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万見
- EMDB-7447: 3.6-angstrom resolution cryo-EM density map of the Alternative Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7447
タイトル3.6-angstrom resolution cryo-EM density map of the Alternative Complex III/ cyt c oxidase supercomplex from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
マップデータ3.6-angstrom map for the Alternative Complex III: cyt aa3 oxidase supercomplex from Flavobacterium johnsoniae
試料
  • 複合体: ACIII-cyt aa3 supercomplex
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Benlekbir S / Rubinstein JL
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the alternative complex III in a supercomplex with cytochrome oxidase.
著者: Chang Sun / Samir Benlekbir / Padmaja Venkatakrishnan / Yuhang Wang / Sangjin Hong / Jonathan Hosler / Emad Tajkhorshid / John L Rubinstein / Robert B Gennis /
要旨: Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII ...Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII catalyses the oxidation of membrane-bound quinol and the reduction of cytochrome c or an equivalent electron carrier. However, the two complexes have no structural similarity. Although ACIII has eluded structural characterization, several of its subunits are known to be homologous to members of the complex iron-sulfur molybdoenzyme (CISM) superfamily , including the proton pump polysulfide reductase. We isolated the ACIII from Flavobacterium johnsoniae with native lipids using styrene maleic acid copolymer, both as an independent enzyme and as a functional 1:1 supercomplex with an aa-type cytochrome c oxidase (cyt aa). We determined the structure of ACIII to 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and constructed an atomic model for its six subunits. The structure, which contains a [3Fe-4S] cluster, a [4Fe-4S] cluster and six haem c units, shows that ACIII uses known elements from other electron transport complexes arranged in a previously unknown manner. Modelling of the cyt aa component of the supercomplex revealed that it is structurally modified to facilitate association with ACIII, illustrating the importance of the supercomplex in this electron transport chain. The structure also resolves two of the subunits of ACIII that are anchored to the lipid bilayer with N-terminal triacylated cysteine residues, an important post-translational modification found in numerous prokaryotic membrane proteins that has not previously been observed structurally in a lipid bilayer.
履歴
登録2018年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2019年5月15日-
現状2019年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7447.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.6-angstrom map for the Alternative Complex III: cyt aa3 oxidase supercomplex from Flavobacterium johnsoniae
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35 / ムービー #1: 0.35
最小 - 最大-1.2674904 - 4.515275
平均 (標準偏差)0.0059953346 (±0.10049058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z281.600281.600281.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.2674.5150.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ACIII-cyt aa3 supercomplex

全体名称: ACIII-cyt aa3 supercomplex
要素
  • 複合体: ACIII-cyt aa3 supercomplex

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超分子 #1: ACIII-cyt aa3 supercomplex

超分子名称: ACIII-cyt aa3 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: Alternative complex III-- cytochrome aa3 oxidase supercomplex purified with styrene maleic acid copolymer
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2017 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3044
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 81530
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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