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- EMDB-72715: Cryo-EM structure of conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72715
タイトルCryo-EM structure of conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
マップデータ
試料
  • 複合体: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 3種
キーワードTubulin / Microtubule / Microtubule Inner Protein / Microtubule-associated Protein / Toxoplasma gondii / conoid / conoid fiber / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / mitotic chromosome condensation / microtubule polymerization / microtubule-based process / condensed chromosome / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule ...condensin complex / mitotic chromosome condensation / microtubule polymerization / microtubule-based process / condensed chromosome / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / intracellular signal transduction / hydrolase activity / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
P25-alpha / p25-alpha / Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Doublecortin / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain ...P25-alpha / p25-alpha / Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Doublecortin / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
EF hand protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Microtubule associated protein SPM1 / Ankyrin repeat-containing protein / Spindle assembly abnormal protein 6 N-terminal domain-containing protein / Doublecortin domain-containing protein / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Bax inhibitor 1, related protein ...EF hand protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Microtubule associated protein SPM1 / Ankyrin repeat-containing protein / Spindle assembly abnormal protein 6 N-terminal domain-containing protein / Doublecortin domain-containing protein / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Bax inhibitor 1, related protein / CRAL/TRIO domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Zeng J / Zhang R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI179885 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic models of the conoid, the cell invasion machinery of the human parasite Toxoplasma gondii
著者: Zeng J / Fu Y / Qian P / Sibley LD / Zhang R
履歴
登録2025年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72715.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 512 pix.
= 686.08 Å		1.34 Å/pix.
x 512 pix.
= 686.08 Å		1.34 Å/pix.
x 512 pix.
= 686.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.058786124 - 2.3520274
平均 (標準偏差)0.0059199724 (±0.05609674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 686.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72715_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_72715_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_72715_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)

全体名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
要素
  • 複合体: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)
    • タンパク質・ペプチド: CF2, TGME49_258090
    • タンパク質・ペプチド: CF1, TGME49_222350
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Spindle assembly abnormal protein 6 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: CIP3, TGME49_225020
    • タンパク質・ペプチド: CF6, TGME49_245640
    • タンパク質・ペプチド: CF4, TGME49_246720
    • タンパク質・ペプチド: CF3, TGME49_255895
    • タンパク質・ペプチド: CPH1, TGME49_266630
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule associated protein SPM1
    • タンパク質・ペプチド: PRP, TGME49_291880
    • タンパク質・ペプチド: CF5, TGME49_297180
    • タンパク質・ペプチド: DCX, TGME49_256030
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat)

超分子名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
分子 #1: CF2, TGME49_258090

分子名称: CF2, TGME49_258090 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 54 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 106.251133 KDa
配列文字列: MATKQMLPGE GADRSSRPGT RSVARSRGTS PSSAPRLGIS QELTALGSQL QALDRRQQLL FDPSVFPEDS RLAVSFPPFT RKVEDAAEA PHGAVKLRNP HRDGLDRVLG DLSKPVDLGV SLPAELQRDS FAQNDPPGRL PPALKHTSLR KLDEDAVSKF H VGVRQSAR ...文字列:
MATKQMLPGE GADRSSRPGT RSVARSRGTS PSSAPRLGIS QELTALGSQL QALDRRQQLL FDPSVFPEDS RLAVSFPPFT RKVEDAAEA PHGAVKLRNP HRDGLDRVLG DLSKPVDLGV SLPAELQRDS FAQNDPPGRL PPALKHTSLR KLDEDAVSKF H VGVRQSAR PVSYADALER TRREEDRQEK GAVRFAAATA AVAAAASAVG ADADEIDCVV TVEEQAPPVC VSQGETNGGK SS GPGPGEL RAEQAAAGST VKMPADVYSA PGGAWRAAAR APSPEALAEP KVYSHSQWVD ERRGEGGAPP GQFPFPRGLT EMQ ERMEEE WIDRERRLRA DHKREMERAV AHASEKLSRE YSRRLVFELQ EQEKALLAQM HERHRQALAE IRCISESKTD AEEE TQRFQ REASAKEHQL QKVLHETRLI ESEREALAAK VQHLEAENAS LHASLTPLEK QACSQRAKEE DLQLRLERLK ASNDR LQIQ LQHEQQLAAN FAQKRRGLER EVEVLDEKRA VAEREWKRVA AELRELQERQ AGLCASNAHL QNELDNAIRH GRNLEQ RID EDRSKDDERQ KLSQRLEKLQ EEKETTERRQ ADEIASLRNR IKHLDAVTFQ LRTMRQDFES QQLEVKRLRD ENATLLA EM RHQNKGDHAM KLDQQALQND LITVKQENAD LRKEMNRLIK ERNFAASGGS LPPYTPPRPN SFSTTPSPDN PLAMQLYS S EHSRGCGNAC SGGGRQADPM MTEHDASVCP SLTGPLNRRC FTSDGRPRCV EDLSIPSPLS REACASPALR AQQLAVRCS TSINPVGRST RPPPSVGAAS NPLQHVHCPS AASRLGTEGD HPSYMYDGYR GDSRKATALG ALAEDIPARG LAPAISLPVT AETPEQVAS LESQLLLLAT ERRRIESELS KIPSARGRTA RERQQMQHLE SRLVEVDGTT HRIKQILFQA QRRKN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: CF1, TGME49_222350

