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- EMDB-71793: Structure of ACP domain conjugated with stearic acid and interact... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71793
タイトルStructure of ACP domain conjugated with stearic acid and interacting with MPT domain from M. tuberculosis type-I FAS
マップデータMain sharpened map
試料
  • 複合体: Fatty acid synthase
    • タンパク質・ペプチド: 3-oxoacyl-ACP synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase
キーワードFatty acid synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase complex / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / : / Fatty acid synthase central AT domain / Fatty acid synthase, SBS domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / : / : / Fatty acid synthase / MaoC-like dehydratase domain ...: / : / Fatty acid synthase central AT domain / Fatty acid synthase, SBS domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / : / : / Fatty acid synthase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-ACP synthase / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Mazhab-Jafari MT / Samani EK
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)195698 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)419240 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-06070 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2026
タイトル: Structural basis of product recognition by Mycobacterium tuberculosis fatty acid synthase.
著者: Elnaz Khalili Samani / S M Naimul Hasan / Alexander F A Keszei / Mahtab Heydari / Mohammad T Mazhab-Jafari /
要旨: Microbial iterative fatty acid synthases (FAS) are versatile multienzymes under scrutiny for their potential as anti-infectious targets and their biotechnological applications. They produce saturated ...Microbial iterative fatty acid synthases (FAS) are versatile multienzymes under scrutiny for their potential as anti-infectious targets and their biotechnological applications. They produce saturated fatty acids with defined chain length and release them as coenzyme A-conjugates. How they recognize appropriate acyl length to initiate the process of product release is unknown. Here, we resolved two intermediate state structures of FAS, one from each of the two organisms: bacterium Mycobacterium tuberculosis and yeast Saccharomyces cerevisiae. These structures reveal how acyl carrier protein (ACP) domain and nascent fatty acids interact with the substrate-promiscuous malonyl-palmitoyl transferase (MPT) domain that is involved in product cleavage from the enzyme. MPT adopts a transient channel necessary for the accommodation of long-chain fatty acids. This channel is formed by the transient retraction of a conserved arginine side chain involved in malonate binding. These insights uncover structural determinants that enable M. tuberculosis type I FAS to produce very long-chain fatty acids used for evading host immunity in tuberculosis (TB).
履歴
登録2025年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71793.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 380 pix.
= 353.4 Å		0.93 Å/pix.
x 380 pix.
= 353.4 Å		0.93 Å/pix.
x 380 pix.
= 353.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.44080326 - 0.70603865
平均 (標準偏差)0.002622916 (±0.01871843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 353.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_71793_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_71793_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fatty acid synthase

全体名称: Fatty acid synthase
要素
  • 複合体: Fatty acid synthase
    • タンパク質・ペプチド: 3-oxoacyl-ACP synthase
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase

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超分子 #1: Fatty acid synthase

超分子名称: Fatty acid synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: 3-oxoacyl-ACP synthase

