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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7509 | |||||||||
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タイトル | 1.21 A MicroED structure of GSNQNNF at 2.8 e- / A^2 | |||||||||
![]() | MicroED density map | |||||||||
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![]() | Amyloid fibril / prion / zinc binding / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.21 Å | |||||||||
![]() | Hattne J / Shi D | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM. 著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 175.7 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 182.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.7 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 16.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6clqMC ![]() 7490C ![]() 7491C ![]() 7492C ![]() 7493C ![]() 7494C ![]() 7495C ![]() 7496C ![]() 7497C ![]() 7498C ![]() 7499C ![]() 7500C ![]() 7501C ![]() 7502C ![]() 7503C ![]() 7504C ![]() 7505C ![]() 7506C ![]() 7507C ![]() 7508C ![]() 7510C ![]() 7511C ![]() 7512C ![]() 6cl7C ![]() 6cl8C ![]() 6cl9C ![]() 6claC ![]() 6clbC ![]() 6clcC ![]() 6cldC ![]() 6cleC ![]() 6clfC ![]() 6clgC ![]() 6clhC ![]() 6cliC ![]() 6cljC ![]() 6clkC ![]() 6cllC ![]() 6clmC ![]() 6clnC ![]() 6cloC ![]() 6clpC ![]() 6clrC ![]() 6clsC ![]() 6cltC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MicroED density map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.34786 Å / Y: 0.36737 Å / Z: 0.40523 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Synthetic proto-filament
全体 | 名称: Synthetic proto-filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Synthetic proto-filament
超分子 | 名称: Synthetic proto-filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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分子量 | 理論値: 899.141 Da |
-分子 #1: GSNQNNF
分子 | 名称: GSNQNNF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 779.756 Da |
配列 | 文字列: GSNQNNF |
-分子 #2: ACETATE ION
分子 | 名称: ACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ACT |
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分子量 | 理論値: 59.044 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ACT: |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1104 / 回折像の数: 1104 / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 0.00357 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 730 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.21 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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Crystallography statistics | Number intensities measured: 9012 / Number structure factors: 1138 / Fourier space coverage: 79.3 / R sym: 0.235 / R merge: 0.235 / Overall phase error: 49.98 / Overall phase residual: 49.98 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.21 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.21 Å / 殻 - Low resolution: 1.24 Å / 殻 - Number structure factors: 74 / 殻 - Phase residual: 73.38 / 殻 - Fourier space coverage: 77.89 / 殻 - Multiplicity: 7.2 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Electron scattering factors |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 7.563 |
得られたモデル | ![]() PDB-6clq: |