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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7272 | |||||||||||||||
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タイトル | Single-Molecule 3D Image of DNA Origami Bennett Linkage by Individual Particle Electron Tomography (No. 074) | |||||||||||||||
![]() | Origami Bennett Linkage (No. 074) | |||||||||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 94.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Lei D / Marras A / Liu J / Huang C / Zhou L / Castro C / Su H / Ren G | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structural dynamics of DNA origami Bennett linkages using individual-particle electron tomography. 著者: Dongsheng Lei / Alexander E Marras / Jianfang Liu / Chao-Min Huang / Lifeng Zhou / Carlos E Castro / Hai-Jun Su / Gang Ren / ![]() 要旨: Scaffolded DNA origami has proven to be a powerful and efficient technique to fabricate functional nanomachines by programming the folding of a single-stranded DNA template strand into three- ...Scaffolded DNA origami has proven to be a powerful and efficient technique to fabricate functional nanomachines by programming the folding of a single-stranded DNA template strand into three-dimensional (3D) nanostructures, designed to be precisely motion-controlled. Although two-dimensional (2D) imaging of DNA nanomachines using transmission electron microscopy and atomic force microscopy suggested these nanomachines are dynamic in 3D, geometric analysis based on 2D imaging was insufficient to uncover the exact motion in 3D. Here we use the individual-particle electron tomography method and reconstruct 129 density maps from 129 individual DNA origami Bennett linkage mechanisms at ~ 6-14 nm resolution. The statistical analyses of these conformations lead to understanding the 3D structural dynamics of Bennett linkage mechanisms. Moreover, our effort provides experimental verification of a theoretical kinematics model of DNA origami, which can be used as feedback to improve the design and control of motion via optimized DNA sequences and routing. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 24.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 17.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7155C ![]() 7156C ![]() 7157C ![]() 7158C ![]() 7159C ![]() 7160C ![]() 7161C ![]() 7162C ![]() 7163C ![]() 7164C ![]() 7165C ![]() 7166C ![]() 7167C ![]() 7168C ![]() 7169C ![]() 7170C ![]() 7171C ![]() 7172C ![]() 7173C ![]() 7174C ![]() 7175C ![]() 7176C ![]() 7177C ![]() 7178C ![]() 7179C ![]() 7180C ![]() 7181C ![]() 7182C ![]() 7183C ![]() 7184C ![]() 7185C ![]() 7186C ![]() 7187C ![]() 7188C ![]() 7189C ![]() 7190C ![]() 7191C ![]() 7192C ![]() 7193C ![]() 7194C ![]() 7195C ![]() 7196C ![]() 7197C ![]() 7198C ![]() 7199C ![]() 7200C ![]() 7201C ![]() 7202C ![]() 7203C ![]() 7204C ![]() 7205C ![]() 7206C ![]() 7207C ![]() 7208C ![]() 7209C ![]() 7210C ![]() 7211C ![]() 7212C ![]() 7213C ![]() 7214C ![]() 7215C ![]() 7216C ![]() 7217C ![]() 7218C ![]() 7219C ![]() 7220C ![]() 7221C ![]() 7222C ![]() 7223C ![]() 7224C ![]() 7225C ![]() 7226C ![]() 7227C ![]() 7228C ![]() 7229C ![]() 7230C ![]() 7231C ![]() 7232C ![]() 7233C ![]() 7234C ![]() 7235C ![]() 7236C ![]() 7237C ![]() 7238C ![]() 7239C ![]() 7240C ![]() 7241C ![]() 7242C ![]() 7243C ![]() 7244C ![]() 7245C ![]() 7246C ![]() 7247C ![]() 7248C ![]() 7249C ![]() 7250C ![]() 7251C ![]() 7252C ![]() 7253C ![]() 7254C ![]() 7255C ![]() 7256C ![]() 7257C ![]() 7258C ![]() 7259C ![]() 7260C ![]() 7261C ![]() 7262C ![]() 7263C ![]() 7264C ![]() 7265C ![]() 7266C ![]() 7267C ![]() 7268C ![]() 7269C ![]() 7270C ![]() 7271C ![]() 7273C ![]() 7274C ![]() 7275C ![]() 7276C ![]() 7277C ![]() 7278C ![]() 7279C ![]() 7280C ![]() 7281C ![]() 7282C ![]() 7283C ![]() 7284C ![]() 7285C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Origami Bennett Linkage (No. 074) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : DNA origami Bennett linkage
全体 | 名称: DNA origami Bennett linkage |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA origami Bennett linkage
超分子 | 名称: DNA origami Bennett linkage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: M13 phage genome segment
超分子 | 名称: M13 phage genome segment / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Synthetic DNA oligonucleotides
超分子 | 名称: Synthetic DNA oligonucleotides / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer containing 11 mM MgCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate 詳細: The grid was washed twice with 1% (w/v) uranyl formate. |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | DNA origami Bennett linkage was diluted to ~2 nM with Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer containing 11 mM MgCl2. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 1.72 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN CT3500 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |