK HLERNRKDKD AKFRLILIES RIHRLARYYK TKRVLPPNWK YESSTASALV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #23: ribosomal protein uS8

分子名称: ribosomal protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.734357 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
VRMNVLADAL KSINNAEKRG KRQVLIRPCS KVIVRFLTVM MKHGYIGEFE IIDDHRAGKI VVNLTGRLNK CGVISPRFDV QLKDLEKWQ NNLLPSRQFG FIVLTTSAGI MDHEEARRKH TGGKILGFFF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 8.896102 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
MQSNAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIPMNVAEVD KVTGRFNGQS KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKSHGIVS QN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #25: ribosomal protein uS5

分子名称: ribosomal protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.814285 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: GKAGDKEWLP VTKLGRLVKD MKIKSLEEIY LFSLPIKESE IIDFFLGAAL KDKVLKIMPV QKQTQAGQRT RFKAFVAIGD YNGHVGLGM KCSKEVATAI RGAIILAKLS IVPVRRGYWG NKIGKPHTVR CKVTGRCGSV LVRLIPAPRG TGIISAPVPK K LLLMAGID ...文字列:
GKAGDKEWLP VTKLGRLVKD MKIKSLEEIY LFSLPIKESE IIDFFLGAAL KDKVLKIMPV QKQTQAGQRT RFKAFVAIGD YNGHVGLGM KCSKEVATAI RGAIILAKLS IVPVRRGYWG NKIGKPHTVR CKVTGRCGSV LVRLIPAPRG TGIISAPVPK K LLLMAGID DCYTSAGGCT ATLGNFAKAT FDAISKTYSY LTPDLWKETV FTKSPYQEFT DHLVKTHT

+
分子 #26: eukaryotic initiation factor 2 subunit Beta (eIF2-Beta)

分子名称: eukaryotic initiation factor 2 subunit Beta (eIF2-Beta)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 2.103416 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
SEKEYVEMLD RLYSKLP

+
分子 #27: ribosomal protein eS17

分子名称: ribosomal protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.578988 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #28: ribosomal protein uS2

分子名称: ribosomal protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.360791 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: SGALDVLQMK EEDVLKFLAA GTHLGGTNLD FQMEQYIYKR KSDGIYIINL KRTWEKLLLA ARAIVAIENP ADVSVISSRN TGQRAVLKF AAATGATPIA GRFTPGTFTN QIQAAFREPR LLVVTDPRAD HQPLTEASYV NLPTIALCNT DSPLRYVDIA I PCNNKGAH ...文字列:
SGALDVLQMK EEDVLKFLAA GTHLGGTNLD FQMEQYIYKR KSDGIYIINL KRTWEKLLLA ARAIVAIENP ADVSVISSRN TGQRAVLKF AAATGATPIA GRFTPGTFTN QIQAAFREPR LLVVTDPRAD HQPLTEASYV NLPTIALCNT DSPLRYVDIA I PCNNKGAH SVGLMWWMLA REVLRMRGTI SREHPWEVMP DLYFYRDPEE

+
分子 #29: ribosomal protein uS3

分子名称: ribosomal protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.158535 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV ...文字列:
MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPSGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQK

+
分子 #30: ribosomal protein uS10

分子名称: ribosomal protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.76589 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
AIHRIRITLT SRNVKSLEKV CADLIRGAKE KNLKVKGPVR MPTKTLRITT RKTPCGEGSK TWDRFQMRIH KRLIDLHSPS EIVKQITSI SIEPGVEVEV TIADA

+
分子 #31: ribosomal protein eS1

分子名称: ribosomal protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.944408 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: KKVVDPFSKK DWYDVKAPAM FNIRNIGKTL VTRTQGTKIA SDGLKGRVFE VSLADLQNDE VAFRKFKLIT EDVQGKNCLT NFHGMDLTR DKMCSMVKKW QTMIEAHVDV KTTDGYLLHL FCVGFTKKCN NQIRKTSYAQ HQQVRQIRKK MMEIMTREVQ T NDLKEVVN ...文字列:
KKVVDPFSKK DWYDVKAPAM FNIRNIGKTL VTRTQGTKIA SDGLKGRVFE VSLADLQNDE VAFRKFKLIT EDVQGKNCLT NFHGMDLTR DKMCSMVKKW QTMIEAHVDV KTTDGYLLHL FCVGFTKKCN NQIRKTSYAQ HQQVRQIRKK MMEIMTREVQ T NDLKEVVN KLIPDSIGKD IEKACQSIYP LHDVFVRKVK MLKKPKFELG KLMELHG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #32: ribosomal protein uS11

分子名称: ribosomal protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.544659 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
SLGPQVAEGE NVFGVCHIFA SFNDTFVHVT DLSGKETICR VTGGMKVKAD RDESSPYAAM LAAQDVAQRC KELGITALHI KLRATGGNR TKTPGPGAQS ALRALARSGM KIGRIEDVTP IPSDSTRRKG GRRGRRL

+
分子 #33: ribosomal protein eS26

分子名称: ribosomal protein eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.315428 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
TKKRRNNGRA KKGRGHVQPI RCTNCACCVP KDKAIKKFVI RNIVEAAAVR DISEVSVFDA YVLPKLYVKL HYCVSCAIHS KVVRNRSRE ARKDRTPPPR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26

+
分子 #34: ribosomal protein eS28

分子名称: ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 7.263394 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
RVQPIKLARV TKVLGRTGSQ GQCTQVRVEF MDDTSRSIIR NVKGPVREGD VLTLLESERE ARRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #35: ribosomal protein RACK1

分子名称: ribosomal protein RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 34.669113 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: TEQMTLRGTL KGHNGWVTQI ATTPQFPDMI LSASRDKTII MWKLTRDETN YGIPQRALRG HSHFVSDVVI SSDGQFALSG SWDGTLRLW DLTTGTTTRR FVGHTKDVLS VAFSSDNRQI VSGSRDKTIK LWNTLGVCKY TVQDESHSEW VSCVRFSPNS S NPIIVSCG ...文字列:
TEQMTLRGTL KGHNGWVTQI ATTPQFPDMI LSASRDKTII MWKLTRDETN YGIPQRALRG HSHFVSDVVI SSDGQFALSG SWDGTLRLW DLTTGTTTRR FVGHTKDVLS VAFSSDNRQI VSGSRDKTIK LWNTLGVCKY TVQDESHSEW VSCVRFSPNS S NPIIVSCG WDKLVKVWNL ANCKLKTNHI GHTGYLNTVT VSPDGSLCAS GGKDGQAMLW DLNEGKHLYT LDGGDIINAL CF SPNRYWL CAATGPSIKI WDLEGKIIVD ELKQEVISTS SKAEPPQCTS LAWSADGQTL FAGYTDNLVR VWQVTI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #36: ribosomal protein uS19

分子名称: ribosomal protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.151948 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
VEQKKKRTFR KFTYRGVDLD QLLDMSYEQL MQLYSARQRR RLSRGLRRKQ HSLLKRLRKA KKEAPPMEKP EVVKTHLRDM IILPEMVGS MVGVYNGKTF NQVEIKPEMI GHYLGEFSIT YKPVKHGR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #37: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.902871 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: GISRDNWHKR RKTGGKRKPY HKKRKYELGR PAANTKIGPR RIHTVGVRGG NKKYRALRLD VGNFSWGSEC CTRKTRIIDV VYNASNNEL VRTKTLVKNC IVLIDSTPYR QWYESHYALP LGRKKGAKLT PEEEEILNKK RSKKIQKKYD ERKKNAKISS L LEEQFQQG ...文字列:
GISRDNWHKR RKTGGKRKPY HKKRKYELGR PAANTKIGPR RIHTVGVRGG NKKYRALRLD VGNFSWGSEC CTRKTRIIDV VYNASNNEL VRTKTLVKNC IVLIDSTPYR QWYESHYALP LGRKKGAKLT PEEEEILNKK RSKKIQKKYD ERKKNAKISS L LEEQFQQG KLLACIASRP GQCGRADGYV LEGKELEFYL RKIKARKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #38: ribosomal protein eS31

分子名称: ribosomal protein eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 8.358903 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
KKSYTTPKKN KHKRKKVKLA VLKYYKVDEN GKISRLRREC PSDECGAGVF MASHFDRHYC GKCCLTYCFN K

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #39: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 27.471535 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #40: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.766122 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
GGVMDVNTAL QEVLKTALIH DGLARGIREA AKALDKRQAH LCVLASNCDE PMYVKLVEAL CAEHQINLIK VDDNKKLGEW VGLCKIDRE GKPRKVVGCS CVVVKDYGKE SQAKDVIEEY FKCKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #41: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.18897 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
DTVTIRTRKF MTNRLLQRKQ MVIDVLHPGK ATVPKTEIQE KLAKMYKTTP DVIFVFGFRT HFGGGKTTGF GMIYDSLDYA KKNEPKHRL ARHGLYEKKK TSRKQRKERK NRMKKVRGTA KANVGAGKKP KE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #42: ribosomal protein eS10

分子名称: ribosomal protein eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.773953 KDa
組換発現生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5700 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 24.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4kzy

最終 再構成使用したクラス数: 10 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 475000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4kzy


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5k0y:
m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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