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- EMDB-73998: 1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme - extended ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73998
タイトル1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme - extended conformation
マップデータUnsharpened full map
試料
  • 複合体: L21-ScaI Tetrahymena ribozyme transcribed with 1-methyl-pseudouridine
    • RNA: 1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme
キーワードRNA / Tetrahymena ribozyme / m1Y / 1-methyl-pseudouridine / modified base
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者McRae EKS / Yang H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR230015 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Base modifications reshape RNA folding landscapes and structure function relationships in synthetic and natural RNAs
著者: Kumar DY / Yang H / Lee S / McRae EKS
履歴
登録2025年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.84 Å/pix.
x 162 pix.
= 298.08 Å		1.84 Å/pix.
x 162 pix.
= 298.08 Å		1.84 Å/pix.
x 162 pix.
= 298.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.053781256 - 0.34428602
平均 (標準偏差)0.0010709701 (±0.016212987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ162162162
Spacing162162162
セルA=B=C: 298.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map

ファイルemd_73998_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_73998_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_73998_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : L21-ScaI Tetrahymena ribozyme transcribed with 1-methyl-pseudouridine

全体名称: L21-ScaI Tetrahymena ribozyme transcribed with 1-methyl-pseudouridine
要素
  • 複合体: L21-ScaI Tetrahymena ribozyme transcribed with 1-methyl-pseudouridine
    • RNA: 1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme

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超分子 #1: L21-ScaI Tetrahymena ribozyme transcribed with 1-methyl-pseudouridine

超分子名称: L21-ScaI Tetrahymena ribozyme transcribed with 1-methyl-pseudouridine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 125 KDa

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分子 #1: 1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme

分子名称: 1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 126.457586 KDa
配列文字列: GGAGGGAAAA G(B8H)(B8H)A(B8H)CAGGC A(B8H)GCACC(B8H)GG (B8H)AGC(B8H)AG(B8H)C(B8H) (B8H)(B8H)AAACCAA (B8H)AGA(B8H)(B8H)GCA(B8H) CGG(B8H)(B8H)(B8H)AAAA GGCAAGACCG (B8H) CAAA(B8H)(B8H)GC ...文字列:
GGAGGGAAAA G(B8H)(B8H)A(B8H)CAGGC A(B8H)GCACC(B8H)GG (B8H)AGC(B8H)AG(B8H)C(B8H) (B8H)(B8H)AAACCAA (B8H)AGA(B8H)(B8H)GCA(B8H) CGG(B8H)(B8H)(B8H)AAAA GGCAAGACCG (B8H) CAAA(B8H)(B8H)GC GGGAAAGGGG (B8H)CAACAGCCG (B8H)(B8H)CAG(B8H)ACCA AG(B8H)C(B8H)CAGGG GAAAC(B8H)(B8H)(B8H)G AGA(B8H)GGCC(B8H)(B8H) GCAAAGGG(B8H)A (B8H)GG(B8H)AA(B8H)AAG C (B8H)GACGGAC A(B8H)GG(B8H)CC(B8H)AA CCACGCAGCC AAG(B8H)CC(B8H)AAG (B8H)CAACAGA(B8H)C (B8H)(B8H)C(B8H)G(B8H)(B8H)GA (B8H)A(B8H)GGA(B8H)GCA G(B8H)(B8H)CACAGAC (B8H)AAA (B8H)G(B8H)CG G(B8H)CGGGGAAG A(B8H)G(B8H)A(B8H)(B8H)C(B8H)(B8H) C(B8H)CA(B8H)AAGA (B8H)A(B8H)AG(B8H)CGGA CC(B8H)C(B8H)CC(B8H)(B8H)A A(B8H)GGGAGC(B8H)A GCGGA(B8H)GAAG (B8H)GA(B8H)GCAAC AC(B8H)GGAGCCG C(B8H)GGGAAC(B8H)A A(B8H)(B8H)(B8H)G(B8H)A(B8H)GC G AAAG(B8H)A(B8H)A (B8H)(B8H)GA(B8H)(B8H)AG(B8H)(B8H) (B8H)(B8H)GGAG

GENBANK: GENBANK: X54512.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: SEC purified in 50mM HEPES pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Sample was transcribed in vitro with 1-methyl-pseudouridine triphosphate in place of UTP. Purified by size exclusion chromatography and refolded by heat denaturation and cooling to room temperature prior to the addition of 10mM MgCl2

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 599317 / 詳細: Blob picking on denoised micrographs
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 60417
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 250000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7xsn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: geometry minimization
得られたモデル

PDB-9zbr:
1-methyl-pseudouridine L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme - extended conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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