[日本語] English
万見
- EMDB-74009: Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms gove... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74009
タイトルVisualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of PriA, PriB, DnaT, and replication fork
    • タンパク質・ペプチド: Replication restart protein PriB
    • タンパク質・ペプチド: Replication restart protein DnaT
    • DNA: DNA (36-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Replication restart protein PriA
    • DNA: DNA (33-MER)
    • DNA: DNA (11-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA replication / helicase / oligomer / DNA repair / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / protein homotrimerization / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / replication fork processing ...pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / protein homotrimerization / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / replication fork processing / DNA replication initiation / helicase activity / response to gamma radiation / response to radiation / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal protein 1 / DnaT, DNA-binding domain / DnaT DNA-binding domain / Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / : / 3'DNA-binding domain (3'BD) ...Primosomal protein 1 / DnaT, DNA-binding domain / DnaT DNA-binding domain / Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / : / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N'-like, winged helix / Primosomal replication protein PriB / Another single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication restart protein PriB / Replication restart protein DnaT / Replication restart protein PriA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Duckworth AT / Keck JL / Grant T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM098885 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Visualization of the complete preprimosome reveals the structural mechanisms governing DNA replication restart.
著者: Peter L Ducos / Alexander T Duckworth / Kenneth A Satyshur / James L Keck / Timothy Grant /
要旨: Replication restart pathways reinitiate DNA replication processes following their premature termination. In Escherichia coli, this essential process begins with regulated assembly of the preprimosome ...Replication restart pathways reinitiate DNA replication processes following their premature termination. In Escherichia coli, this essential process begins with regulated assembly of the preprimosome complex, comprising the PriA, PriB, and DnaT proteins, onto an abandoned replication fork. Here, we present two distinct preprimosome structures. One represents an intermediate stage in preprimosome assembly with a single DnaT C-terminal domain (DnaT) bound to PriA/PriB/DNA. The second captures the mature preprimosome, in which filamentation of multiple DnaT molecules catalyzes the handoff of the single-stranded lagging-strand DNA from PriB to DnaT. The DnaT N-terminal domain forms a separate, independent oligomer in the mature structure. Taken together, our results detail the molecular mechanisms underlying replication restart initiation and regulation and suggest mechanistic similarities between DnaT and the canonical initiator protein DnaA.
履歴
登録2025年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月27日-
マップ公開2026年5月27日-
更新2026年5月27日-
現状2026年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_74009.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.09 Å/pix.
x 324 pix.
= 351.54 Å		1.09 Å/pix.
x 324 pix.
= 351.54 Å		1.09 Å/pix.
x 324 pix.
= 351.54 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.25
最小 - 最大-16.441582 - 36.831566000000002
平均 (標準偏差)0.000000000004083 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 351.54 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_74009_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_74009_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of PriA, PriB, DnaT, and replication fork

全体名称: Complex of PriA, PriB, DnaT, and replication fork
要素
  • 複合体: Complex of PriA, PriB, DnaT, and replication fork
    • タンパク質・ペプチド: Replication restart protein PriB
    • タンパク質・ペプチド: Replication restart protein DnaT
    • DNA: DNA (36-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Replication restart protein PriA
    • DNA: DNA (33-MER)
    • DNA: DNA (11-MER)
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: Complex of PriA, PriB, DnaT, and replication fork

超分子名称: Complex of PriA, PriB, DnaT, and replication fork / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4-#5, #1, #6, #2-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
分子 #1: DNA (36-MER)

分子名称: DNA (36-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.955024 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)

-
分子 #2: DNA (33-MER)

分子名称: DNA (33-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.22359 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)

-
分子 #3: DNA (11-MER)

分子名称: DNA (11-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.341171 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)

-
分子 #4: Replication restart protein PriB

分子名称: Replication restart protein PriB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.953695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
TNRLVLSGTV CRAPLRKVSP SGIPHCQFVL EHRSVQEEAG FHRQAWCQMP VIVSGHENQA ITHSITVGSR ITVQGFISCH KAKNGLSKM VLHAEQIELI

UniProtKB: Replication restart protein PriB

-
分子 #5: Replication restart protein DnaT

分子名称: Replication restart protein DnaT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 16.85115 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSSRVLTPDV VGIDALVHDH QTVLAKAEGG VVAVFANNAP AFYAVTPARL AELLALEEKL ARPGSDVALD DQLYQEPQAA PVAVPMGKF AMYPDWQPDA DFIRLAALWG VALREPVTTE ELASFIAYWQ AEGKVFHHVQ WQQKLARSLQ IGRAS

UniProtKB: Replication restart protein DnaT

-
分子 #6: Replication restart protein PriA

分子名称: Replication restart protein PriA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA 3'-5' helicase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 81.634617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: PVAHVALPVP LPRTFDYLLP EGMTVKAGCR VRVPFGKQQE RIGIVVSVSD ASELPLNELK AVVEVLDSEP VFTHSVWRLL LWAADYYHH PIGDVLFHAL PILLRQGRPA ANAPMWYWFA TEQGQAVDLN SLKRSPKQQQ ALAALRQGKI WRDQVATLEF N DAALQALR ...文字列:
PVAHVALPVP LPRTFDYLLP EGMTVKAGCR VRVPFGKQQE RIGIVVSVSD ASELPLNELK AVVEVLDSEP VFTHSVWRLL LWAADYYHH PIGDVLFHAL PILLRQGRPA ANAPMWYWFA TEQGQAVDLN SLKRSPKQQQ ALAALRQGKI WRDQVATLEF N DAALQALR KKGLCDLASE TPEFSDWRTN YAVSGERLRL NTEQATAVGA IHSAADTFSA WLLAGVTGSG KTEVYLSVLE NV LAQGKQA LVMVPEIGLT PQTIARFRER FNAPVEVLHS GLNDSERLSA WLKAKNGEAA IVIGTRSALF TPFKNLGVIV IDE EHDSSY KQQEGWRYHA RDLAVYRAHS EQIPIILGSA TPALETLCNV QQKKYRLLRL TRRAGNARPA IQHVLDLKGQ KVQA GLAPA LITRMRQHLQ ADNQVILFLN RRGFAPALLC HDCGWIAECP RCDHYYTLHQ AQHHLRCHHC DSQRPVPRQC PSCGS THLV PVGLGTEQLE QTLAPLFPGV PISRIDRDTT SRKGALEQQL AEVHRGGARI LIGTQMLAKG HHFPDVTLVA LLDVDG ALF SADFRSAERF AQLYTQVAGR AGRAGKQGEV VLQTHHPEHP LLQTLLYKGY DAFAEQALAE RRMMQLPPWT SHVIVRA ED HNNQHAPLFL QQLRNLILSS PLADEKLWVL GPVPALAPKR GGRWRWQILL QHPSRVRLQH IINGTLALIN TIPDSRKV K WVLDVDPIEG

UniProtKB: Replication restart protein PriA

-
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 1988 / #0 - 平均電子線量: 100.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 1999 / #1 - 平均電子線量: 100.0 e/Å2 / #1 - 詳細: 20 degree tilt
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 2200000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cisTEM / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cisTEM ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 212000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る