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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7798 | |||||||||
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タイトル | Epstein-Barr Virus glycoproteins, gH/gL/gp42 inserted ferritin nanoparticles | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Rossmann MG / Cohen JI / Bu W / Yap ML | |||||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2019 タイトル: Immunization with Components of the Viral Fusion Apparatus Elicits Antibodies That Neutralize Epstein-Barr Virus in B Cells and Epithelial Cells. 著者: Wei Bu / M Gordon Joyce / Hanh Nguyen / Dalton V Banh / Fiona Aguilar / Zeshan Tariq / Moh Lan Yap / Yusuke Tsujimura / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Sarah F Andrews / Sandeep R ...著者: Wei Bu / M Gordon Joyce / Hanh Nguyen / Dalton V Banh / Fiona Aguilar / Zeshan Tariq / Moh Lan Yap / Yusuke Tsujimura / Rebecca A Gillespie / Yaroslav Tsybovsky / Sarah F Andrews / Sandeep R Narpala / Adrian B McDermott / Michael G Rossmann / Yasuhiro Yasutomi / Gary J Nabel / Masaru Kanekiyo / Jeffrey I Cohen / 要旨: Epstein-Barr virus (EBV) causes infectious mononucleosis and is associated with epithelial-cell cancers and B cell lymphomas. An effective EBV vaccine is not available. We found that antibodies to ...Epstein-Barr virus (EBV) causes infectious mononucleosis and is associated with epithelial-cell cancers and B cell lymphomas. An effective EBV vaccine is not available. We found that antibodies to the EBV glycoprotein gH/gL complex were the principal components in human plasma that neutralized infection of epithelial cells and that antibodies to gH/gL and gp42 contributed to B cell neutralization. Immunization of mice and nonhuman primates with nanoparticle vaccines that displayed components of the viral-fusion machinery EBV gH/gL or gH/gL/gp42 elicited antibodies that potently neutralized both epithelial-cell and B cell infection. Immune serum from nonhuman primates inhibited EBV-glycoprotein-mediated fusion of epithelial cells and B cells and targeted an epitope critical for virus-cell fusion. Therefore, unlike the leading EBV gp350 vaccine candidate, which only protects B cells from infection, these EBV nanoparticle vaccines elicit antibodies that inhibit the virus-fusion apparatus and provide cell-type-independent protection from virus infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7798.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7798-v30.xml emd-7798.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7798_fsc.xml | 3.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7798.png | 77.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7798 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7798_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7798_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7798_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7798 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : gH/gL/gp42-ferritin
全体 | 名称: gH/gL/gp42-ferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: gH/gL/gp42-ferritin
超分子 | 名称: gH/gL/gp42-ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HeLa / 組換プラスミド: CMV/R 8kb VRC 8405 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |