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万見
- EMDB-72378: DEPDC5 dimer (tandem DEPDC5) focused map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72378
タイトルDEPDC5 dimer (tandem DEPDC5) focused map
マップデータEMReady sharpened focused map
試料
  • 複合体: Dimeric tandem DEPDC5-DEPDC5 interface component of the GATOR1-KICSTOR supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: GATOR1 complex protein DEPDC5
キーワードLysosome / GATOR1 / KICSTOR / cell growth / amino acid sensing / mTOR / KPTN / ITFG2 / C12orf66 / SZT2 / NPRL2 / NPRL3 / DEPDC5 / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR1 complex / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / small GTPase binding / lysosome / intracellular signal transduction / lysosomal membrane ...GATOR1 complex / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / small GTPase binding / lysosome / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / IML1 N-terminal double psi beta barrel domain / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin ...: / IML1 N-terminal double psi beta barrel domain / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GATOR1 complex protein DEPDC5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Bayly-Jones C / Lupton CJ / Chang YG / Ellisdon AM
資金援助 オーストラリア, 4件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2036864 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DE240100992 オーストラリア
Other governmentMCRF21036 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)LE170100016 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the lysosomal KICSTOR-GATOR1 nutrient-sensing supercomplex
著者: Bayly-Jones C / Lupton CJ / Chang YG / Ellisdon AM
履歴
登録2025年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EMReady sharpened focused map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 137 pix.
= 137. Å		1 Å/pix.
x 137 pix.
= 137. Å		1 Å/pix.
x 137 pix.
= 137. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-0.41538668 - 14.676329000000001
平均 (標準偏差)0.41640976 (±1.4169925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ137137137
Spacing137137137
セルA=B=C: 137.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72378_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw unsharpened map (same as consensus)

ファイルemd_72378_additional_1.map
注釈Raw unsharpened map (same as consensus)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_72378_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_72378_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric tandem DEPDC5-DEPDC5 interface component of the GATOR1-KI...

全体名称: Dimeric tandem DEPDC5-DEPDC5 interface component of the GATOR1-KICSTOR supercomplex
要素
  • 複合体: Dimeric tandem DEPDC5-DEPDC5 interface component of the GATOR1-KICSTOR supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: GATOR1 complex protein DEPDC5

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超分子 #1: Dimeric tandem DEPDC5-DEPDC5 interface component of the GATOR1-KI...

超分子名称: Dimeric tandem DEPDC5-DEPDC5 interface component of the GATOR1-KICSTOR supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: GATOR1 complex protein DEPDC5

分子名称: GATOR1 complex protein DEPDC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 379.2355 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGDYKDDDDK GGGGGASTMR TTKVYKLVIH KKGFGGSDDE LVVNPKVFPH IKLGDIVEIA HPNDEYSPLL LQVKSLKEDL QKETISVDQ TVTQVFRLRP YQDVYVNVVD PKDVTLDLVE LTFKDQYIGR GDMWRLKKSL VSTCAYITQK VEFAGIRAQA G ELWVKNEK ...文字列:
MGDYKDDDDK GGGGGASTMR TTKVYKLVIH KKGFGGSDDE LVVNPKVFPH IKLGDIVEIA HPNDEYSPLL LQVKSLKEDL QKETISVDQ TVTQVFRLRP YQDVYVNVVD PKDVTLDLVE LTFKDQYIGR GDMWRLKKSL VSTCAYITQK VEFAGIRAQA G ELWVKNEK VMCGYISEDT RVVFRSTSAM VYIFIQMSCE MWDFDIYGDL YFEKAVNGFL ADLFTKWKEK NCSHEVTVVL FS RTFYDAK SVDEFPEINR ASIRQDHKGR FYEDFYKVVV QNERREEWTS LLVTIKKLFI QYPVLVRLEQ AEGFPQGDNS TSA QGNYLE AINLSFNVFD KHYINRNFDR TGQMSVVITP GVGVFEVDRL LMILTKQRMI DNGIGVDLVC MGEQPLHAVP LFKL HNRSA PRDSRLGDDY NIPHWINHSF YTSKSQLFCN SFTPRIKLAG KKPASEKAKN GRDTSLGSPK ESENALPIQV DYDAY DAQV FRLPGPSRAQ CLTTCRSVRE RESHSRKSAS SCDVSSSPSL PSRTLPTEEV RSQASDDSSL GKSANILMIP HPHLHQ YEV SSSLGYTSTR DVLENMMEPP QRDSSAPGRF HVGSAESMLH VRPGGYTPQR ALINPFAPSR MPMKLTSNRR RWMHTFP VG PSGEAIQIHH QTRQNMAELQ GSGQRDPTHS SAELLELAYH EAAGRHSNSR QPGDGMSFLN FSGTEELSVG LLSNSGAG M NPRTQNKDSL EDSVSTSPDP ILTLSAPPVV PGFCCTVGVD WKSLTTPACL PLTTDYFPDR QGLQNDYTEG CYDLLPEAD IDRRDEDGVQ MTAQQVFEEF ICQRLMQGYQ IIVQPKTQKP NPAVPPPLSS SPLYSRGLVS RNRPEEEDQY WLSMGRTFHK VTLKDKMIT VTRYLPKYPY ESAQIHYTYS LCPSHSDSEF VSCWVEFSHE RLEEYKWNYL DQYICSAGSE DFSLIESLKF W RTRFLLLP ACVTATKRIT EGEAHCDIYG DRPRADEDEW QLLDGFVRFV EGLNRIRRRH RSDRMMRKGT AMKGLQMTGP IS THSLEST APPVGKKGTS ALSALLEMEA SQKCLGEQQA AVHGGKSSAQ SAESSSVAMT PTYMDSPRKD GAFFMEFVRS PRT ASSAFY PQVSVDQTAT PMLDGTSLGI CTGQSMDRGN SQTFGNSQNI GEQGYSSTNS SDSSSQQLVA SSLTSSSTLT EILE AMKHP STGVQLLSEQ KGLSPYCFIS AEVVHWLVNH VEGIQTQAMA IDIMQKMLEE QLITHASGEA WRTFIYGFYF YKIVT DKEP DRVAMQQPAT TWHTAGVDDF ASFQRKWFEV AFVAEELVHS EIPAFLLPWL PSRPASYASR HSSFSRSFGG RSQAAA LLA ATVPEQRTVT LDVDVNNRTD RLEWCSCYYH GNFSLNAAFE IKLHWMAVTA AVLFEMVQGW HRKATSCGFL LVPVLEG PF ALPSYLYGDP LRAQLFIPLN ISCLLKEGSE HLFDSFEPET YWDRMHLFQE AIAHRFGFVQ DKYSASAFNF PAENKPQY I HVTGTVFLQL PYSKRKFSGQ QRRRRNSTSS TNQNMFCEER VGYNWAYNTM LTKTWRSSAT GDEKFADRLL KDFTDFCIN RDNRLVTFWT SCLEKMHASA PGGASGSYYR AEKGQGSGAE PQSGHSSRGS GSFVKFFTYS TQPTGSGGGM ASMGHTGLKG GSGGDSQCG TSMSGQESGQ GGGGGQGGDG GVGLSGIGGG AGATDSGIPG LGVSGGENGG KASPGGTPAP KMMTTQSTCG F NGGSTGLG GTGSGQMGKG RSTMRTTKVY KLVIHKKGFG GSDDELVVNP KVFPHIKLGD IVEIAHPNDE YSPLLLQVKS LK EDLQKET ISVDQTVTQV FRLRPYQDVY VNVVDPKDVT LDLVELTFKD QYIGRGDMWR LKKSLVSTCA YITQKVEFAG IRA QAGELW VKNEKVMCGY ISEDTRVVFR STSAMVYIFI QMSCEMWDFD IYGDLYFEKA VNGFLADLFT KWKEKNCSHE VTVV LFSRT FYDAKSVDEF PEINRASIRQ DHKGRFYEDF YKVVVQNERR EEWTSLLVTI KKLFIQYPVL VRLEQAEGFP QGDNS TSAQ GNYLEAINLS FNVFDKHYIN RNFDRTGQMS VVITPGVGVF EVDRLLMILT KQRMIDNGIG VDLVCMGEQP LHAVPL FKL HNRSAPRDSR LGDDYNIPHW INHSFYTSKS QLFCNSFTPR IKLAGKKPAS EKAKNGRDTS LGSPKESENA LPIQVDY DA YDAQVFRLPG PSRAQCLTTC RSVRERESHS RKSASSCDVS SSPSLPSRTL PTEEVRSQAS DDSSLGKSAN ILMIPHPH L HQYEVSSSLG YTSTRDVLEN MMEPPQRDSS APGRFHVGSA ESMLHVRPGG YTPQRALINP FAPSRMPMKL TSNRRRWMH TFPVGPSGEA IQIHHQTRQN MAELQGSGQR DPTHSSAELL ELAYHEAAGR HSNSRQPGDG MSFLNFSGTE ELSVGLLSNS GAGMNPRTQ NKDSLEDSVS TSPDPILTLS APPVVPGFCC TVGVDWKSLT TPACLPLTTD YFPDRQGLQN DYTEGCYDLL P EADIDRRD EDGVQMTAQQ VFEEFICQRL MQGYQIIVQP KTQKPNPAVP PPLSSSPLYS RGLVSRNRPE EEDQYWLSMG RT FHKVTLK DKMITVTRYL PKYPYESAQI HYTYSLCPSH SDSEFVSCWV EFSHERLEEY KWNYLDQYIC SAGSEDFSLI ESL KFWRTR FLLLPACVTA TKRITEGEAH CDIYGDRPRA DEDEWQLLDG FVRFVEGLNR IRRRHRSDRM MRKGTAMKGL QMTG PISTH SLESTAPPVG KKGTSALSAL LEMEASQKCL GEQQAAVHGG KSSAQSAESS SVAMTPTYMD SPRKDGAFFM EFVRS PRTA SSAFYPQVSV DQTATPMLDG TSLGICTGQS MDRGNSQTFG NSQNIGEQGY SSTNSSDSSS QQLVASSLTS SSTLTE ILE AMKHPSTGVQ LLSEQKGLSP YCFISAEVVH WLVNHVEGIQ TQAMAIDIMQ KMLEEQLITH ASGEAWRTFI YGFYFYK IV TDKEPDRVAM QQPATTWHTA GVDDFASFQR KWFEVAFVAE ELVHSEIPAF LLPWLPSRPA SYASRHSSFS RSFGGRSQ A AALLAATVPE QRTVTLDVDV NNRTDRLEWC SCYYHGNFSL NAAFEIKLHW MAVTAAVLFE MVQGWHRKAT SCGFLLVPV LEGPFALPSY LYGDPLRAQL FIPLNISCLL KEGSEHLFDS FEPETYWDRM HLFQEAIAHR FGFVQDKYSA SAFNFPAENK PQYIHVTGT VFLQLPYSKR KFSGQQRRRR NSTSSTNQNM FCEERVGYNW AYNTMLTKTW RSSATGDEKF ADRLLKDFTD F CINRDNRL VTFWTSCLEK MHASAP

UniProtKB: GATOR1 complex protein DEPDC5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 356922
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 28288
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: SpIsoNet refinement
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9o5e


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9xzy:
DEPDC5 dimer (tandem DEPDC5) focused map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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