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- EMDB-8141: Cryo-EM structure of the human FANCD2/FANCI complex reveals a nov... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8141
タイトルCryo-EM structure of the human FANCD2/FANCI complex reveals a novel Tower domain required for FANCD2 monoubiquitination- Full length FANCD2/FANCI
マップデータNone
試料
  • 複合体: human FANCD2/FANCI complex
生物種Helenium autumnale (ダンゴギク)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Liang CC / Li Z / Nicholson WV / Venien-Bryan C / Cohn MA
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: The FANCD2-FANCI complex is recruited to DNA interstrand crosslinks before monoubiquitination of FANCD2.
著者: Chih-Chao Liang / Zhuolun Li / David Lopez-Martinez / William V Nicholson / Catherine Vénien-Bryan / Martin A Cohn /
要旨: The Fanconi anaemia (FA) pathway is important for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL). The FANCD2-FANCI complex is central to the pathway, and localizes to ICLs dependent on its ...The Fanconi anaemia (FA) pathway is important for the repair of DNA interstrand crosslinks (ICL). The FANCD2-FANCI complex is central to the pathway, and localizes to ICLs dependent on its monoubiquitination. It has remained elusive whether the complex is recruited before or after the critical monoubiquitination. Here, we report the first structural insight into the human FANCD2-FANCI complex by obtaining the cryo-EM structure. The complex contains an inner cavity, large enough to accommodate a double-stranded DNA helix, as well as a protruding Tower domain. Disease-causing mutations in the Tower domain are observed in several FA patients. Our work reveals that recruitment of the complex to a stalled replication fork serves as the trigger for the activating monoubiquitination event. Taken together, our results uncover the mechanism of how the FANCD2-FANCI complex activates the FA pathway, and explains the underlying molecular defect in FA patients with mutations in the Tower domain.
履歴
登録2016年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月7日-
マップ公開2016年9月7日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.164
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.164
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 448. Å		3.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 448. Å		3.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 448. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.164 / ムービー #1: 0.164
最小 - 最大-0.09978453 - 1.577032
平均 (標準偏差)0.0026387149 (±0.04330744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-68-68-68
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 448.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z448.000448.000448.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-41
NX/NY/NZ737384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-68-68-68
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1001.5770.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human FANCD2/FANCI complex

全体名称: human FANCD2/FANCI complex
要素
  • 複合体: human FANCD2/FANCI complex

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超分子 #1: human FANCD2/FANCI complex

超分子名称: human FANCD2/FANCI complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: FANCD2 is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an engineered N-terminal Flag-HA tag, and FANCI is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an ...詳細: FANCD2 is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an engineered N-terminal Flag-HA tag, and FANCI is expressed using the pFastBac1 vector (Life Technologies) with an engineered N-terminal Flag-MBP tag or a N-terminal Flag-HA tag
由来(天然)生物種: Helenium autumnale (ダンゴギク)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: hela / 組換プラスミド: pX459
分子量実験値: 300 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素: (名称: Tris, KCl)
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 293 K / 詳細: manually prepared with an home-made device.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
温度最低: 93.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 6 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 13222
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 8164 / Random conical tilt - Tilt angle: 50 degrees
詳細: No initial model was existing, an initial model was calculated using the random conical tilt method implemented by SPIDER using 8164 particles negatively stained
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 5058
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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