分子名称: CF1, TGME49_222350 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 47.976344 KDa
配列文字列: MQPLAREVSR LPRSGPLGPV AAKKDDKTFI PTNVRVSPGE KNDRVVKTEK IDDSTDGSGS HDGPRNLETQ LEALTREVRE LTLRVQEEK EMKELLNSQL NDAYEELADA RSEHRVRGFA GASGARLRGV RGLPAFEARW MEPEHPTAQT AIRSQQEFEL L LQEERARR ...文字列:
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UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 63 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 50.166645 KDa
配列文字列: MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFLDL EPTVVDEVRT GTYRHLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLSL DRIRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLSV D YGKKSKLN ...文字列:
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UniProtKB: Tubulin alpha chain

+
分子 #4: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 57 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 50.119121 KDa
配列文字列: MREIVHVQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYCGDS DLQLERINVF YNEATGGRFV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS ...文字列:
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UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #5: Spindle assembly abnormal protein 6 N-terminal domain-containing ...

分子名称: Spindle assembly abnormal protein 6 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 41 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 29.529971 KDa
配列文字列: MATNFGFGGG ASGCTDSVNF LAQVDTSAID EMDPSLADGH TLVYSREVPF EIRLQETGSS LPGDVGRLEP IRVKILILGE ETNPQHVRV ELTSENDLFL NYTHALNEDL FRQMQERQKL MIEFGDYPSV LIKMLNSCIK EPHCFLAVLI MHTNGKARLD F IQSMEYKF ...文字列:
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UniProtKB: Spindle assembly abnormal protein 6 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #6: CIP3, TGME49_225020

分子名称: CIP3, TGME49_225020 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 114.592602 KDa
配列文字列: MATQLGRSAP LSECEFLVAS GRARAPGDPS RRSVSQPSRR NGSFREGLGP RSHDRELVGH PDIDKFRSTA GPQTSRARSA RAAQPETLP RFYRPSSRMA AAKNETSREL RGKPPRPTST LKYVGCPPTE PRLRPKRTST GLEERMLKSG GYGVRIHWDE Y AGYHVHAS ...文字列:
MATQLGRSAP LSECEFLVAS GRARAPGDPS RRSVSQPSRR NGSFREGLGP RSHDRELVGH PDIDKFRSTA GPQTSRARSA RAAQPETLP RFYRPSSRMA AAKNETSREL RGKPPRPTST LKYVGCPPTE PRLRPKRTST GLEERMLKSG GYGVRIHWDE Y AGYHVHAS APEVDLMHAD QVLMVRDSPT HSRESDKDAA GSPPGGLSAS LSPGRKATKK AGPVHCGVSR QCIPVYQFAP TL CEKSREI IDVYRKERVA HLWKKVDARR EGVVDLFQLA SRAPSRKTSK LRSSGMDAKS PDDTVLSSVE ERFVQACVMQ FVQ IAVSRT SAQLVKDGAT LGPHFDDSLR FTTAGAQGSE NPPVVVPTEQ AVFPHPHARD PMREGLQPDA EAEGAKIERE NATA IQAAK RLARQHNQVI MLNVDANLGA DASATPALFV PRKKFESVAL EALAHEFGNP DIDVFRDRVM CECRKLVEKV NPEEA QRFF KPYILEYSRK LDARRRRAKA QEREESGRRA ASLSADGYGP QGKFPTVGLR RVENRFDEQI EHYLRKKQQL HHLKEA LDE MREGQFCTFH PAVNPYPKYL KQAFRLRRSP DDPLVILERF CEQYTEDREY PRLVEAIREC TFQPNIHKFV AKEKQLQ AT GVEVSQEKEK GITVPGKRIK EAHKQTTEDK PAAMESRVDH LFQSIERPFD HIFAADINQW LETDANLYSS QEDGAEKR K KQRWKRWEVE GRAPQYRGAL KDRSQRALLT QDGGEVVVQL VEETEERAPV VLPRHRTTPY NDWVNGLRGG YLPNVMDFQ KGPTEKGDRK KAERFNMRDW SRHIRLSERE VETRIIPNEE IIDAVCESEL PSAAPPPPTI WVRRRRWEPA PERGPDAPTF TEAHFHTGS DRQTDRLLPA GKPAALTQQQ AKEYKNRFAS SVDPTTFVVP TPLKLDRLRQ QYRLYMQLRN GIETGEIRTP P KVVTLRRD VLTDLEKEVK REPPTLVLAE TRDAFASDTV ETDNSVDGYV CE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: CF6, TGME49_245640

分子名称: CF6, TGME49_245640 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 46.600648 KDa
配列文字列: MNQSTIVATS VVAPQSAVSL SRAPSRPGPS ESFGKQQESR PGVSGAGLAE SKRVPSLTQP SLERSVTISR RKIDAVGMSL VPKLDRTTT SLAAKEEKFS SIDKIVSKPT HSFGESSKLP AGIMKTKSMF PSQTLSAPWN APARCARKDD FGTKAWIEKL Q RETTDTSQ ...文字列:
MNQSTIVATS VVAPQSAVSL SRAPSRPGPS ESFGKQQESR PGVSGAGLAE SKRVPSLTQP SLERSVTISR RKIDAVGMSL VPKLDRTTT SLAAKEEKFS SIDKIVSKPT HSFGESSKLP AGIMKTKSMF PSQTLSAPWN APARCARKDD FGTKAWIEKL Q RETTDTSQ PPLERQKSQR LAQTEPVQKL KTSWLEPPQE VESGHGVAEG DDLSVAAAEY HVPETEDGKL SFKPSDPRVW NR EWIHRRI HNPVLSRSNR ERCAFTQSND WLVFALHHQY VRPLRSTDWL PGEACISQRD SFQLPPGAAK YTSSSLAIPQ TSW EPFIFP NPPRPFLLRN KTFNSSARTW IPSRKVKAGL VGGGTEHACN LTQHEWLDLE RMLWFDSEPR LEQPYRLYAD SKTC IKGSV LDIGHMMRIG W

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: CF4, TGME49_246720

分子名称: CF4, TGME49_246720 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 56.022809 KDa
配列文字列: MVARVVEQDV ARGSGRDTLA RESDEAHPPQ FSLSNPHFLT AVCEELKRRD KPVTGLTTAE RFNAALADMG VRYGTPEADM IMRYCQVTE DGYVIFKELM LATRQLSNVS EDHVTESLSS ATQREQDRLV PLPNTSARDR DSEQGEIRDE RCVYTPELTD A IRRLYAQW ...文字列:
MVARVVEQDV ARGSGRDTLA RESDEAHPPQ FSLSNPHFLT AVCEELKRRD KPVTGLTTAE RFNAALADMG VRYGTPEADM IMRYCQVTE DGYVIFKELM LATRQLSNVS EDHVTESLSS ATQREQDRLV PLPNTSARDR DSEQGEIRDE RCVYTPELTD A IRRLYAQW DRSCLRDWQF KESLQRLGVC VTPEFERLLS TYGPSGCVSF SQVMQTLMMS DSGFLASSSL RRSRNRSAAD IP LPPVADR LPFYEPRRNP VTWSPPQPLK GLPVNPQDVL QHALKLPLAA DLDLDRRVGS EVGDTEGGDG CSLADKFRLL KKL VALYLS ERLSATQFRK ELVEADVPIT PELDTLIRAH EADNSGQFTP FAVAVFRAAE ETEIFLKEVR RASANTEAEA HSTR DTPYI VVDKLTQVDV PSTFPAQVEE EEDLKASARH MLEAGVKYPT EKEAFVGESK LGDIPKGNYI PSDYGMSQHA TLALA NRAA AHHAYHGHGN IITWGKSC

UniProtKB: EF hand protein

+
分子 #9: CF3, TGME49_255895

分子名称: CF3, TGME49_255895 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 62.988641 KDa
配列文字列: MTTASAIIGP SGGRDALMAR QLYPNFFKTR AGDPPERGAT RKDLRASMMD RKSILYPIPY LESEASRATW TQRATRGVPH LSTFSLAHA EPGGDIERDE IRETVASLLE VQPSGAQPLS VVYKRHDLEP LPPSISFRPH HNLADPVYYD MPPSPPYPAP P LLLKEQRR ...文字列:
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UniProtKB: Bax inhibitor 1, related protein

