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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7830 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein in the presence of AMPPNP - Class 2 | |||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein in the presence of AMPPNP - Class 2 | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Niekamp S / Coudray N / Zhang N / Vale RD / Bhabha G | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2019 タイトル: Coupling of ATPase activity, microtubule binding, and mechanics in the dynein motor domain. 著者: Stefan Niekamp / Nicolas Coudray / Nan Zhang / Ronald D Vale / Gira Bhabha / 要旨: The movement of a molecular motor protein along a cytoskeletal track requires communication between enzymatic, polymer-binding, and mechanical elements. Such communication is particularly complex and ...The movement of a molecular motor protein along a cytoskeletal track requires communication between enzymatic, polymer-binding, and mechanical elements. Such communication is particularly complex and not well understood in the dynein motor, an ATPase that is comprised of a ring of six AAA domains, a large mechanical element (linker) spanning over the ring, and a microtubule-binding domain (MTBD) that is separated from the AAA ring by a ~ 135 Å coiled-coil stalk. We identified mutations in the stalk that disrupt directional motion, have microtubule-independent hyperactive ATPase activity, and nucleotide-independent low affinity for microtubules. Cryo-electron microscopy structures of a mutant that uncouples ATPase activity from directional movement reveal that nucleotide-dependent conformational changes occur normally in one-half of the AAA ring, but are disrupted in the other half. The large-scale linker conformational change observed in the wild-type protein is also inhibited, revealing that this conformational change is not required for ATP hydrolysis. These results demonstrate an essential role of the stalk in regulating motor activity and coupling conformational changes across the two halves of the AAA ring. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7830.map.gz | 78.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7830-v30.xml emd-7830.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7830.png | 122.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7830 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7830_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7830_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7830_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein in the presence of AMPPNP - Class 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein
全体 | 名称: delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein |
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要素 |
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-超分子 #1: delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein
超分子 | 名称: delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Cryo-EM reconstruction of delta T3046-T3055 mutant of yeast cytoplasmic dynein in the presence of AMPPNP - Class 2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: ab-initio |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 39048 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |