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万見
- EMDB-75897: Evaluating the Volta Phase Plate for Improved Tomogram Alignment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75897
タイトルEvaluating the Volta Phase Plate for Improved Tomogram Alignment in Cryo-Electron Tomography: structure of 80S ribosome with VPP (full dataset)
マップデータmain map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids
キーワード80S ribosome / translation / RIBOSOME
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Hutchings J / Ji D / Ali M / Siems H / Serwas D / Paraan M / Montabana EA / Yu Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2026
タイトル: Evaluating the Volta phase plate for improved tomogram alignment in cryo-electron tomography.
著者: Joshua Hutchings / Daniel Ji / Shawn Zheng / Elizabeth A Montabana / Utz H Ermel / Ariana Peck / Jonathan Schwartz / Rahel Woldeyes / Mohammadreza Paraan / Mallak Ali / Norbert S Hill / ...著者: Joshua Hutchings / Daniel Ji / Shawn Zheng / Elizabeth A Montabana / Utz H Ermel / Ariana Peck / Jonathan Schwartz / Rahel Woldeyes / Mohammadreza Paraan / Mallak Ali / Norbert S Hill / Hannah Siems / Daniel Serwas / Anchi Cheng / Dari Kimanius / David A Agard / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Yue Yu /
要旨: The Volta phase plate (VPP) can enhance low-frequency phase contrast in cryo-electron microscopy (cryo-EM) and cryo-electron tomography (cryo-ET), but its impact on tomogram alignment has not been ...The Volta phase plate (VPP) can enhance low-frequency phase contrast in cryo-electron microscopy (cryo-EM) and cryo-electron tomography (cryo-ET), but its impact on tomogram alignment has not been systematically assessed. Using sub-2 Å single-particle analysis (SPA) and analytical contrast transfer function (CTF) modeling, we show that despite high-frequency information loss and moderate signal damping, the VPP enhances signal in low-frequency bands that are crucial for tilt-series alignment. We show that VPP tomograms exhibit increased contrast and remain higher in contrast post denoising, for thick and crowded specimens. Quantitative comparison of tomograms acquired with and without the VPP shows improved tilt-axis orientation measurements and a higher fraction of tomograms amenable to local tilt-series alignment. Although acquisition with the VPP yields lower subtomogram averaging (STA) resolution, these results show that the primary benefits of the VPP for cryo-ET are contrast enhancement and improved tilt-series alignment robustness, which are crucial for studying cellular ultrastructure and protein organization in crowded environments, where STA at moderate resolutions remains valuable.
履歴
登録2026年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月22日-
現状2026年4月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75897.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75897.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 352 pix.
= 531.52 Å		1.51 Å/pix.
x 352 pix.
= 531.52 Å		1.51 Å/pix.
x 352 pix.
= 531.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.51 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0026
最小 - 最大-0.005612013 - 0.008000654
平均 (標準偏差)0.000010685659 (±0.0006507439)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 531.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_75897_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map from refinement

ファイルemd_75897_half_map_1.map
注釈half-map from refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map from refinement

ファイルemd_75897_half_map_2.map
注釈half-map from refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalize...

全体名称: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids
要素
  • 細胞器官・細胞要素: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids

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超分子 #1: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalize...

超分子名称: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 3.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
詳細: Initial low-resolution alignment against the same model. All subsequent high-resolution refinements are independent.
使用したサブトモグラム数: 3408
抽出トモグラム数: 110 / 使用した粒子像数: 3408 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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