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万見
- EMDB-72324: Cryo-EM structure of 30S ribosome with tRNA bound in an open conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72324
タイトルCryo-EM structure of 30S ribosome with tRNA bound in an open conformation imaged in a cell lysate
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Crude cell extract
キーワードinitiation / bacterial ribosome / RIBOSOME
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者May MB / Lopez-Perez GS / Davis JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-CAREER grant 2046778 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM144542 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Capturing ribosomal structures in cellular extracts with cryoPRISM: A purification-free cryoEM approach reveals novel structural states.
著者: Mira B May / Gabriella S Lopez-Perez / Joseph H Davis /
要旨: Structural analyses of ribosomes by single particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) have traditionally relied on purified or reconstituted samples, with particles often trapped in desired ...Structural analyses of ribosomes by single particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) have traditionally relied on purified or reconstituted samples, with particles often trapped in desired states using genetic, pharmacological, or biochemical perturbations. While informative, such in vitro methods often fail to capture the full diversity of structural states and associated protein factors present in cells. In contrast, in situ cryoelectron tomography preserves cellular context but is limited by low throughput and modest resolution. Here, we present cryoPRISM (purification-free ribosome imaging from subcellular mixtures), a rapid ex vivo workflow encompassing cell lysis, vitrification, and image analysis methods for high-resolution analyses of ribosomal structures directly from cell lysates. Applying cryoPRISM in , we resolved more than 20 distinct ribosomal states spanning assembly, translation initiation, elongation, trans-translation, and quiescence, including a novel configuration of EF-G bound to idle ribosomes with the ribosome hibernation factor ribosome-associated inhibitor A. Given its speed, accessibility, and ability to preserve native interactions and structural heterogeneity, we anticipate that cryoPRISM will be broadly applicable for uncovering ribosomal biology across diverse organisms and conditions.
履歴
登録2025年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72324.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 440 pix.
= 466.4 Å		1.06 Å/pix.
x 440 pix.
= 466.4 Å		1.06 Å/pix.
x 440 pix.
= 466.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.244
最小 - 最大-0.4109485 - 1.3213865
平均 (標準偏差)-0.0004962988 (±0.045396723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 466.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72324_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72324_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72324_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Crude cell extract

全体名称: Crude cell extract
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Crude cell extract

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超分子 #1: Crude cell extract

超分子名称: Crude cell extract / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Frozen cell pellets were lysed under cryogenic conditions using a cryomill. Frozen lysate was resuspended and clarified via centrifugation at 21,000g. DNase I (33 U/mL) was added and crude ...詳細: Frozen cell pellets were lysed under cryogenic conditions using a cryomill. Frozen lysate was resuspended and clarified via centrifugation at 21,000g. DNase I (33 U/mL) was added and crude cell extract was plunge-frozen.
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: NCM3722

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
28.0 mMC4H13Cl2NOTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride pH 7.5
90.0 mMNH4ClAmmonium chloride
0.45 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic Acid
5.4 mMC2H6OS2-Mercaptoethanol
0.5 mMCaCl2Calcium chloride

詳細: 33 U/mL DNase I (New England Biolabs #M0303L) was added in addition.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
詳細: Grid was coated with monolayer graphene following (Grassetti et al, JOVE 2023) and treated with UV/ozone for 10 minutes using a Bioforce PC440 UV/ozone cleaner
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.1838 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.03 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1503396
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 14143
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: cryoDRGN (ver. 2.2), cryoSPARC (ver. 4.5.3))
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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