EMDB-72486: Reconstruction of Candida albicans ribosomes from cell slices usi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-72486

タイトル

Reconstruction of Candida albicans ribosomes from cell slices using 2DTM (60S Class)

マップデータ

Reconstruction of Candida albicans ribosomes from cell slices using 2DTM (60S Class)

試料

複合体: Ribosome

キーワード

Translation Fungi Pathogen / RIBOSOME

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å

データ登録者

Elferich J / Diggs S / Plumb E / Arkowitz RA / Grigorieff N

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic cytoplasmic fluidity at the mesoscale during morphogenesis in a human fungal pathogen
著者: Serrano A / Puerner C / Chevalier L / Plumb E / Elferich J / Diggs S / Sinn LR / Grigorieff N / Ralser M / Delarue M / Bassilana M / Arkowitz R

履歴

登録	2025年9月3日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月17日	-
マップ公開	2025年9月17日	-
更新	2025年9月17日	-
現状	2025年9月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_72486.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_72486.map.gz	59.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-72486-v30.xml emd-72486.xml	15.3 KB 15.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_72486.png	70.6 KB
Filedesc metadata	emd-72486.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_72486_half_map_1.map.gz emd_72486_half_map_2.map.gz	59.2 MB 59.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-72486 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-72486	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	72464

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_72486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Reconstruction of Candida albicans ribosomes from cell slices using 2DTM (60S Class)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2 Å/pix. x 256 pix. = 512. Å	2 Å/pix. x 256 pix. = 512. Å	2 Å/pix. x 256 pix. = 512. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 4.5
最小 - 最大	-6.2280293 - 18.096188000000001
平均 (標準偏差)	0.002813752 (±1.0546376)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_72486_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_72486_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Ribosome

全体	名称: Ribosome
要素	複合体: Ribosome

-
超分子 #1: Ribosome

超分子	名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Candida albicans (酵母)
分子量	理論値: 2 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 7pzy
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIX / 使用した粒子像数: 6558
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 3次元分類	クラス数: 20 / 平均メンバー数/クラス: 13000 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : Ribosome

-
超分子 #1: Ribosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-ハーフマップ: #1

-ハーフマップ: #2

-試料の構成要素

-全体 : Ribosome

-超分子 #1: Ribosome

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : Ribosome

-
超分子 #1: Ribosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)