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- EMDB-71805: Twisted arrangement of the HDV 311-RNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71805
タイトルTwisted arrangement of the HDV 311-RNP
マップデータTwisted arrangement of 311-RNP. Unsharpened.
試料
  • 複合体: Twisted arrangement map of S-HDAg bound to 311-agRNA
    • 複合体: S-HDAg
      • タンパク質・ペプチド: HDV delta antigen, HDAg
    • 複合体: 311-agRNA
      • RNA: Truncated HDV antigenomic RNA, 311-agRNA
キーワードHDV / HDAg / RNP / RNA / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis delta virus delta antigen / Delta antigen, N-terminal / Hepatitis delta virus delta antigen / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Small delta antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.29 Å
データ登録者Itskanov S / Lansdon EB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Structural characterization of the HDV virion and its ribonucleoprotein.
著者: Samuel Itskanov / Beatrice Ary / Upasana Mehra / Irene Lew / Nikolai Novikov / Uli Schmitz / Meghan M Holdorf / Rudolf K Beran / Eric B Lansdon /
要旨: Hepatitis D virus (HDV) is a small RNA satellite virus of hepatitis B virus (HBV) which encodes a single protein, HDV delta antigen (HDAg), that is required for replication. Viral replication occurs ...Hepatitis D virus (HDV) is a small RNA satellite virus of hepatitis B virus (HBV) which encodes a single protein, HDV delta antigen (HDAg), that is required for replication. Viral replication occurs independently from HBV and relies primarily on host RNA polymerase(s). Bulevirtide, a viral entry inhibitor, is the only approved treatment for chronic HDV but has a low cure rate as a monotherapy, and most patients rebound following cessation of therapy. It is likely that an inhibitor targeting HDV replication is necessary to achieve HDV cure, but the paucity of HDV-derived elements and limited understanding of HDV replication presents a significant therapeutic challenge. Understanding the precise mechanism of interactions between HDAg and viral RNA, and how it is packaged within the virion can inspire structure-guided drug design targeting replication. Using cryoelectron tomography and single particle cryoelectron microscopy, we present reconstructions of the virion and viral RNPs. We observed multiple binding configurations in vitro that suggest a propensity to arrange four RNA segments around repeating units of HDAg in a ladder-like formation. The oligomerization domains of a homo-octameric HDAg complex are directly involved in RNA binding by utilizing the vertices and sides of its square-shaped architecture to bind RNA in a sequence-promiscuous fashion. Structure-function analysis reveals that these RNA contact sites are important for viral replication and their disruption may be a potential avenue for next-generation antivirals to treat HDV.
履歴
登録2025年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71805.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Twisted arrangement of 311-RNP. Unsharpened.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.52 Å/pix.
x 300 pix.
= 455. Å		1.52 Å/pix.
x 300 pix.
= 455. Å		1.52 Å/pix.
x 300 pix.
= 455. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.51667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.076
最小 - 最大-0.14435546 - 0.4371225
平均 (標準偏差)0.00019008288 (±0.014427065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 455.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Twisted arrangement of 311-RNP. Half map - A.

ファイルemd_71805_half_map_1.map
注釈Twisted arrangement of 311-RNP. Half map - A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Twisted arrangement of 311-RNP. Half map - B.

ファイルemd_71805_half_map_2.map
注釈Twisted arrangement of 311-RNP. Half map - B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Twisted arrangement map of S-HDAg bound to 311-agRNA

全体名称: Twisted arrangement map of S-HDAg bound to 311-agRNA
要素
  • 複合体: Twisted arrangement map of S-HDAg bound to 311-agRNA
    • 複合体: S-HDAg
      • タンパク質・ペプチド: HDV delta antigen, HDAg
    • 複合体: 311-agRNA
      • RNA: Truncated HDV antigenomic RNA, 311-agRNA

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超分子 #1: Twisted arrangement map of S-HDAg bound to 311-agRNA

超分子名称: Twisted arrangement map of S-HDAg bound to 311-agRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: S-HDAg

超分子名称: S-HDAg / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)

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超分子 #3: 311-agRNA

超分子名称: 311-agRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: HDV delta antigen, HDAg

分子名称: HDV delta antigen, HDAg / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SRPEGRKNRG GREEVLEQWV SGRKKLEELE RDLRKVKKKI KKLEDEHPWL GNIKGILGKK DKDGEGAPPA KRARTDQMEV DSGPRKRPSR GGFTDKERQD HRRRKALENK RKQLSAGGKN LSKEEEEELR RLTEEDERRE RRIAGPQVGG VNPLEGGTRG APGGGFVPSM ...文字列:
SRPEGRKNRG GREEVLEQWV SGRKKLEELE RDLRKVKKKI KKLEDEHPWL GNIKGILGKK DKDGEGAPPA KRARTDQMEV DSGPRKRPSR GGFTDKERQD HRRRKALENK RKQLSAGGKN LSKEEEEELR RLTEEDERRE RRIAGPQVGG VNPLEGGTRG APGGGFVPSM QGVPESPFTR TGEGLDIRGS QGFP

UniProtKB: Small delta antigen

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分子 #2: Truncated HDV antigenomic RNA, 311-agRNA

分子名称: Truncated HDV antigenomic RNA, 311-agRNA / タイプ: rna / ID: 2
詳細: 311 nucleotides derived from HDV antigenomic RNA. Residues from the T7 promoter (GGGAGA) and HindIII restriction site (AAGCU) are added to start and end of sequence, respectively.
由来(天然)生物種: Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
配列文字列: GGGAGAUUUU UCCUUCUUGG GAGUUGUAUC UCCGACGUUC CAAUGCUCUU UACCGACUCA CCCCUCUCGG GCGCUGAUCU AUCCUCCCCG CGAAUCCUUG UUCGGAACUU GGCUCAUCUC GAACUUGGGC GACAGGGCCA GCAGUCUCCU CUUUACAGAA AAGAGUAAGA ...文字列:
GGGAGAUUUU UCCUUCUUGG GAGUUGUAUC UCCGACGUUC CAAUGCUCUU UACCGACUCA CCCCUCUCGG GCGCUGAUCU AUCCUCCCCG CGAAUCCUUG UUCGGAACUU GGCUCAUCUC GAACUUGGGC GACAGGGCCA GCAGUCUCCU CUUUACAGAA AAGAGUAAGA GUACUGAGGA CCGUCGCCUC UAGUCGAAGA UGAGCCGGCC CGAAGGAAGG AAAAACCGCG GGGGGAGAGA AGAGGUUCUC GAGCAGUGGG UGAGCGGAAG AAAGAAGUUA GAGGAACUCG AGAGAGACCU CCGGAAGGUU AAGAAGAAAG CU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
200.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: 20mM Tris-HCl, 200mM NaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.72 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 552252 / 詳細: Topaz (tbepler) particle picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 詳細: Non-uniform refinement from CryoSPARC / 使用した粒子像数: 43959
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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