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- EMDB-7471: QA013.2 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7471
タイトルQA013.2 Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
マップデータQA013.2-Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
試料
  • 複合体: Complex of QA013.2 Fab bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
    • 複合体: QA0132 Fab fragment
    • 複合体: BG505 T332N SOSIP.664 trimer
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者Williams JA / Lee KK
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Superinfection Drives HIV Neutralizing Antibody Responses from Several B Cell Lineages that Contribute to a Polyclonal Repertoire.
著者: Katherine L Williams / Bingjie Wang / Dana Arenz / James A Williams / Adam S Dingens / Valerie Cortez / Cassandra A Simonich / Stephanie Rainwater / Dara A Lehman / Kelly K Lee / Julie Overbaugh /
要旨: Eliciting broad and potent HIV-specific neutralizing antibody responses represents the holy grail of HIV vaccine efforts. Data from singly infected individuals with broad and potent plasma ...Eliciting broad and potent HIV-specific neutralizing antibody responses represents the holy grail of HIV vaccine efforts. Data from singly infected individuals with broad and potent plasma neutralizing activity targeting one epitope have guided our understanding of how these responses develop. However, far less is known about responses developed by superinfected individuals who acquire two distinct HIV strains. Here, we isolated HIV-specific mAbs from a superinfected individual with a broad plasma response. In this superinfection case, neutralizing activity resulted from multiple distinct B cell lineages that arose in response to either the initial or the superinfecting virus, including an antibody that targets the N332 supersite. This nAb, QA013.2, was specific to the superinfecting virus and was associated with eventual reemergence of the initial infecting virus. The complex dynamic between viruses in superinfection may drive development of a unique collection of polyclonal nAbs that present a higher barrier to escape than monoclonal responses.
履歴
登録2018年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月7日-
マップ公開2018年3月7日-
更新2019年5月15日-
現状2019年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7471.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈QA013.2-Fab fragment bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-7.779764 - 4.9319744
平均 (標準偏差)0.011791622 (±0.31235427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-41-41-41
サイズ828282
Spacing828282
セルA=B=C: 169.73999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.072.072.07
M x/y/z828282
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z169.740169.740169.740
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-41-41-41
NC/NR/NS828282
D min/max/mean-7.7804.9320.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of QA013.2 Fab bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer

全体名称: Complex of QA013.2 Fab bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
要素
  • 複合体: Complex of QA013.2 Fab bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
    • 複合体: QA0132 Fab fragment
    • 複合体: BG505 T332N SOSIP.664 trimer

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超分子 #1: Complex of QA013.2 Fab bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer

超分子名称: Complex of QA013.2 Fab bound to BG505 T332N SOSIP.664 trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Fab fragment generated by papain digestion of IgG antibody. SOSIP.664 Env trimer recombinantly expressed in HEK-293F cells.
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 360 KDa

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超分子 #2: QA0132 Fab fragment

超分子名称: QA0132 Fab fragment / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Fab fragment generated by papain digestion of IgG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Human embryonic kidney / 組換プラスミド: pPPI4

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超分子 #3: BG505 T332N SOSIP.664 trimer

超分子名称: BG505 T332N SOSIP.664 trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.020 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Methylamine Tungstate
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 146 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18000
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5aco

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 12000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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