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- EMDB-7468: cryoEM structure of a respiratory membrane-bound hydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7468
タイトルcryoEM structure of a respiratory membrane-bound hydrogenase
マップデータcryoEM structure of a respiratory membrane-bound hydrogenase
試料
  • 複合体: Membrane-bound Hydrogenase (MBH) complex
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 2種
キーワードrespiratory / hydrogenase / ion translocation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / monoatomic ion transmembrane transporter activity / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / nickel cation binding ...ferredoxin hydrogenase / monoatomic ion transmembrane transporter activity / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inorganic cation transmembrane transport / monoatomic cation transmembrane transporter activity / antiporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / nickel cation binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / monoatomic ion transport / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / MrpA C-terminal/MbhE / : / : / MBH, subunit E / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G ...: / : / : / : / MrpA C-terminal/MbhE / : / : / MBH, subunit E / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / : / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) / MBH, subunit D / 4Fe-4S dicluster domain / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Monovalent cation/H+ antiporter subunit E / Monovalent cation/H+ antiporter subunit B / Hydrogenase / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit / Monovalent cation/H+ antiporter subunit G / Monovalent cation/H+ antiporter subunit D / Mbh13 NADH dehydrogenase subunit / Monovalent cation/H+ antiporter subunit F / Monovalent cation/H+ antiporter subunit C / MrpA C-terminal/MbhE domain-containing protein ...Monovalent cation/H+ antiporter subunit E / Monovalent cation/H+ antiporter subunit B / Hydrogenase / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit / Monovalent cation/H+ antiporter subunit G / Monovalent cation/H+ antiporter subunit D / Mbh13 NADH dehydrogenase subunit / Monovalent cation/H+ antiporter subunit F / Monovalent cation/H+ antiporter subunit C / MrpA C-terminal/MbhE domain-containing protein / Membrane-bound hydrogenase subunit alpha / Membrane-bound hydrogenase subunit beta / Probable membrane-bound hydrogenase subunit mbhJ / MrpA C-terminal/MbhD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌) / Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Li HL / Yu HJ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure of an Ancient Respiratory System.
著者: Hongjun Yu / Chang-Hao Wu / Gerrit J Schut / Dominik K Haja / Gongpu Zhao / John W Peters / Michael W W Adams / Huilin Li /
要旨: Hydrogen gas-evolving membrane-bound hydrogenase (MBH) and quinone-reducing complex I are homologous respiratory complexes with a common ancestor, but a structural basis for their evolutionary ...Hydrogen gas-evolving membrane-bound hydrogenase (MBH) and quinone-reducing complex I are homologous respiratory complexes with a common ancestor, but a structural basis for their evolutionary relationship is lacking. Here, we report the cryo-EM structure of a 14-subunit MBH from the hyperthermophile Pyrococcus furiosus. MBH contains a membrane-anchored hydrogenase module that is highly similar structurally to the quinone-binding Q-module of complex I while its membrane-embedded ion-translocation module can be divided into a H- and a Na-translocating unit. The H-translocating unit is rotated 180° in-membrane with respect to its counterpart in complex I, leading to distinctive architectures for the two respiratory systems despite their largely conserved proton-pumping mechanisms. The Na-translocating unit, absent in complex I, resembles that found in the Mrp H/Na antiporter and enables hydrogen gas evolution by MBH to establish a Na gradient for ATP synthesis near 100°C. MBH also provides insights into Mrp structure and evolution of MBH-based respiratory enzymes.
履歴
登録2018年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年5月23日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6cfw
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7468.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM structure of a respiratory membrane-bound hydrogenase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.64 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.64 Å		1.09 Å/pix.
x 280 pix.
= 304.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.048 / ムービー #1: 0.048
最小 - 最大-0.113098 - 0.41419628
平均 (標準偏差)0.00042001432 (±0.007947552)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 304.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0881.0881.088
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.640304.640304.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ242496
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1130.4140.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Membrane-bound Hydrogenase (MBH) complex

全体名称: Membrane-bound Hydrogenase (MBH) complex
要素
  • 複合体: Membrane-bound Hydrogenase (MBH) complex
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C
    • タンパク質・ペプチド: MBH subunit
    • タンパク質・ペプチド: MBH subunit
    • タンパク質・ペプチド: Mbh13 NADH dehydrogenase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E
    • タンパク質・ペプチド: MBH subunit
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G
    • タンパク質・ペプチド: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Probable membrane-bound hydrogenase subunit mbhJ
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-bound hydrogenase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-bound hydrogenase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni)

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超分子 #1: Membrane-bound Hydrogenase (MBH) complex

超分子名称: Membrane-bound Hydrogenase (MBH) complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)

