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万見
- EMDB-7955: Negative stain EM map of Pan-EBOV antibody 520 Fab in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7955
タイトルNegative stain EM map of Pan-EBOV antibody 520 Fab in complex with EBOV GPdMuc trimer
マップデータNegative stain EM map of Pan-EBOV antibody 520 in complex with EBOV GPdMuc trimer.
試料
  • 複合体: EBOV GPdMuc in complex with Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab
    • 複合体: EBOV GPdMuc
    • 複合体: Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab
生物種Ebola virus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.45 Å
データ登録者Ward AB / Turner HL
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Multifunctional Pan-ebolavirus Antibody Recognizes a Site of Broad Vulnerability on the Ebolavirus Glycoprotein.
著者: Pavlo Gilchuk / Natalia Kuzmina / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Bronwyn M Gunn / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Matthew S Bramble / ...著者: Pavlo Gilchuk / Natalia Kuzmina / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Bronwyn M Gunn / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Matthew S Bramble / Nicole A Hoff / Elad Binshtein / Nurgun Kose / Andrew I Flyak / Robin Flinko / Chiara Orlandi / Robert Carnahan / Erica H Parrish / Alexander M Sevy / Robin G Bombardi / Prashant K Singh / Patrick Mukadi / Jean Jacques Muyembe-Tamfum / Melanie D Ohi / Erica Ollmann Saphire / George K Lewis / Galit Alter / Andrew B Ward / Anne W Rimoin / Alexander Bukreyev / James E Crowe /
要旨: Ebolaviruses cause severe disease in humans, and identification of monoclonal antibodies (mAbs) that are effective against multiple ebolaviruses are important for therapeutics development. Here we ...Ebolaviruses cause severe disease in humans, and identification of monoclonal antibodies (mAbs) that are effective against multiple ebolaviruses are important for therapeutics development. Here we describe a distinct class of broadly neutralizing human mAbs with protective capacity against three ebolaviruses infectious for humans: Ebola (EBOV), Sudan (SUDV), and Bundibugyo (BDBV) viruses. We isolated mAbs from human survivors of ebolavirus disease and identified a potent mAb, EBOV-520, which bound to an epitope in the glycoprotein (GP) base region. EBOV-520 efficiently neutralized EBOV, BDBV, and SUDV and also showed protective capacity in relevant animal models of these infections. EBOV-520 mediated protection principally by direct virus neutralization and exhibited multifunctional properties. This study identified a potent naturally occurring mAb and defined key features of the human antibody response that may contribute to broad protection. This multifunctional mAb and related clones are promising candidates for development as broadly protective pan-ebolavirus therapeutic molecules.
履歴
登録2018年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2019年4月10日-
更新2019年4月10日-
現状2019年4月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0323
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0323
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7955.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of Pan-EBOV antibody 520 in complex with EBOV GPdMuc trimer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å		2.05 Å/pix.
x 144 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0323 / ムービー #1: 0.0323
最小 - 最大-0.05704098 - 0.116993345
平均 (標準偏差)0.00046541027 (±0.007867539)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0570.1170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EBOV GPdMuc in complex with Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab

全体名称: EBOV GPdMuc in complex with Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab
要素
  • 複合体: EBOV GPdMuc in complex with Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab
    • 複合体: EBOV GPdMuc
    • 複合体: Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab

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超分子 #1: EBOV GPdMuc in complex with Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab

超分子名称: EBOV GPdMuc in complex with Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Purified through SEC in TBS.

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超分子 #2: EBOV GPdMuc

超分子名称: EBOV GPdMuc / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)

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超分子 #3: Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab

超分子名称: Pan-Ebolavirus antibody 520 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 4970
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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