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万見
- EMDB-71840: Cryo-ET subtomogram averaging of a stress fiber from a regenerati... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71840
タイトルCryo-ET subtomogram averaging of a stress fiber from a regenerating axon
マップデータpostprocessed map from subtomogram averaging
試料
  • 細胞: Thalamus primary tissue, neuron
キーワードcytoskeleton / F-actin / neuroregeneration / axon / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.7 Å
データ登録者Bodakuntla S / Taira K / Yamada Y / Alvarez-Brecht P / Cada AK / Basnet N / Zhang R / Martinez-Sanchez A / Biertumpfel C / Mizuno N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1ZIAHL006264 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: In situ structural mechanism of epothilone-B-induced CNS axon regeneration.
著者: Satish Bodakuntla / Kenichiro Taira / Yurika Yamada / Pelayo Alvarez-Brecht / A King Cada / Nirakar Basnet / Rui Zhang / Antonio Martinez-Sanchez / Christian Biertümpfel / Naoko Mizuno /
要旨: Axons in the adult central nervous system (CNS) do not regenerate following injury, in contrast to neurons in the peripheral nervous system and neuronal growth during embryonic development. The ...Axons in the adult central nervous system (CNS) do not regenerate following injury, in contrast to neurons in the peripheral nervous system and neuronal growth during embryonic development. The molecular mechanisms that prevent regeneration of neurons in the CNS remain largely unknown. Here, to address the intracellular response to injury, we developed an in situ cryo-electron tomography and cryo-electron microscopy platform to mimic axonal damage and present the structural mechanism underlying thalamic axon regeneration induced by the drug epothilone B. We observed that stabilized microtubules extend beyond the injury site, generating membrane tension and driving membrane expansion. Cryo-electron microscopy reveals the in situ structure of microtubules at 3.19 Å resolution, which engage epothilone B within the microtubule lattice at the regenerating front. During repair, tubulin clusters are delivered and incorporated into polymerizing microtubules at the regenerating site. These microtubule shoots serve as scaffolds for various types of vesicles and endoplasmic reticulum, facilitating the supply of materials necessary for axon repair until membrane tension normalizes. We demonstrate the unexpected ability of neuronal cells to adjust to strain induced by epothilone B, which creates homeostatic imbalances and activates axons to regeneration mode.
履歴
登録2025年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map from subtomogram averaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.68 Å/pix.
x 192 pix.
= 513.6 Å		2.68 Å/pix.
x 192 pix.
= 513.6 Å		2.68 Å/pix.
x 192 pix.
= 513.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.675 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.015425046 - 0.110328004
平均 (標準偏差)0.00077592133 (±0.006654625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 513.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71840_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map from Refine3D

ファイルemd_71840_half_map_1.map
注釈half map from Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map from Refine3D

ファイルemd_71840_half_map_2.map
注釈half map from Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thalamus primary tissue, neuron

全体名称: Thalamus primary tissue, neuron
要素
  • 細胞: Thalamus primary tissue, neuron

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超分子 #1: Thalamus primary tissue, neuron

超分子名称: Thalamus primary tissue, neuron / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Explant axon from thalamus primary tissue of mouse embryo
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Brain / 組織: Thalamus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Gibco Neurobasal Medium
グリッドモデル: Quantifoil R1/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: SILICON DIOXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 3.8000000000000003 kPa / 詳細: coated with poly-L-lysine and laminin
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 61 / 平均電子線量: 125.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用したサブトモグラム数: 1
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 1555 / 参照モデル: cylinder / ソフトウェア - 名称: IMOD
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 1555 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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