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- EMDB-7821: CryoEM structure of Tetrahymena telomerase with telomeric DNA at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7821
タイトルCryoEM structure of Tetrahymena telomerase with telomeric DNA at 4.8 Angstrom resolution
マップデータTetrahymena telomerase with telomeric DNA
試料
  • 複合体: Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase-associated protein 82
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme TEB heterotrimer Teb3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit
    • RNA: RNA (159-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase-associated protein 50
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase associated protein p65
  • リガンド: ZINC ION
キーワードTelomerase / telomere / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / : / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase ...telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / : / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / DNA recombination / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase TEN domain / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain ...: / Telomerase reverse transcriptase TEN domain / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / : / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein A 32 kDa subunit / Replication protein A 14 kDa subunit / Telomeric repeat-binding subunit 1 / Telomerase reverse transcriptase / La-related protein 7 homolog / La-related protein 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Jiang J / Wang Y / Susac L / Chan H / Basu R / Zhou ZH / Feigon J
資金援助 米国, 9件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM048123 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1517625 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
American Heart Association14POST18870059 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure of Telomerase with Telomeric DNA.
著者: Jiansen Jiang / Yaqiang Wang / Lukas Sušac / Henry Chan / Ritwika Basu / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: Telomerase is an RNA-protein complex (RNP) that extends telomeric DNA at the 3' ends of chromosomes using its telomerase reverse transcriptase (TERT) and integral template-containing telomerase RNA ...Telomerase is an RNA-protein complex (RNP) that extends telomeric DNA at the 3' ends of chromosomes using its telomerase reverse transcriptase (TERT) and integral template-containing telomerase RNA (TER). Its activity is a critical determinant of human health, affecting aging, cancer, and stem cell renewal. Lack of atomic models of telomerase, particularly one with DNA bound, has limited our mechanistic understanding of telomeric DNA repeat synthesis. We report the 4.8 Å resolution cryoelectron microscopy structure of active Tetrahymena telomerase bound to telomeric DNA. The catalytic core is an intricately interlocked structure of TERT and TER, including a previously structurally uncharacterized TERT domain that interacts with the TEN domain to physically enclose TER and regulate activity. This complete structure of a telomerase catalytic core and its interactions with telomeric DNA from the template to telomere-interacting p50-TEB complex provides unanticipated insights into telomerase assembly and catalytic cycle and a new paradigm for a reverse transcriptase RNP.
履歴
登録2018年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月30日-
マップ公開2018年5月30日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d6v
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7821.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tetrahymena telomerase with telomeric DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å		1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å		1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.054381963 - 0.15599543
平均 (標準偏差)-0.000078641795 (±0.0058957483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.160348.160348.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-199-199-199
NX/NY/NZ399399399
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0540.156-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7821_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA

全体名称: Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA
要素
  • 複合体: Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase-associated protein 82
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme TEB heterotrimer Teb3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit
    • RNA: RNA (159-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase-associated protein 50
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase associated protein p65
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA

超分子名称: Endogenous assembled Tetrahymena telomerase bound with telomeric DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

+
分子 #1: Telomerase reverse transcriptase

分子名称: Telomerase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 133.486938 KDa
配列文字列: MQKINNINNN KQMLTRKEDL LTVLKQISAL KYVSNLYEFL LATEKIVQTS ELDTQFQEFL TTTIIASEQN LVENYKQKYN QPNFSQLTI KQVIDDSIIL LGNKQNYVQQ IGTTTIGFYV EYENINLSRQ TLYSSNFRNL LNIFGEEDFK YFLIDFLVFT K VEQNGYLQ ...文字列:
MQKINNINNN KQMLTRKEDL LTVLKQISAL KYVSNLYEFL LATEKIVQTS ELDTQFQEFL TTTIIASEQN LVENYKQKYN QPNFSQLTI KQVIDDSIIL LGNKQNYVQQ IGTTTIGFYV EYENINLSRQ TLYSSNFRNL LNIFGEEDFK YFLIDFLVFT K VEQNGYLQ VAGVCLNQYF SVQVKQKKWY KNNFNMNGKA TSNNNQNNAN LSNEKKQENQ YIYPEIQRSQ IFYCNHMGRE PG VFKSSFF NYSEIKKGFQ FKVIQEKLQG RQFINSDKIK PDHPQTIIKK TLLKEYQSKN FSCQEERDLF LEFTEKIVQN FHN INFNYL LKKFCKLPEN YQSLKSQVKQ IVQSENKANQ QSCENLFNSL YDTEISYKQI TNFLRQIIQN CVPNQLLGKK NFKV FLEKL YEFVQMKRFE NQKVLDYICF MDVFDVEWFV DLKNQKFTQK RKYISDKRKI LGDLIVFIIN KIVIPVLRYN FYITE KHKE GSQIFYYRKP IWKLVSKLTI VKLEEENLEK VEEKLIPEDS FQKYPQGKLR IIPKKGSFRP IMTFLRKDKQ KNIKLN LNQ ILMDSQLVFR NLKDMLGQKI GYSVFDNKQI SEKFAQFIEK WKNKGRPQLY YVTLDIKKCY DSIDQMKLLN FFNQSDL IQ DTYFINKYLL FQRNKRPLLQ IQQTNNLNSA MEIEEEKINK KPFKMDNINF PYYFNLKERQ IAYSLYDDDD QILQKGFK E IQSDDRPFIV INQDKPRCIT KDIIHNHLKH ISQYNVISFN KVKFRQKRGI PQGLNISGVL CSFYFGKLEE EYTQFLKNA EQVNGSINLL MRLTDDYLFI SDSQQNALNL IVQLQNCANN NGFMFNDQKI TTNFQFPQED YNLEHFKISV QNECQWIGKS IDMNTLEIK SIQKQTQQEI NQTINVAISI KNLKSQLKNK LRSLFLNQLI DYFNPNINSF EGLCRQLYHH SKATVMKFYP F MTKLFQID LKKSKQYSVQ YGKENTNENF LKDILYYTVE DVCKILCYLQ FEDEINSNIK EIFKNLYSWI MWDIIVSYLK KK KQFKGYL NKLLQKIRKS RFFYLKEGCK SLQLILSQQK YQLNKKELEA IEFIDLNNLI QDIKTLIPKI SAKSNQQNTN

UniProtKB: Telomerase reverse transcriptase

+
分子 #2: Telomerase-associated protein 82

分子名称: Telomerase-associated protein 82 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 82.040289 KDa
配列文字列: MKLTKGGSYI LKKVDRKQFY QDEEIVMQIK KILGQKTTDC KQYIKCECID GLGDEALIYF EMLANQNQHL QKNDVIMIQD YLNDKTQND KIVVLVTRFQ FCKASHVQPK TAQKESIQLL NTEKTIIQKS KITKNPAEEV LKFIEVNEKD NSSNSEDMII E QQKQEIKN ...文字列:
MKLTKGGSYI LKKVDRKQFY QDEEIVMQIK KILGQKTTDC KQYIKCECID GLGDEALIYF EMLANQNQHL QKNDVIMIQD YLNDKTQND KIVVLVTRFQ FCKASHVQPK TAQKESIQLL NTEKTIIQKS KITKNPAEEV LKFIEVNEKD NSSNSEDMII E QQKQEIKN NQKEKQSING FNLEDSYSNI SDITNFGGKS NFNIGSLSDQ LSKQTLLISQ LQVGKNRFSF KFEGRVVYKS ST FQNQQDS KYFFITAQDA NNQEINLSFW QKVDQSYQTL KVGQYYYFIG GEVKQFKNNL ELKFKFGDYQ IIPKETLSAN YVQ PLALQP SKQFGNDSIG DSDYSIHNLI EKEESIAQKG YNGQKNNKYR QNNNNSKHTL LISEVLKTSK QYLSVLAQVV DIQS SDKNI RLKICDNSCN QELKVVIFPD LCYEWRDKFS INKWYYFNEF VRQIYNDEVQ LKNNIHSSIK ESDDQRKVIT YNQEQ GVFK KSISINSNDS FEIKPKISYK NNSNQEQRIY SSIEEIIQQA QASEIGQKKE FYVYGNLVSI QMKNKLYYYR CTCQGK SVL KYHGDSFFCE SCQQFINPQV HLMLRAFVQD STGTIPVMIF DQQSSQLINQ IDPSIHVQEA GQYVKNCIEN GQEEIIR QL FSKLDFARFI FEIQFENKEF NNEQEIAYKV LKIEKENIKE ESKYLLKKLE HLINNNQNN

UniProtKB: Telomeric repeat-binding subunit 1

+
分子 #3: Telomerase holoenzyme TEB heterotrimer Teb3 subunit

分子名称: Telomerase holoenzyme TEB heterotrimer Teb3 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 14.007626 KDa
配列文字列:
MDAEQEQVMY PRILFEQMAQ FRGKKVTVVG NVCNEDQNDS LVIEFGPTGL NQHVVIDNYR RVDLNNTTKF VEIRGVVLNQ NIVSCEELT EFEQKDPFDF DTYSKLIHLS QSDKLSSLFT DQ

UniProtKB: Replication protein A 14 kDa subunit

+
分子 #4: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit

分子名称: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 30.993035 KDa
配列文字列: MSNRVQGGFD NNSGNNQSAQ KQQAEKIPQI TVPLNCFMIN QIVKAAKENP QAHSGNHYEW YGAFENAIIT AKFEFLQSIN DSPKIMGKL SDSTGCIEVV IQKSKMSDEL PEFVQAYEIE LQNNGNRHKY VRAMLKMRKN AQIQLLYFSI VNDANEISRH G LDLCLRYL ...文字列:
MSNRVQGGFD NNSGNNQSAQ KQQAEKIPQI TVPLNCFMIN QIVKAAKENP QAHSGNHYEW YGAFENAIIT AKFEFLQSIN DSPKIMGKL SDSTGCIEVV IQKSKMSDEL PEFVQAYEIE LQNNGNRHKY VRAMLKMRKN AQIQLLYFSI VNDANEISRH G LDLCLRYL QRKHGIEDFM HMTNDKAHNN HNASAQKVHY QIDRNQQPKE QVLELMRQIL KHNPNDQIPK SKIIEFFQSQ LN QVQINQI LQQLVSANEI FSVGSDNYLL NV

UniProtKB: Replication protein A 32 kDa subunit

+
分子 #7: Telomerase-associated protein 50

分子名称: Telomerase-associated protein 50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 13.379484 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #8: Telomerase associated protein p65

分子名称: Telomerase associated protein p65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 64.207363 KDa
配列文字列: MDEYLENTNL EELEQECFME DYQHEDVVEQ ENHQVDANDI YENQQMNDES QLNQDVKISQ QKEQAVEMIE EQQQNNQDKF KQFQDCMAH ITELNFKRNY QNLTEQSSSN NVVAEELDIK ESLKLQMEYY FCDTNLTHDS YLRGIISKSP KNCVDIKVFL K FNKIQQIL ...文字列:
MDEYLENTNL EELEQECFME DYQHEDVVEQ ENHQVDANDI YENQQMNDES QLNQDVKISQ QKEQAVEMIE EQQQNNQDKF KQFQDCMAH ITELNFKRNY QNLTEQSSSN NVVAEELDIK ESLKLQMEYY FCDTNLTHDS YLRGIISKSP KNCVDIKVFL K FNKIQQIL KQIQDKQIVS TYGIENQSQK KNHKNYKNQN ATFSKKDLIH LIRDSLKESK ILKVKMDSLK VKRRFPFNLE QA LKNSKQR TLYIDFLPPK CSKQTLVSIF GNFRIININL PLQKNSQLCQ GFAFIEFFSE EEANQALITK NSSIPKELIL LTE KKIGQG SIRIITYKKW QEEKQSFKEL SKNQNEQKNK NMNQSRKASD EFVSIDVEIK QNCLIKIINI PQGTLKAEVV LAVR HLGYE FYCDYIDENS NQINSNKISL STQQQNTAQC SNIQIENNLI QQDQHPQLND LLKEGQAMIR FQNSDEQRLA IQKLL NHNN NKLQIEIRGQ ICDVISTIPE DEEKNYWNYI KFKKNEFRKF FFMKKQQKKQ NITQNYNK

UniProtKB: La-related protein 7 homolog

+
分子 #5: RNA (159-MER)

分子名称: RNA (159-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 50.746984 KDa
配列文字列:
AUACCCGCUU AAUUCAUUCA GAUCUGUAAU AGAACUGUCA UUCAACCCCA AAAAUCUAGU GCUGAUAUAA CCUUCACCAA UUAGGUUCA AAUAAGUGGU AAUGCGGGAC AAAAGACUAU CGACAUUUGA UACACUAUUU AUCAAUGGAU GUCUUAUUUU

GENBANK: GENBANK: AF399707.1

+
分子 #6: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP...

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 6.059875 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6443

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 52506
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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