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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8014 | |||||||||
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タイトル | Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP | |||||||||
マップデータ | Central region of the U4/U6.U5 tri-snRNP comprising Prp8, Dib1, Prp31, Prp6, Prp4, Prp3, Snu13, U4 snRNA and U6 snRNA | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription / snRNP / spliceosome / RNA-protein complex / U4/U6.U5 snRNP | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / U4/U6 snRNP / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNP ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / U4/U6 snRNP / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen THD / Galej WP | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution. 著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai / 要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8014.map.gz | 196.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8014-v30.xml emd-8014.xml | 29.5 KB 29.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8014_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8014.png | 233.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8014.cif.gz | 11.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8014 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8014 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5gapMC 8006C 8007C 8008C 8009C 8010C 8011C 8012C 8013C 5gamC 5ganC 5gaoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Central region of the U4/U6.U5 tri-snRNP comprising Prp8, Dib1, Prp31, Prp6, Prp4, Prp3, Snu13, U4 snRNA and U6 snRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex
+超分子 #1: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex
+分子 #1: U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
+分子 #2: U6 snRNA
+分子 #3: U5 snRNA
+分子 #4: unknown protein
+分子 #5: Pre-mRNA-splicing factor 8
+分子 #6: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
+分子 #7: Pre-mRNA-splicing factor 6
+分子 #8: Spliceosomal protein DIB1
+分子 #9: Pre-mRNA-processing factor 31
+分子 #10: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
+分子 #11: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
+分子 #12: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mM / 構成要素 - 名称: DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging.. |
詳細 | 3.5 microlitre of sample was applied to grid. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 2477 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-5gap: |