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万見
- EMDB-7317: P22 gp26minus asymmetric reconstruction C12 symmetry along Z-axis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7317
タイトルP22 gp26minus asymmetric reconstruction C12 symmetry along Z-axis
マップデータBacteriophage P22 asymmetric reconstruction 12-fold symmetry along Z-axis
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者McNulty R / Johnson JE
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Elucidation of the Structure of Bacteriophage P22 Virions after Genome Release.
著者: Reginald McNulty / Giovanni Cardone / Eddie B Gilcrease / Timothy S Baker / Sherwood R Casjens / John E Johnson /
要旨: Genome ejection proteins are required to facilitate transport of bacteriophage P22 double-stranded DNA safely through membranes of Salmonella. The structures and locations of all proteins in the ...Genome ejection proteins are required to facilitate transport of bacteriophage P22 double-stranded DNA safely through membranes of Salmonella. The structures and locations of all proteins in the context of the mature virion are known, with the exception of three ejection proteins. Furthermore, the changes that occur to the proteins residing in the mature virion upon DNA release are not fully understood. We used cryogenic electron microscopy to obtain what is, to our knowledge, the first asymmetric reconstruction of mature bacteriophage P22 after double-stranded DNA has been extruded from the capsid-a state representative of one step during viral infection. Results of icosahedral and asymmetric reconstructions at estimated resolutions of 7.8 and 12.5 Å resolutions, respectively, are presented. The reconstruction shows tube-like protein density extending from the center of the tail assembly. The portal protein does not revert to the more contracted, procapsid state, but instead maintains an extended and splayed barrel structure. These structural details contribute to our understanding of the molecular mechanism of P22 phage infection and also set the foundation for future exploitation serving engineering purposes.
履歴
登録2017年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月24日-
マップ公開2018年4月18日-
更新2018年4月18日-
現状2018年4月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7317.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage P22 asymmetric reconstruction 12-fold symmetry along Z-axis
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.58 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.28 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-109.457790000000003 - 76.274154999999993
平均 (標準偏差)0.005912567 (±5.901588)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-400-400-400
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 1264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.581.581.58
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1264.0001264.0001264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-400-400-400
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-109.45876.2740.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage P22

全体名称: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)

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超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2xyz


詳細: Low pass-filtered to 50 angstroms
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: Auto3DEM (ver. 4.05.2), EMAN2 (ver. 2.2))
使用した粒子像数: 1935
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.2)

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2xyz


詳細: low pass-filtered to 50 angstroms
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1935
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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画像解析 #3

Image processing ID3
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2xyz

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: Auto3DEM (ver. 4.05.2), EMAN2 (ver. 2.2))
使用した粒子像数: 1935
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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