+
分子 #10: CPH1, TGME49_266630

分子名称: CPH1, TGME49_266630 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 28 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 67.410492 KDa
配列文字列: MSRAYADLVV SRKAKAPPFS VDNNDGRPKR PNRVWFDRDR AKACNDMRRE YPLHYYISSY DVYAFLATLR QGADPAKRDA AGRTPLDLA VQMAVELIET SLCTSFPIDN IDVTPAATLK PAKDSPPESR PETFTNPFRV KYRDANASMY VQHDIMRYRC A DSDVYKSC ...文字列:
MSRAYADLVV SRKAKAPPFS VDNNDGRPKR PNRVWFDRDR AKACNDMRRE YPLHYYISSY DVYAFLATLR QGADPAKRDA AGRTPLDLA VQMAVELIET SLCTSFPIDN IDVTPAATLK PAKDSPPESR PETFTNPFRV KYRDANASMY VQHDIMRYRC A DSDVYKSC REPPFPLPSD GHDGAERTYQ VATFPPQEFR IKNGDSEDFF RDQQRARRTQ SPSFPLPRGD VSRYYAAAHN LR PQQFAYA YDANGKPMSW SRLQREQVQL EQEHLQGEFL VAVEQFLERP PSKAAMSQMR ELIRRLNLMM VIIKKYELCL PLK REAAEK AKAYIGTALT YPYLYTASMY EAFKRYPRTP AGQAWDALNP ADSRRLVLII LSLKMHGHEL FSFMGTVCRL FNSL MEQLG LCDDRCGTGG HWCKLGSECS QFYLHMAFSL DDAQLFQKFI TQQQLFDKQD IFKWEDLLYT LMQHRERFRP YFAAL LARR LKARVQKRLM NSADQQAYLP ETVKYPCEER YFTRQLLGEY SEIFGESEAE EFNSMLRHWR YGAARQAPGT GSEEDN ILP APLPPVSESP AADFWSLRD

UniProtKB: Ankyrin repeat-containing protein

+
分子 #11: Microtubule associated protein SPM1

分子名称: Microtubule associated protein SPM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 38.84575 KDa
配列文字列: MSGGNSNTPK KLPSEEGSDY GYPQKPQKYL PKSEQAEPDY SACCKGNDAY KGASHGTVQF SHPEEAQKYA GAAAGAETIQ RGRERVAAD RQPRAAGDVP ARRLHLSDVD EAHRGQSPSR HPGYCVEELC TCGMHKCIPS RAPVPFTGST QYRQEFVPKP L PPPTQVSQ ...文字列:
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UniProtKB: Microtubule associated protein SPM1

+
分子 #12: PRP, TGME49_291880

分子名称: PRP, TGME49_291880 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 35 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 80.452414 KDa
配列文字列: MLARGDDELC SSFYRSANKH IRGVGGEPPA SSRADLRRYM PGYTAPPSLN AYKAWHVNSA TLRRENDRLK AENKNIERDF DRLYQRAYI AEVQLNNLKA AASKIPLGGA NYSVTQLVKL AANLLELLTK QPEQTCVSVI PDALACLSMC HVRDRRLFAA G EKLKRTLQ ...文字列:
MLARGDDELC SSFYRSANKH IRGVGGEPPA SSRADLRRYM PGYTAPPSLN AYKAWHVNSA TLRRENDRLK AENKNIERDF DRLYQRAYI AEVQLNNLKA AASKIPLGGA NYSVTQLVKL AANLLELLTK QPEQTCVSVI PDALACLSMC HVRDRRLFAA G EKLKRTLQ CPSGASGYNG NESKTRPIGR PAGEVAPDLK WLATVSDDLS WLKWADQWDV LPMDLRWISI AVDDRSLLLH RF LWTRAPV DLRYLTVVSG NMDWLYIGPD RWYSTPMQLR LRAIALEDPT IIKPTMAEAA LYGLEREKIA NTLIPDADLP NLP SPHAPE EDLDLTLRIS LSPADIAVCE NNGGIASSAK AGASTGTPGM PTPGSKVGQA KETSASSKVG MAKTVPSPLS KTAP PLKAD PSEPVPTKVG GGSVGGPKAT PSPSKAGPPP KDSDKPGGVA KKASPTPPSK AEGVAASGSG DAPEEPKSVK GAPLG KKGP GPLGVKGGSP LPPPGDAKGK ASPESATAKG PAELPKGPAG AAKAAVPGKA APVGPGKGPA APLGKKAPGE PVGKPK AEM KKSSPPVGEP KAEVKKSPPP PSGSPKAESK KSPSPPLGEP KADVKKSPPP PLGGPKAEMK KSPPGASPAA PKADSST PA APTGATPPKA KLGAPPGKAP TAGTAEGKEA APAKKGPLPA KGAEPLGKKG PPPVAKAEDT TKPPPPTAGQ NDDADGAG V SAKKQSPLGK GPPPKKGPLL GKKIPPAPDA RDAKADDASP AKKGPPKGLP KGKAPPKGKG FL

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #13: CF5, TGME49_297180

分子名称: CF5, TGME49_297180 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 97.829719 KDa
配列文字列: MSRERLGPSR LGRHTPAAAS ARGDPRLLVE AETPTDRGRI VKASLHTQGD VEFLEGRLRD KVCVDKWVTV QERASPAEGK RESEGKRES EGRRESPRMT STSAGLEPAE AWREDIFGKE ERYDMARFDE EDASAEDAVR TAPRPSPQRQ FQVRHKVTVE G VVPTSASV ...文字列:
MSRERLGPSR LGRHTPAAAS ARGDPRLLVE AETPTDRGRI VKASLHTQGD VEFLEGRLRD KVCVDKWVTV QERASPAEGK RESEGKRES EGRRESPRMT STSAGLEPAE AWREDIFGKE ERYDMARFDE EDASAEDAVR TAPRPSPQRQ FQVRHKVTVE G VVPTSASV RMQRRLAQRR GKRFFSTDEG LYWQKLQRSK PQKSREDALK FVATFMQEGE LLVNSVSMEE DPSVRLRRLA AL RLLRNSP ADRVPGSISG RLLIPYDHAD VRELLRVSSF CSGEAWRVLE EIRRLLVLRK GRLFLASDRN ATASRHCLAF LAS LKKNLE AAARNLVRQG RLRRPSARLQ QSEGRKRAPT LDRDEAWERR EGLVREIRRT LSLAAAYSTK GKKQPVVYIQ LAAL KPSIV ADFLTPAEVA VILTEVFQNL WTKFVEYSLR RRVRVSTAAL VLDFSGLTEF ELASSASHFL LSSLRDVVRA FAPLL IKKI IFYNSAKAGE FLWEALRPGV EHSCFFSFCS SEEDLETEIE SERTMVYHTT GLANDMSLIA HRCPLYALYG PPLPPP DSL FPLRAPGFLP ASAPASALQK SPLSRPKAGA FRQLFALLGA ARVRLVPTAE DAETGGSNLP RAPFFRTAGE SRERENA GL ARGGEEDEET ETLRRGDEEI QKTCREEEAK FWRGMNCFHD LVVEAARAKR IAERERQADV VESARQTRPA EAKPDEAD E DAEELDLDSV DVIDPDANLG PSEESLECAA AAVAQDGDRV DLGKSHAERS FERIFTAQGD LEETLEGIGS PFENAWERS VQEAFDASVK AIREEHLPLS AARVELPRVS RPARTFPTPL DRVFRRPLYL HLSAEAGGNW ERELLGADRA K

UniProtKB: CRAL/TRIO domain-containing protein

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分子 #14: DCX, TGME49_256030

分子名称: DCX, TGME49_256030 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 27 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 29.261402 KDa
配列文字列: MACGIPWKLA RRDELMATRQ AERPGEYFPP PYPPCPPTVV TPLRTSAYDF PEATFVTRPC LPAKKATGHK NVFERLTDTA YYTGSHRER FDEFGNGRGI AGREYLYAYD GLTESPSRCH EVYSSVIKRP RKPVVTPGTL GIQRFGVQIP APRLMWLYRN G DKHDDGTP ...文字列:
MACGIPWKLA RRDELMATRQ AERPGEYFPP PYPPCPPTVV TPLRTSAYDF PEATFVTRPC LPAKKATGHK NVFERLTDTA YYTGSHRER FDEFGNGRGI AGREYLYAYD GLTESPSRCH EVYSSVIKRP RKPVVTPGTL GIQRFGVQIP APRLMWLYRN G DKHDDGTP FFVRPYIKSM ESLYQQITKE ITPIAGPVRR IFDQNFRVIT DLDDIVDGAK YLCTSGEPPA AYDRLEKFLS EW VIQKSQT KVPSQFFVV

UniProtKB: Doublecortin domain-containing protein

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分子 #15: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 63 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 54 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #17: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 57 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 95409
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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