+
分子 #1: Monovalent cation/H+ antiporter subunit D

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 55.016523 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列: MTWLPFIIII PLLGAFSMPI VSLLKGKAKE IWASMISFAT LIVGIQVFRE VWSKGTIVYT LGAPNPFGKA TFPIRIVWEV DKFGALMVL IVTFVSFLAV IYSIEYMKHD TGLEKFYTLI LILELGMLGI AITGDIFNFY VFLEIMSIAS YALVAFRNDT W EGIEAGIK ...文字列:
MTWLPFIIII PLLGAFSMPI VSLLKGKAKE IWASMISFAT LIVGIQVFRE VWSKGTIVYT LGAPNPFGKA TFPIRIVWEV DKFGALMVL IVTFVSFLAV IYSIEYMKHD TGLEKFYTLI LILELGMLGI AITGDIFNFY VFLEIMSIAS YALVAFRNDT W EGIEAGIK YMFAGSLASS FVLLGIALLY GQYGTLTMGY LAVKIAENPT IVAKVALALF IGGLLFKSGA APVHMWLADA HP AAPSSIS AMLSGLVIKI GGIYAIARIV FSIFSPTINL GTIGWIIIIF ACITLIVGNA MAVVQEDLKR LLAYSSVGQI GYI LLGLGI GMVAYGTRVG EIALAGAIYH TVNHALMKAL LFLVAGAVIH EIGTRNMNEL SGLAKTMPKT TFAFLIGAAA IVGL PPLNG FASKWLIYES SALFNPILGA IAVIGTVFCT AAYVRALFTF FGRPSEKVTN ARDPGIAMML PMIILVVTII VMGFF PWQI SDRIMVPTAR ALWDVIDYIS SLMGGG

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit D

+
分子 #2: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 12.784348 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MIAFQYLTAT IMILLGIYAL LYKRNLIKLV LALNLIDSGI HLLLISEGYR MENGIPPTAP IYTGYEGGAM VAPIPQALVL TSIVIGVCV LSLAIALTVN AYRHYGTLDV TKLRRLRG

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit C

+
分子 #3: MBH subunit

分子名称: MBH subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 10.423586 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MHISKKKGVR KMNLDMIIQF IVLGGIILSS VLMIVTRDLL VAVLASAAMS LLLSLEFYML HAPDVAIAEA AVGAGVVTAL VMYAISKTE RWEREAP

UniProtKB: MrpA C-terminal/MbhD domain-containing protein

+
分子 #4: MBH subunit

分子名称: MBH subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 13.055353 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MFGYWDPLYF IIVFIIGLIL AYLLNLWAKK SGMGTREVGE GTKIFISGED PEKVIPGFEH LEGYYTGRNT MWGLVNGVKK FFATLKNDH TGLLPDYVSY LLMTTAFILV ILLLRG

UniProtKB: Hydrogenase

+
分子 #5: Mbh13 NADH dehydrogenase subunit

分子名称: Mbh13 NADH dehydrogenase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 35.414543 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列: MKIVYGVIGL ILIYIYVSVV SLLFSGIDRK LVARMQRRIG PPILQPFYDF LKLMSKETII PKTANFMFKA APILMLATVI ALLAYTPLG FPPIFGTKGD IIVFIYLLTL ADFFLVVGVM SSGSPYGRIG AARGIALLVS REPAMMLGVF AVMWAISKLG V EKPFSLSS ...文字列:
MKIVYGVIGL ILIYIYVSVV SLLFSGIDRK LVARMQRRIG PPILQPFYDF LKLMSKETII PKTANFMFKA APILMLATVI ALLAYTPLG FPPIFGTKGD IIVFIYLLTL ADFFLVVGVM SSGSPYGRIG AARGIALLVS REPAMMLGVF AVMWAISKLG V EKPFSLSS LYEHTIWDFG PVAWVAGVVL IYVFMAWLAS EIEVGFFNIP EAEQEIAEGT LVEYSGRYLG IIKLAESIKE FI AASLVVA VLFPWQLNIP GVQGYLINLL LHTLKVFIVL LVSKTIFRTI TGRLKISQAV NLLWTRVFTA SVIGALLLAL GVM L

UniProtKB: Mbh13 NADH dehydrogenase subunit

+
分子 #6: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 15.531277 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MNEDMGVIVR TNARALIPFI GIFGAYIVTH GHLTPGGGFQ GGATIAGAGV LFLIAFGVKA AKEKINKNLY SALEGLGGLV FLGAAMLGL SVAFFYNILW HEGPIFNSSP GTLLSAGFLP IMNLGVGLKV FTGLVSALFA LSVFRRWKS

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit B

+
分子 #7: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 18.750781 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MSFITAFIWA YFLWLVLTAG SKGMLWSTQE LIAGLIFASI VGYSTRNIIG EKASRFLNPV KWILFVAYAP VLFWGMVKAN LDVAYRVIT GKIRPGIVRV PVELENDAQY TILSNSITLT PGTLTVEACP EEKALYVHWI NIPEGLEWPE NSEPVSGPFE K WARRLGA

