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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8126 | |||||||||
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タイトル | Dimeric N-BAR domain of human Bin1 (Amphiphysin2) associated with tubular sarcolemma model membrane | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Daum B / Meister A / Kuehlbrandt W | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2016 タイトル: Supramolecular organization of the human N-BAR domain in shaping the sarcolemma membrane. 著者: Bertram Daum / Andrea Auerswald / Tobias Gruber / Gerd Hause / Jochen Balbach / Werner Kühlbrandt / Annette Meister / 要旨: The 30kDa N-BAR domain of the human Bin1 protein is essential for the generation of skeletal muscle T-tubules. By electron cryo-microscopy and electron cryo-tomography with a direct electron ...The 30kDa N-BAR domain of the human Bin1 protein is essential for the generation of skeletal muscle T-tubules. By electron cryo-microscopy and electron cryo-tomography with a direct electron detector, we found that Bin1-N-BAR domains assemble into scaffolds of low long-range order that form flexible membrane tubules. The diameter of the tubules closely matches the curved shape of the N-BAR domain, which depends on the composition of the target membrane. These insights are fundamental to our understanding of T-tubule formation and function in human skeletal muscle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8126.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8126-v30.xml emd-8126.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8126.png | 150.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8126 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8126_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8126_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8126_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8126 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.7066 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric N-BAR domain of human Bin1 (Amphiphysin2) associated with...
全体 | 名称: Dimeric N-BAR domain of human Bin1 (Amphiphysin2) associated with sarcolemma model membrane tube |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimeric N-BAR domain of human Bin1 (Amphiphysin2) associated with...
超分子 | 名称: Dimeric N-BAR domain of human Bin1 (Amphiphysin2) associated with sarcolemma model membrane tube タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET14b |
分子量 | 理論値: 60 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 倍率(公称値): 10000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: PEET, IMOD) / 使用したサブトモグラム数: 446 |
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抽出 | トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 446 / ソフトウェア - 名称: IMOD |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: IMOD |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |