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- EMDB-72193: Cryo-EM structure of human AGO1 in complex with guide RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72193
タイトルCryo-EM structure of human AGO1 in complex with guide RNA
マップデータMap of WT human Argonaute1
試料
  • 複合体: Complex of human Argonaute1 bound to a non-homogenous guide RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute-1
    • RNA: Non-homogenous guide RNA
キーワードComplex / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / RISC complex assembly ...Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNA polymerase II complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of mRNA stability / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Metabolic Genes / P-body / Transcriptional regulation by small RNAs / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAPK6/MAPK4 signaling / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain ...Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Savidge A / Adhav V / Shen Z / Fu T / Nakanishi K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human AGO1 in complex with guide RNA
著者: Savidge A / Zhang H / Adhav V / Kehling A / Shen Z / Fu T / Nakanishi K
履歴
登録2025年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72193.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72193.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 443.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of WT human Argonaute1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.45 Å/pix.
x 488 pix.
= 218.624 Å		0.45 Å/pix.
x 488 pix.
= 218.624 Å		0.45 Å/pix.
x 488 pix.
= 218.624 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.448 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.14142393 - 0.21786667
平均 (標準偏差)0.000022403372 (±0.0051284013)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ488488488
Spacing488488488
セルA=B=C: 218.62401 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72193_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B WT human Argonaute1

ファイルemd_72193_half_map_1.map
注釈Half map B WT human Argonaute1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A WT human Argonaute1

ファイルemd_72193_half_map_2.map
注釈Half map A WT human Argonaute1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human Argonaute1 bound to a non-homogenous guide RNA

全体名称: Complex of human Argonaute1 bound to a non-homogenous guide RNA
要素
  • 複合体: Complex of human Argonaute1 bound to a non-homogenous guide RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute-1
    • RNA: Non-homogenous guide RNA

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超分子 #1: Complex of human Argonaute1 bound to a non-homogenous guide RNA

超分子名称: Complex of human Argonaute1 bound to a non-homogenous guide RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106 KDa

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分子 #1: Protein argonaute-1

分子名称: Protein argonaute-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.880906 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAMGSMDYKD DDDKMEAGPS GAAAGAYLPP LQQVFQAPRR PGIGTVGKPI KLLANYFEVD IPKIDVYHYE VDIKPDKCPR RVNREVVEY MVQHFKPQIF GDRKPVYDGK KNIYTVTALP IGNERVDFEV TIPGEGKDRI FKVSIKWLAI VSWRMLHEAL V SGQIPVPL ...文字列:
GAMGSMDYKD DDDKMEAGPS GAAAGAYLPP LQQVFQAPRR PGIGTVGKPI KLLANYFEVD IPKIDVYHYE VDIKPDKCPR RVNREVVEY MVQHFKPQIF GDRKPVYDGK KNIYTVTALP IGNERVDFEV TIPGEGKDRI FKVSIKWLAI VSWRMLHEAL V SGQIPVPL ESVQALDVAM RHLASMRYTP VGRSFFSPPE GYYHPLGGGR EVWFGFHQSV RPAMWKMMLN IDVSATAFYK AQ PVIEFMC EVLDIRNIDE QPKPLTDSQR VRFTKEIKGL KVEVTHCGQM KRKYRVCNVT RRPASHQTFP LQLESGQTVE CTV AQYFKQ KYNLQLKYPH LPCLQVGQEQ KHTYLPLEVC NIVAGQRCIK KLTDNQTSTM IKATARSAPD RQEEISRLMK NASY NLDPY IQEFGIKVKD DMTEVTGRVL PAPILQYGGR NRAIATPNQG VWDMRGKQFY NGIEIKVWAI ACFAPQKQCR EEVLK NFTD QLRKISKDAG MPIQGQPCFC KYAQGADSVE PMFRHLKNTY SGLQLIIVIL PGKTPVYAEV KRVGDTLLGM ATQCVQ VKN VVKTSPQTLS NLCLKINVKL GGINNILVPH QRSAVFQQPV IFLGADVTHP PAGDGKKPSI TAVVGSMDAH PSRYCAT VR VQRPRQEIIE DLSYMVRELL IQFYKSTRFK PTRIIFYRDG VPEGQLPQIL HYELLAIRDA CIKLEKDYQP GITYIVVQ K RHHTRLFCAD KNERIGKSGN IPAGTTVDTN ITHPFEFDFY LCSHAGIQGT SRPSHYYVLW DDNRFTADEL QILTYQLCH TYVRCTRSVS IPAPAYYARL VAFRARYHLV DKEHDSGEGS HISGQSNGRD PQALAKAVQV HQDTLRTMYF A

UniProtKB: Protein argonaute-1

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分子 #2: Non-homogenous guide RNA

分子名称: Non-homogenous guide RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 1.523801 KDa
配列文字列:
(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES pH 7.5
150.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMC9H15O6PTCEP
2.0 mMC16H18N2Na2O14S2BS3
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.75 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4kxt


詳細: The crystal structure of 4KXT was used as the starting model for the cryo-EM structure.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 276867
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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