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit E

+
分子 #8: MBH subunit

分子名称: MBH subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 11.14966 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MKRALGFLSL LVIFASLLVA LSPEYGIKFG VGGEDWLKYR YTDNYYIEHG IEEVGGTNIV TDIVFDYRGY DTLGEATVLF TAIAGAVAL LRPWRREENE

UniProtKB: MrpA C-terminal/MbhE domain-containing protein

+
分子 #9: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 13.521957 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MIAYYLIIAF LGISVTFNML GSIALHRFPD VYTRLHGATK CTTFGTIFAA LAVITHAIVK LQATGNPKYL QMAIHSFVAM LALLLTNPV GAHAIAKAAH KTGYLPKRAV VDAYLEKERG EKNES

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit G

+
分子 #10: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F

分子名称: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 9.063924 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MIFFYATLLI GIAGIITFIR LALGPTVPDR VVAVDTLNTL IVAIMLLLGA AYERAIYIDI AIVYALLSYV GTLVIAKYLQ GGLQ

UniProtKB: Monovalent cation/H+ antiporter subunit F

+
分子 #11: Probable membrane-bound hydrogenase subunit mbhJ

分子名称: Probable membrane-bound hydrogenase subunit mbhJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferredoxin hydrogenase
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 18.324152 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MTNNSERKRL EKRIAQLCKF IGRSPWVFHV NSGSCNGCDI EIIAALTPRY DAERFGVKLV GSPRHADILL VTGPVTNQSL ERVKLVYEQ TPDPKIVIAI GACPTGGSVF YESPFTNAPL DRIIPVDVFV PGCPPRPEAI LHGVVLALEK LAKMIKGEVP P EEGEENE

UniProtKB: Probable membrane-bound hydrogenase subunit mbhJ

+
分子 #12: Membrane-bound hydrogenase subunit beta

分子名称: Membrane-bound hydrogenase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferredoxin hydrogenase
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 20.213092 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MSKAEMVANK IKERFPNAEV VVKTNKWGRE RVWVRISREE YKELMKFIRE LDPEAHYSIG IEQDWGDELG FLNHILLFYD EPPGVSLLI DVHAPKDNPV LPDTSDIFPI SLQFEREGME MVGLDFEGAP DKRRLFLPDD FPEGIYPLRT DEKGVPEEMV K NAGHPYLL RREKK

UniProtKB: Membrane-bound hydrogenase subunit beta

+
分子 #13: Membrane-bound hydrogenase subunit alpha

分子名称: Membrane-bound hydrogenase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferredoxin hydrogenase
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 43.008723 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列: MKKVEYWVKI PFGPIHPGLE EPEKFIITLD GERIVNVDVK LGYNLRGVQW IGMRRNYVQI MYLAERMCGI CSFSHNHTYV RAVEEMAGI EVPERAEYIR VIVGELERIH SHLLNLGVVG HDIGYDTVLH LTWLARERVM DVLEAVSGNR VNYSMVTIGG V RRDIGEKQ ...文字列:
MKKVEYWVKI PFGPIHPGLE EPEKFIITLD GERIVNVDVK LGYNLRGVQW IGMRRNYVQI MYLAERMCGI CSFSHNHTYV RAVEEMAGI EVPERAEYIR VIVGELERIH SHLLNLGVVG HDIGYDTVLH LTWLARERVM DVLEAVSGNR VNYSMVTIGG V RRDIGEKQ KRLILDMIKY YREVLPQIED VFLHDSTIEA RLRDVAVVPK KLAIEMGAVG PTARGSGIKE DSRWSEQLGV YP DLGIKPV TPEDVTGEKA RGDVYDRMAV RIGELWMSLD LLEHALDQMP EGKIKTFPKD NILVAKLKLL GDGEGIGRYE APR GELVHY VRGQKGRDGP VRWKPREPTF PNLFTIAKAL EGNELADLVV AIASIDPCLS CTDR

UniProtKB: Membrane-bound hydrogenase subunit alpha

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分子 #14: NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit

分子名称: NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
分子量理論値: 15.707697 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
配列文字列:
MIRLPLLPTV IKNLFKKPAT NPFPKTEPVP VPEDFRGKLV YNVDKCVGCR MCVTVCPAGV FVYLPEIRKV TLWIGRCVMC KQCVDVCPT AALQMSDEFL LASYDKYDAK LIYLTPEEAE DIKKKLEEAN KAKAEKQASK

UniProtKB: NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit

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分子 #15: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #16: formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni)

分子名称: formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: NFU
分子量理論値: 195.591 Da
Chemical component information

ChemComp-NFU:
formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni)

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 131679
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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