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万見
- EMDB-7588: Promotion of Virus Assembly and Organization by the Measles Virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7588
タイトルPromotion of Virus Assembly and Organization by the Measles Virus Matrix Protein: F glycoprotein trimer
マップデータMeasles virus fusion glycoprotein trimer from rec-MeV infected cells
試料
  • ウイルス: Measles virus (ウイルス)
生物種Measles virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Ke Z / Strauss JD / Hampton CM / Dillard RS / Wright ER
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114561 米国
National Science Foundation (NSF, United States)0923395 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI101775 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD079327 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI083402 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM112517 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Promotion of virus assembly and organization by the measles virus matrix protein.
著者: Zunlong Ke / Joshua D Strauss / Cheri M Hampton / Melinda A Brindley / Rebecca S Dillard / Fredrick Leon / Kristen M Lamb / Richard K Plemper / Elizabeth R Wright /
要旨: Measles virus (MeV) remains a major human pathogen, but there are presently no licensed antivirals to treat MeV or other paramyxoviruses. Here, we use cryo-electron tomography (cryo-ET) to elucidate ...Measles virus (MeV) remains a major human pathogen, but there are presently no licensed antivirals to treat MeV or other paramyxoviruses. Here, we use cryo-electron tomography (cryo-ET) to elucidate the principles governing paramyxovirus assembly in MeV-infected human cells. The three-dimensional (3D) arrangement of the MeV structural proteins including the surface glycoproteins (F and H), matrix protein (M), and the ribonucleoprotein complex (RNP) are characterized at stages of virus assembly and budding, and in released virus particles. The M protein is observed as an organized two-dimensional (2D) paracrystalline array associated with the membrane. A two-layered F-M lattice is revealed suggesting that interactions between F and M may coordinate processes essential for MeV assembly. The RNP complex remains associated with and in close proximity to the M lattice. In this model, the M lattice facilitates the well-ordered incorporation and concentration of the surface glycoproteins and the RNP at sites of virus assembly.
履歴
登録2018年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7588.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Measles virus fusion glycoprotein trimer from rec-MeV infected cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.88 Å/pix.
x 64 pix.
= 376.32 Å		5.88 Å/pix.
x 64 pix.
= 376.32 Å		5.88 Å/pix.
x 64 pix.
= 376.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-10.270953 - 11.389529
平均 (標準偏差)-0.00000000221 (±0.9999981)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 376.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.885.885.88
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z376.320376.320376.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-10.27111.390-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Measles virus

全体名称: Measles virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Measles virus (ウイルス)

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超分子 #1: Measles virus

超分子名称: Measles virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Measles virus F glycoprotein trimer / NCBI-ID: 11234 / 生物種: Measles virus / Sci species strain: recMeV / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細measles virus infected cells

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5080 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3768 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-8 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0 alpha) / 使用したサブトモグラム数: 539
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 539 / 手法: volumes picked manually in IMOD slicer window / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0 alpha)
CTF補正ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.9.4)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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