分子名称: 3-oxoacyl-ACP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 326.601562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTIHEHDRVS ADRGGDSPHT THALVDRLMA GEPYAVAFGG QGSAWLETLE ELVSATGIET ELATLVGEAE LLLDPVTDEL IVVRPIGFE PLQWVRALAA EDPVPSDKHL TSAAVSVPGV LLTQIAATRA LARQGMDLVA TPPVAMAGHS QGVLAVEALK A GGARDVEL ...文字列:
MTIHEHDRVS ADRGGDSPHT THALVDRLMA GEPYAVAFGG QGSAWLETLE ELVSATGIET ELATLVGEAE LLLDPVTDEL IVVRPIGFE PLQWVRALAA EDPVPSDKHL TSAAVSVPGV LLTQIAATRA LARQGMDLVA TPPVAMAGHS QGVLAVEALK A GGARDVEL FALAQLIGAA GTLVARRRGI SVLGDRPPMV SVTNADPERI GRLLDEFAQD VRTVLPPVLS IRNGRRAVVI TG TPEQLSR FELYCRQISE KEEADRKNKV RGGDVFSPVF EPVQVEVGFH TPRLSDGIDI VAGWAEKAGL DVALARELAD AIL IRKVDW VDEITRVHAA GARWILDLGP GDILTRLTAP VIRGLGIGIV PAATRGGQRN LFTVGATPEV ARAWSSYAPT VVRL PDGRV KLSTKFTRLT GRSPILLAGM TPTTVDAKIV AAAANAGHWA ELAGGGQVTE EIFGNRIEQM AGLLEPGRTY QFNAL FLDP YLWKLQVGGK RLVQKARQSG AAIDGVVISA GIPDLDEAVE LIDELGDIGI SHVVFKPGTI EQIRSVIRIA TEVPTK PVI MHVEGGRAGG HHSWEDLDDL LLATYSELRS RANITVCVGG GIGTPRRAAE YLSGRWAQAY GFPLMPIDGI LVGTAAM AT KESTTSPSVK RMLVDTQGTD QWISAGKAQG GMASSRSQLG ADIHEIDNSA SRCGRLLDEV AGDAEAVAER RDEIIAAM A KTAKPYFGDV ADMTYLQWLR RYVELAIGEG NSTADTASVG SPWLADTWRD RFEQMLQRAE ARLHPQDFGP IQTLFTDAG LLDNPQQAIA ALLARYPDAE TVQLHPADVP FFVTLCKTLG KPVNFVPVID QDVRRWWRSD SLWQAHDARY DADAVCIIPG TASVAGITR MDEPVGELLD RFEQAAIDEV LGAGVEPKDV ASRRLGRADV AGPLAVVLDA PDVRWAGRTV TNPVHRIADP A EWQVHDGP ENPRATHSST GARLQTHGDD VALSVPVSGT WVDIRFTLPA NTVDGGTPVI ATEDATSAMR TVLAIAAGVD SP EFLPAVA NGTATLTVDW HPERVADHTG VTATFGEPLA PSLTNVPDAL VGPCWPAVFA AIGSAVTDTG EPVVEGLLSL VHL DHAARV VGQLPTVPAQ LTVTATAANA TDTDMGRVVP VSVVVTGADG AVIATLEERF AILGRTGSAE LADPARAGGA VSAN ATDTP RRRRRDVTIT APVDMRPFAV VSGDHNPIHT DRAAALLAGL ESPIVHGMWL SAAAQHAVTA TDGQARPPAR LVGWT ARFL GMVRPGDEVD FRVERVGIDQ GAEIVDVAAR VGSDLVMSAS ARLAAPKTVY AFPGQGIQHK GMGMEVRARS KAARKV WDT ADKFTRDTLG FSVLHVVRDN PTSIIASGVH YHHPDGVLYL TQFTQVAMAT VAAAQVAEMR EQGAFVEGAI ACGHSVG EY TALACVTGIY QLEALLEMVF HRGSKMHDIV PRDELGRSNY RLAAIRPSQI DLDDADVPAF VAGIAESTGE FLEIVNFN L RGSQYAIAGT VRGLEALEAE VERRRELTGG RRSFILVPGI DVPFHSRVLR VGVAEFRRSL DRVMPRDADP DLIIGRYIP NLVPRLFTLD RDFIQEIRDL VPAEPLDEIL ADYDTWLRER PREMARTVFI ELLAWQFASP VRWIETQDLL FIEEAAGGLG VERFVEIGV KSSPTVAGLA TNTLKLPEYA HSTVEVLNAE RDAAVLFATD TDPEPEPEED EPVAESPAPD VVSEAAPVAP A ASSAGPRP DDLVFDAADA TLALIALSAK MRIDQIEELD SIESITDGAS SRRNQLLVDL GSELNLGAID GAAESDLAGL RS QVTKLAR TYKPYGPVLS DAINDQLRTV LGPSGKRPGA IAERVKKTWE LGEGWAKHVT VEVALGTREG SSVRGGAMGH LHE GALADA ASVDKVIDAA VASVAARQGV SVALPSAGSG GGATIDAAAL SEFTDQITGR EGVLASAARL VLGQLGLDDP VNAL PAAPD SELIDLVTAE LGADWPRLVA PVFDPKKAVV FDDRWASARE DLVKLWLTDE GDIDADWPRL AERFEGAGHV VATQA TWWQ GKSLAAGRQI HASLYGRIAA GAENPEPGRY GGEVAVVTGA SKGSIAASVV ARLLDGGATV IATTSKLDEE RLAFYR TLY RDHARYGAAL WLVAANMASY SDVDALVEWI GTEQTESLGP QSIHIKDAQT PTLLFPFAAP RVVGDLSEAG SRAEMEM KV LLWAVQRLIG GLSTIGAERD IASRLHVVLP GSPNRGMFGG DGAYGEAKSA LDAVVSRWHA ESSWAARVSL AHALIGWT R GTGLMGHNDA IVAAVEEAGV TTYSTDEMAA LLLDLCDAES KVAAARSPIK ADLTGGLAEA NLDMAELAAK AREQMSAAA AVDEDAEAPG AIAALPSPPR GFTPAPPPQW DDLDVDPADL VVIVGGAEIG PYGSSRTRFE MEVENELSAA GVLELAWTTG LIRWEDDPQ PGWYDTESGE MVDESELVQR YHDAVVQRVG IREFVDDGAI DPDHASPLLV SVFLEKDFAF VVSSEADARA F VEFDPEHT VIRPVPDSTD WQVIRKAGTE IRVPRKTKLS RVVGGQIPTG FDPTVWGISA DMAGSIDRLA VWNMVATVDA FL SSGFSPA EVMRYVHPSL VANTQGTGMG GGTSMQTMYH GNLLGRNKPN DIFQEVLPNI IAAHVVQSYV GSYGAMIHPV AAC ATAAVS VEEGVDKIRL GKAQLVVAGG LDDLTLEGII GFGDMAATAD TSMMCGRGIH DSKFSRPNDR RRLGFVEAQG GGTI LLARG DLALRMGLPV LAVVAFAQSF GDGVHTSIPA PGLGALGAGR GGKDSPLARA LAKLGVAADD VAVISKHDTS TLAND PNET ELHERLADAL GRSEGAPLFV VSQKSLTGHA KGGAAVFQMM GLCQILRDGV IPPNRSLDCV DDELAGSAHF VWVRDT LRL GGKFPLKAGM LTSLGFGHVS GLVALVHPQA FIASLDPAQR ADYQRRADAR LLAGQRRLAS AIAGGAPMYQ RPGDRRF DH HAPERPQEAS MLLNPAARLG DGEAYIG

UniProtKB: 3-oxoacyl-ACP synthase

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分子 #2: Fatty acid synthase

分子名称: Fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 327.222375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTIHEHDRVS ADRGGDSPHT THALVDRLMA GEPYAVAFGG QGSAWLETLE ELVSATGIET ELATLVGEAE LLLDPVTDEL IVVRPIGFE PLQWVRALAA EDPVPSDKHL TSAAVSVPGV LLTQIAATRA LARQGMDLVA TPPVAMAGHS QGVLAVEALK A GGARDVEL ...文字列:
MTIHEHDRVS ADRGGDSPHT THALVDRLMA GEPYAVAFGG QGSAWLETLE ELVSATGIET ELATLVGEAE LLLDPVTDEL IVVRPIGFE PLQWVRALAA EDPVPSDKHL TSAAVSVPGV LLTQIAATRA LARQGMDLVA TPPVAMAGHS QGVLAVEALK A GGARDVEL FALAQLIGAA GTLVARRRGI SVLGDRPPMV SVTNADPERI GRLLDEFAQD VRTVLPPVLS IRNGRRAVVI TG TPEQLSR FELYCRQISE KEEADRKNKV RGGDVFSPVF EPVQVEVGFH TPRLSDGIDI VAGWAEKAGL DVALARELAD AIL IRKVDW VDEITRVHAA GARWILDLGP GDILTRLTAP VIRGLGIGIV PAATRGGQRN LFTVGATPEV ARAWSSYAPT VVRL PDGRV KLSTKFTRLT GRSPILLAGM TPTTVDAKIV AAAANAGHWA ELAGGGQVTE EIFGNRIEQM AGLLEPGRTY QFNAL FLDP YLWKLQVGGK RLVQKARQSG AAIDGVVISA GIPDLDEAVE LIDELGDIGI SHVVFKPGTI EQIRSVIRIA TEVPTK PVI MHVEGGRAGG HHSWEDLDDL LLATYSELRS RANITVCVGG GIGTPRRAAE YLSGRWAQAY GFPLMPIDGI LVGTAAM AT KESTTSPSVK RMLVDTQGTD QWISAGKAQG GMASSRSQLG ADIHEIDNSA SRCGRLLDEV AGDAEAVAER RDEIIAAM A KTAKPYFGDV ADMTYLQWLR RYVELAIGEG NSTADTASVG SPWLADTWRD RFEQMLQRAE ARLHPQDFGP IQTLFTDAG LLDNPQQAIA ALLARYPDAE TVQLHPADVP FFVTLCKTLG KPVNFVPVID QDVRRWWRSD SLWQAHDARY DADAVCIIPG TASVAGITR MDEPVGELLD RFEQAAIDEV LGAGVEPKDV ASRRLGRADV AGPLAVVLDA PDVRWAGRTV TNPVHRIADP A EWQVHDGP ENPRATHSST GARLQTHGDD VALSVPVSGT WVDIRFTLPA NTVDGGTPVI ATEDATSAMR TVLAIAAGVD SP EFLPAVA NGTATLTVDW HPERVADHTG VTATFGEPLA PSLTNVPDAL VGPCWPAVFA AIGSAVTDTG EPVVEGLLSL VHL DHAARV VGQLPTVPAQ LTVTATAANA TDTDMGRVVP VSVVVTGADG AVIATLEERF AILGRTGSAE LADPARAGGA VSAN ATDTP RRRRRDVTIT APVDMRPFAV VSGDHNPIHT DRAAALLAGL ESPIVHGMWL SAAAQHAVTA TDGQARPPAR LVGWT ARFL GMVRPGDEVD FRVERVGIDQ GAEIVDVAAR VGSDLVMSAS ARLAAPKTVY AFPGQGIQHK GMGMEVRARS KAARKV WDT ADKFTRDTLG FSVLHVVRDN PTSIIASGVH YHHPDGVLYL TQFTQVAMAT VAAAQVAEMR EQGAFVEGAI ACGHSVG EY TALACVTGIY QLEALLEMVF HRGSKMHDIV PRDELGRSNY RLAAIRPSQI DLDDADVPAF VAGIAESTGE FLEIVNFN L RGSQYAIAGT VRGLEALEAE VERRRELTGG RRSFILVPGI DVPFHSRVLR VGVAEFRRSL DRVMPRDADP DLIIGRYIP NLVPRLFTLD RDFIQEIRDL VPAEPLDEIL ADYDTWLRER PREMARTVFI ELLAWQFASP VRWIETQDLL FIEEAAGGLG VERFVEIGV KSSPTVAGLA TNTLKLPEYA HSTVEVLNAE RDAAVLFATD TDPEPEPEED EPVAESPAPD VVSEAAPVAP A ASSAGPRP DDLVFDAADA TLALIALSAK MRIDQIEELD SIESITDGA(A1CJI) SRRNQLLVDL GSELNLGAID GAAESD LAG LRSQVTKLAR TYKPYGPVLS DAINDQLRTV LGPSGKRPGA IAERVKKTWE LGEGWAKHVT VEVALGTREG SSVRGGA MG HLHEGALADA ASVDKVIDAA VASVAARQGV SVALPSAGSG GGATIDAAAL SEFTDQITGR EGVLASAARL VLGQLGLD D PVNALPAAPD SELIDLVTAE LGADWPRLVA PVFDPKKAVV FDDRWASARE DLVKLWLTDE GDIDADWPRL AERFEGAGH VVATQATWWQ GKSLAAGRQI HASLYGRIAA GAENPEPGRY GGEVAVVTGA SKGSIAASVV ARLLDGGATV IATTSKLDEE RLAFYRTLY RDHARYGAAL WLVAANMASY SDVDALVEWI GTEQTESLGP QSIHIKDAQT PTLLFPFAAP RVVGDLSEAG S RAEMEMKV LLWAVQRLIG GLSTIGAERD IASRLHVVLP GSPNRGMFGG DGAYGEAKSA LDAVVSRWHA ESSWAARVSL AH ALIGWTR GTGLMGHNDA IVAAVEEAGV TTYSTDEMAA LLLDLCDAES KVAAARSPIK ADLTGGLAEA NLDMAELAAK ARE QMSAAA AVDEDAEAPG AIAALPSPPR GFTPAPPPQW DDLDVDPADL VVIVGGAEIG PYGSSRTRFE MEVENELSAA GVLE LAWTT GLIRWEDDPQ PGWYDTESGE MVDESELVQR YHDAVVQRVG IREFVDDGAI DPDHASPLLV SVFLEKDFAF VVSSE ADAR AFVEFDPEHT VIRPVPDSTD WQVIRKAGTE IRVPRKTKLS RVVGGQIPTG FDPTVWGISA DMAGSIDRLA VWNMVA TVD AFLSSGFSPA EVMRYVHPSL VANTQGTGMG GGTSMQTMYH GNLLGRNKPN DIFQEVLPNI IAAHVVQSYV GSYGAMI HP VAACATAAVS VEEGVDKIRL GKAQLVVAGG LDDLTLEGII GFGDMAATAD TSMMCGRGIH DSKFSRPNDR RRLGFVEA Q GGGTILLARG DLALRMGLPV LAVVAFAQSF GDGVHTSIPA PGLGALGAGR GGKDSPLARA LAKLGVAADD VAVISKHDT STLANDPNET ELHERLADAL GRSEGAPLFV VSQKSLTGHA KGGAAVFQMM GLCQILRDGV IPPNRSLDCV DDELAGSAHF VWVRDTLRL GGKFPLKAGM LTSLGFGHVS GLVALVHPQA FIASLDPAQR ADYQRRADAR LLAGQRRLAS AIAGGAPMYQ R PGDRRFDH HAPERPQEAS MLLNPAARLG DGEAYIG

UniProtKB: Fatty acid synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 458280
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6gjc

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 45089
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6gjc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9pqy:
Structure of ACP domain conjugated with stearic acid and interacting with MPT domain from M. tuberculosis type-I FAS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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