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- EMDB-75196: S305I Frontotemporal Lobar Degeneration (FTLD) type II tau filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75196
タイトルS305I Frontotemporal Lobar Degeneration (FTLD) type II tau filament
マップデータS305I Type II Fold Map
試料
  • 組織: Filaments purified S305I FTLD individual brain tissue
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau
キーワードtau / MAPT / FTD / FTLD / amyloid / neurodegeneration / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of microtubule-based movement / regulation of chromosome organization / intracellular distribution of mitochondria / central nervous system neuron development / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / protein polymerization / main axon / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / glial cell projection / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of long-term synaptic depression / supramolecular fiber organization / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / synapse assembly / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / enzyme inhibitor activity / protein phosphatase 2A binding / stress granule assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of autophagy / cellular response to reactive oxygen species / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / SH3 domain binding / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / synapse organization / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / growth cone / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / actin binding / cell body / double-stranded DNA binding / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / dendritic spine / microtubule / protein-macromolecule adaptor activity / learning or memory / neuron projection / membrane raft / negative regulation of gene expression / axon / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pan HS / Merz GE / Tse E / Southworth DR
資金援助 米国, 14件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P01AG002132 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30AG062422 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P01AG019724 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)U01AG057195 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)U19AG063911 米国
Other private
Other private
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)U19: AG063911 米国
Other privateU54 NS092089
Other privateU01 AG045390
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P01 AG019724 米国
Other privateP30 AG062422
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)U24 AG21886 米国
Other privateA141860
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Distinct tau filament folds in familial frontotemporal dementia due to the S305I mutation.
著者: Henry S Pan / Gregory E Merz / Alissa Nana Li / Minh Quan Le / Hyunil Jo / Athena Quddus / Anthony Yung / Rian C Kormos / Arthur A Melo / Eliana Marisa Ramos / Argentina Lario Lago / ...著者: Henry S Pan / Gregory E Merz / Alissa Nana Li / Minh Quan Le / Hyunil Jo / Athena Quddus / Anthony Yung / Rian C Kormos / Arthur A Melo / Eliana Marisa Ramos / Argentina Lario Lago / Salvatore Spina / Lea T Grinberg / Howard J Rosen / Eric Tse / Maria Luisa Gorno-Tempini / William F DeGrado / William W Seeley / Daniel R Southworth /
要旨: Frontotemporal lobar degeneration with tau inclusions (FTLD-tau) comprise a class of fatal heterogeneous neurodegenerative diseases. Approximately 10% arise from pathogenic MAPT mutations and often ...Frontotemporal lobar degeneration with tau inclusions (FTLD-tau) comprise a class of fatal heterogeneous neurodegenerative diseases. Approximately 10% arise from pathogenic MAPT mutations and often cause severe, early-onset disease with pathology that is distinct yet partially overlapping with sporadic cases. Here, we evaluated post-mortem tissue from a patient with FTLD-tau due to S305I showing neuropathology most consistent with argyrophilic grain disease (AGD), a prevalent limbic tauopathy of aging. Structures determined by cryo-electron microscopy reveal tau filament folds that differ from those found in sporadic AGD or other tauopathies and feature a 4-layer architecture stabilized by the Ile substitution within its core. Comparative structural analysis reveals conserved motifs are shared among AGD, corticobasal degeneration, and P301T. A well-defined density stacks along a cationic cleft, indicative of a bound RNA-like polyanion or small-molecule. analysis shows the S305I mutation promotes fibrilization relative to normal tau. These results demonstrate that stabilizes a distinct aggregation-prone tau fold that likely contributes to disease pathology and heterogeneity beyond its known splicing defects, and underscore potential limitations of using the most pathologically similar genetic form as a model for sporadic FTLD-tau.
履歴
登録2026年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75196.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈S305I Type II Fold Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00836
最小 - 最大-0.03273003 - 0.05386381
平均 (標準偏差)0.00005883607 (±0.0012101403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 250.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_75196_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: S305I Type II Fold Half-map 1 from the 3D Refinement

ファイルemd_75196_half_map_1.map
注釈S305I Type II Fold Half-map 1 from the 3D Refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: S305I Type II Fold Half-map 2 from the 3D Refinement

ファイルemd_75196_half_map_2.map
注釈S305I Type II Fold Half-map 2 from the 3D Refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Filaments purified S305I FTLD individual brain tissue

全体名称: Filaments purified S305I FTLD individual brain tissue
要素
  • 組織: Filaments purified S305I FTLD individual brain tissue
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau

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超分子 #1: Filaments purified S305I FTLD individual brain tissue

超分子名称: Filaments purified S305I FTLD individual brain tissue
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Microtubule-associated protein tau

分子名称: Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.562394 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GKVQIINKKL DLSNVQSKCG SKDNIKHVPG GGIVQIVYKP VDLSKVTSKC GSLGNIHHKP GGGQVEVKSE KLDFKDRVQS KIGSLDNIT HVPGGGNKKI ETHKLTFR

UniProtKB: Microtubule-associated protein tau

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7393 / 平均露光時間: 5.4 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.83 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 178.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0.0) / 使用した粒子像数: 42794
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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